الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: النماذج الجزيئية
-
هيكل الناقل البشري للدوبامين في تعقيد مع الكوكايين
2024 | المؤلف: Jeppe C. Nielsen وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)يلعب ناقل الدوبامين (DAT) دورًا حيويًا في تنظيم إشارات الدوبامين ويعتبر هدفًا رئيسيًا للخصائص الإدمانية للكوكايين. كعضو في عائلة ناقلات النواقل العصبية: ناقل الصوديوم، يستخدم DAT تدرج أيون الصوديوم (Na\(^+\)) لنقل الدوبامين ضد تدرجه الكيميائي. يتم التحكم في آلية النقل بواسطة أبواب داخلية وخارجية تنظم وصول الركيزة إلى موقع الربط المركزي. على الرغم من أهميته،…
-
إنزيم نانو أحادي الذرة مزدوج الموقع يحاكي أكسيد اليورات مع خصوصية عالية للركائز
2024 | المؤلف: Kaiyuan Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذا القسم، يناقش المؤلفون تطور وإمكانات الأكسيدات المستقلة عن الإنزيم المساعد والنانوإنزيمات ذات الذرة الواحدة (SAzymes) في التحفيز الانتقائي. يقدمون إنزيمًا جديدًا مزدوج الموقع للمعادن والروابط، يسمى Ni-DAB، والذي يظهر انتقائية في أكسدة حمض اليوريك (UA). يحاكي Ni-DAB آلية التحفيز المزدوجة لمؤكسد اليورات، مستخدمًا مركز معدن النيكل وذرة كربون في الرابط كمواقع ربط محددة…
-
التصميم الحسابي لنظائر البروتينات الغشائية القابلة للذوبان والوظيفية
2024 | المؤلف: Casper A. Goverde وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نهجًا حسابيًا جديدًا يستخدم التعلم العميق، وبالتحديد AF2 seq-MPNN، لتصميم طيات البروتين المعقدة بكفاءة، بما في ذلك التسلسلات غير الطبيعية. يتميز هذا الإطار بمرونته وقابليته للتعميم، مما يلغي الحاجة إلى إعادة تدريب محددة للطيات أو قيود تصميم معقدة. نجح المؤلفون في هندسة عدة طيات بروتين صعبة، محققين معدلات نجاح تجريبية عالية للتصاميم القابلة…
-
الهياكل عالية الدقة في الموقع للمعقدات التنفسية الثديية
2024 | المؤلف: Wan Zheng وآخرون | المجلة: Nature | المجال: الفيزياء الذرية والجزيئية والبصريات (Atomic and Molecular Physics, and Optics)الميتوكوندريا ضرورية لإنتاج ATP عبر الفسفرة التأكسدية، التي تحدث بشكل أساسي في الغشاء الداخلي من خلال المجمعات التنفسية. تستخدم هذه الدراسة المجهر الإلكتروني بالتبريد في الموقع لتصوير الميتوكوندريا الخنازير مباشرة، كاشفة عن هياكل المجمعات الفائقة التنفسية (SCs) في حالاتهم الأصلية. تم تحديد أربعة تنظيمات رئيسية للمجمعات الفائقة: $I_1III_2IV_1$، $I_1III_2IV_2$، $I_2III_2IV_2$، و$I_2III_4IV_2$، والتي قد تشكل ترتيبات…
-
درجة الحرارة الفسيولوجية تحرك التعرف على ligand TRPM4 وفتح القنوات
2024 | المؤلف: Jinhong Hu وآخرون | المجلة: Nature | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التأثير الكبير لدرجة الحرارة على هيكل ووظيفة الجزيئات الكبيرة، مع التركيز بشكل خاص على قناة الأيونات الحساسة لدرجة الحرارة TRPM4. يبرز المؤلفون أن العديد من الدراسات الفيزيائية الحيوية تُجرى عند درجات حرارة غير فسيولوجية، مما قد يؤدي إلى استنتاجات مضللة بشأن الآليات الجزيئية والتفاعلات الدوائية. من خلال المجهر الإلكتروني…
-
الأساس الهيكلي لتعديل TRPV1 بواسطة الدهون الحيوية الذاتية
2024 | المؤلف: William R. Arnold وآخرون | المجلة: Nature Structural & Molecular Biology | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)تشير هذه الفقرة إلى أن الآلية الأساسية التي تؤثر على الظاهرة المرصودة هي طرد الدهون الفوسفورية (PI) ، بدلاً من تقلبات درجة الحرارة. تشير هذه النتيجة إلى أن ديناميات طرد الدهون تلعب دورًا حاسمًا في العملية قيد التحقيق، مما يبرز أهمية تركيبة الدهون في الوظائف الخلوية أو المتعلقة بالغشاء. قد يوفر الاستكشاف الإضافي لهذه الآلية…