الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: النماذج الجزيئية
-
مقارنة بين التقنيات العصبية والتقليدية لهياكل السوليتون والسلوك الديناميكي في نموذج الحمض النووي مزدوج السلسلة
2026 | المؤلف: Sheikh Zain Majid وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الفيزياء الإحصائية وغير الخطية (Statistical and Nonlinear Physics)تستكشف هذه الدراسة الديناميات غير الخطية لموجات نموذج الحمض النووي مزدوج السلسلة، مع التركيز على التفاعلات بين سلسلتين نوكليوتيديتين متكاملتين. باستخدام طريقة رسم المعادلة العامة لريكاتي (GRM) وطريقة الشبكة العصبية المعدلة لرسم المعادلة العامة لريكاتي (GREMM)، يستنتج المؤلفون مجموعة متنوعة من الحلول الدقيقة، بما في ذلك الموجات الزائفة، الموجات المثلثية، الموجات الكسرية، والموجات الهجينة. يوسع…
-
إعادة تشكيل ألوستيري وطاقة لمجال PDZ بواسطة امتدادات مجالات البروتين
2026 | المؤلف: Cristina Hidalgo-Carcedo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يبحث المؤلفون في دور المجالات الهيكلية في البروتينات، مع التركيز على كيفية تأثير الإضافات لهذه المجالات على تنظيمها وقابليتها للتطور. من خلال تحليل أكثر من 190,000 نوع بروتين، يقيسون التغيرات في الطاقة الحرة المرتبطة بالطفرات في مجال PDZ ويفحصون حوالي 7,000 ارتباطات طاقية بين هذه الطفرات وإضافتين محددتين للمجال. تكشف النتائج أن…
-
الحفظ والخصوصية في ديناميات الأغشية الحيوية لبكتيريا الباسيلوس: حول التركيب والوظيفة لبكتيريا B. cereus Camelysins
2026 | المؤلف: Anne Diehl وآخرون | المجلة: Journal of Molecular Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تشمل عائلة B. cereus أنواعًا شديدة pathogenic مثل B. anthracis و B. thuringiensis، والتي تشكل تهديدات كبيرة للثدييات والحشرات، على التوالي. تركز هذه الدراسة على عملية تشكيل الأغشية الحيوية لهذه البكتيريا، وتحديدًا Camelysins CalY1 و CalY2، اللذان يشتركان في 60% من هوية التسلسل. عند درجة الحموضة المحايدة، يتجمع CalY2 بسهولة في خيوط، بينما يشكل CalY1…
-
هياكل Cryo-EM لـ ClpXP البشري تكشف عن آليات التجميع والتفعيل البروتيني
2026 | المؤلف: Wenqian Chen وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يلعب مجمع ClpXP البشري (hClpXP) دورًا حاسمًا في التحكم في جودة البروتينات الميتوكوندرية من خلال تكسير البروتينات غير المطوية وغير الضرورية. تستخدم هذه الدراسة مجهر الإلكترون بالتبريد عالي الدقة (cryo-EM) لتوضيح مسار التجميع الكامل لـ hClpXP، كاشفة أن hClpP يوجد كهيبتامر حلقي مفرد في العزلة. تم تحديد مجمع التجميع الأولي حيث يتفاعل hClpX سداسي مع…
-
يتم إعاقة القطع العابر لـ CRISPR-Cas9 بواسطة حلقة R محاطة، وموصل مطول، ونطاق HNH غير النشط
2026 | المؤلف: Roser Montagud‐Martínez وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يبحث المؤلفون في الآليات التي تعالج بها Cas9 الحمض النووي أحادي السلسلة poly(T) بطريقة موجهة بواسطة RNA. يحددون عدة عوامل حاسمة تؤثر على هذه النشاطات التقطيعية. من الجدير بالذكر أن وجود حلقات R غير المحاطة على الجانب 5′ من RNA يعزز من التقطيع التبادلي عند استهداف الحمض النووي مزدوج السلسلة القصير. على…
-
