الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: بروتينات
-
التنقل في مشاهد البروتين باستخدام نموذج خشن قابل للنقل تم تعلمه بواسطة الآلة
2025 | المؤلف: Nicholas E. Charron وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بتطوير مجموعة بيانات تتضمن محاكاة للمذيبات الصريحة لجميع الذرات لـ 50 مجالًا من CATH، والتي تمثل بروتينات صغيرة ذات هياكل مطوية متنوعة، إلى جانب حوالي 1,200 ثنائي من أحادي وثنائي الببتيدات. قاموا بتسجيل القوى الفورية المؤثرة على ذرات البروتين وأجروا تجميعًا أساسيًا للقوى على تمثيل هيكل عظمي خشن (CG) للبروتينات.…
-
DeepDTAGen: إطار تعلم عميق متعدد المهام لتوقع تقارب الأدوية والأهداف وتوليد الأدوية المدركة للأهداف
2025 | المؤلف: Pir Masoom Shah وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تقدم ورقة البحث إطار تعلم متعدد المهام يهدف إلى تعزيز اكتشاف الأدوية من خلال التنبؤ في وقت واحد بمدى ارتباط الأدوية بالأهداف وتوليد أنواع جديدة من الأدوية المدركة للأهداف. لقد ركزت الأساليب التقليدية في التعلم الآلي في هذا المجال بشكل كبير على المهام الفردية، إما من خلال التنبؤ بتفاعلات الأدوية مع الأهداف (DTI) أو توليد…
-
GōMartini 3: من التغيرات الشكلية الكبيرة في البروتينات إلى تصحيحات التحيز البيئي
2025 | المؤلف: Paulo C. T. Souza وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في النمذجة ذات الحبيبات الخشنة، مع التركيز بشكل خاص على نموذج GōMartini المحسن، الذي يدمج تنفيذ المواقع الافتراضية لنموذج Gō مع إطار عمل Martini 3. يهدف هذا النموذج إلى تحسين الكفاءة الحسابية مع تمثيل ديناميات البروتين بدقة عبر سياقات بيولوجية متنوعة. يبرز البحث الاختبارات الواسعة التي أجرتها المجتمع…
-
PTM-Mamba: نموذج لغة بروتين مدرك للتعديلات ما بعد الترجمة مع كتل Mamba ذات البوابات ثنائية الاتجاه
2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على PTM-Mamba، وهو نموذج لغة بروتين جديد (LM) مصمم لدمج التعديلات ما بعد الترجمة (PTMs) في ترميز خصائص البروتين. تعتبر PTMs، مثل الفسفرة واليوبيكويتين، حاسمة لتعزيز تنوع البروتينات ولها تأثير كبير على هيكل البروتين ووظيفته وتفاعلاته. يدمج نموذج PTM-Mamba رموز PTM من خلال كتل Mamba ثنائية الاتجاه ويستخدم آلية بوابة لدمجها…
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…
-
GraphBAN: نهج استقرائي قائم على الرسوم البيانية لتحسين توقع تفاعلات المركبات والبروتينات
2025 | المؤلف: Hamid Hadipour وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم هذا القسم نظرة عامة على أهمية فهم تفاعلات المركبات والبروتينات (CPIs) في اكتشاف الأدوية المبكر ويقدم GraphBAN، وهو إطار عمل جديد قائم على الرسوم البيانية مصمم للتنبؤ بهذه التفاعلات. يستخدم GraphBAN معلومات ميزات المركبات والبروتينات لأداء تنبؤات الروابط الاستقرائية، مما يسمح له بالتنبؤ بفعالية بالتفاعلات التي تشمل مركبات وبروتينات لم تُرَ من قبل. تعالج…
-
catGRANULE 2.0: توقعات دقيقة لبروتينات فصل الطور السائل-السائل بدقة الأحماض الأمينية الفردية
2025 | المؤلف: Michele Monti وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث cat-GRANULE 2.0 ROBOT، وهو خوارزمية متقدمة مصممة للتنبؤ بفصل الطور السائل-السائل (LLPS) بدقة على مستوى الأحماض الأمينية الفردية من خلال دمج الخصائص الفيزيائية الكيميائية مع الميزات الهيكلية المستمدة من AlphaFold. تُظهر هذه الطريقة دقة عالية في تقييم تأثير الطفرات المحددة على ميل LLPS، مما يعزز فهمنا للآليات الكامنة وراء LLPS وآثارها في التنظيم…
-
دمج نماذج لغة البروتين والمصنع الحيوي التلقائي لتعزيز تطور البروتين
2025 | المؤلف: Qiang Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم الدراسة نهجًا جديدًا في هندسة البروتينات يدمج التعلم الآلي وتقنيات البيوفوندري الآلية لتعزيز عملية التطور الموجه التقليدية. من خلال استخدام نموذج لغة البروتين ESM-2، طور الباحثون منصة تطور تلقائية تعمل ضمن نظام حلقة مغلقة، مما يسهل دورة التصميم-البناء-الاختبار-التعلم. تبدأ هذه النظام عملية التطور من خلال إجراء توقعات بدون عينة لـ 96 نوعًا من البروتينات،…
-
الإمكانات العالمية للبروتين المستدام من الخلايا المفردة بناءً على الكهرباء المتجددة المتغيرة
2025 | المؤلف: Mahdi Fasihi وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)تناقش قسم ورقة البحث التأثيرات البيئية الكبيرة لنظام الغذاء العالمي، مع تسليط الضوء بشكل خاص على دور إنتاج البروتين في تجاوز عدة حدود كوكبية. ويؤكد على إمكانيات البروتين أحادي الخلية (SCP) كبديل مستدام، مستمد من مصادر الطاقة المتجددة والمواد الغذائية المستدامة. يقوم المؤلفون بتقييم جدوى إنتاج SCP باستخدام الهيدروجين والأكسجين الكهربائيين، وثاني أكسيد الكربون والنيتروجين…
-
مسح شامل لوظائف التقييم لنماذج ربط البروتين
2025 | المؤلف: Azam Shirali وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يبرز المؤلفون أهمية وظائف التقييم في ربط البروتينات، وهو أمر أساسي لفهم تفاعلات البروتين. يؤكدون على أن فعالية أدوات الربط تعتمد بشكل كبير على القدرة على التمييز بدقة بين المجمعات المرتبطة الأصلية وغير الأصلية. على الرغم من اقتراح العديد من وظائف التقييم المبتكرة، لا تزال طريقة تقييم فعالة عالمياً بعيدة المنال. يقترح…