تصميم الذكاء الاصطناعي التوليدي القائم على التسلسل لإنزيمات التريبتوفان المتنوعة
2026 | المؤلف: T Lambert وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تناقش هذه section القيود في تطبيق الإنزيمات كعوامل حفازة، لا سيما في سياق تحسين نقاط البداية لاكتشاف العوامل البيوكيميائية. يتناول المؤلفون هذا التحدي من خلال استخدام نموذج لغة البروتين GenSLM لتوليد وحدات β فرعية جديدة من إنزيمات تريبتوفان سينثاز (TrpB). هذه الإنزيمات المهندسة، المعبر عنها في *Escherichia coli*، تظهر استقرارًا ونشاطًا حفازًا، حيث يظهر العديد…
-
التفاعلات المحددة بين مشتقات الفيتامين D3 المفلورة ومستقبل الفيتامين D: ميكانيكا جزيئية وحسابات مدارية جزيئية من البداية
2026 | المؤلف: Masayuki Yuguchi وآخرون | المجلة: Journal of Molecular Modeling | المجال: علم الأمراض والطب الشرعي (Pathology and Forensic Medicine)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بالتحقيق في التفاعلات بين مشتقات فيتامين D3 (VD3) المفلورة المختلفة ومستقبل فيتامين D (VDR) لفهم affinities الربط المعززة التي لوحظت في بعض المشتقات. باستخدام ميكانيكا الجزيئات (MM) وحسابات الجزيئات الفرعية الأولية (FMO)، ركزت الأبحاث على الديستيرومرات لمشتقات VD3 بناءً على مراكزها الاستيريو C3 و C13. كشفت النتائج أن طاقات الربط…
-
تحسين تصميم روابط البروتين باستخدام RFdiffusion المستهدف بالتزاوج β
2026 | المؤلف: Isaac Sappington وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأشعة والطب النووي والتصوير الطبي (Radiology, Nuclear Medicine and Imaging)تقدم البحث نهجًا جديدًا لتصميم هياكل البروتين التي ترتبط بفعالية بمواقع البروتين المستهدفة المحبة للماء، مع التركيز بشكل خاص على حواف خيوط البيتا. من خلال تكييف RFdiffusion، نجح المؤلفون في توليد تصميمات تشكل صفائح بيتا ممتدة متطابقة هندسيًا، حيث تكمل المجموعات القطبية على البروتينات المستهدفة مجموعات الروابط الهيدروجينية على الروابط المصممة. تم تطبيق هذه الطريقة…
-
تقدم استراتيجي لدراسات الهيكل باستخدام التبريد الإلكتروني للميكروسكوب للأغشية الصغيرة (<100 كDa) GPCRs
2026 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم الأحياء البنيوي (Structural Biology)يتناول هذا القسم من المراجعة التحديات الكبيرة المرتبطة بتصوير مستقبلات البروتين المرتبطة بجزيئات G (GPCRs) في حالات الأبو والحالة غير النشطة باستخدام المجهر الإلكتروني بالتبريد (cryo-EM). تشكل GPCRs حوالي 25-30% من البروتينات البشرية المستهدفة وهي أهداف لحوالي 35% من الأدوية المعتمدة من قبل إدارة الغذاء والدواء، مما يقدم صعوبات بسبب حجمها الصغير ومرونتها الشكلية. تبرز…
-
هيكل ومناعة مستضد gB لفيروس إبشتاين بار المصمم القابل للذوبان والمثبت قبل الاندماج
2026 | المؤلف: Ryan S. McCool وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأورام (Oncology)تركز الأبحاث على فيروس إبشتاين-بار (EBV)، وهو مصدر قلق كبير للصحة العامة مرتبط بالعديد من أنواع السرطان وزيادة خطر الإصابة بالتصلب المتعدد. على الرغم من الانتشار العالي لـ EBV، حيث أن أكثر من 90% من البالغين في الولايات المتحدة إيجابيين للأجسام المضادة، لا توجد حاليًا لقاحات أو علاجات معتمدة. تبرز الدراسة أهمية الجليكوبروتين gB، الضروري…