الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ترانسكريبتوم
-
إعادة تعريف الجينات المتغيرة العالية بواسطة انحدار LOESS المحسن مع نسبة إيجابية
2025 | المؤلف: Yue Xie وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التحديات التي تطرحها الأبعاد العالية والندرة في بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية، مع التأكيد على أهمية اختيار الميزات لتقليل الأبعاد وتحسين القابلية للتفسير. يقدمون خوارزمية جديدة لاختيار الميزات تستخدم الانحدار السلس المحلي المقدر المحسن (LOESS) لنمذجة العلاقة بين مستويات التعبير الجيني المتوسطة والنسب الإيجابية بشكل فعال، مع تقليل خطر الإفراط…
-
علم النسخ الزمني المكاني يكشف عن تنظيم الجينات الرئيسية لعائد الحبوب وجودتها في القمح
2025 | المؤلف: Xiaohui Li وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علوم النبات (Plant Science)تقدم هذه الورقة البحثية دراسة عن النسخ الجزيئي المكاني تركز على المراحل المبكرة من تطوير حبة القمح، تحديدًا من 4 إلى 12 يومًا بعد التلقيح. يصنف المؤلفون الحبة إلى عشرة أنواع خلايا متميزة ويحددون 192 جينًا علامة مرتبطة بهذه الأنواع. من خلال تحليل شبكة التعبير الجيني الموزون (WGCNA)، يكشفون أن الجينات ذات مستويات التعبير العالية…
-
تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة يكشف عن اختلافات جنسية في التركيب تحت الخلوي ونشاط شبكة تنظيم الجينات المرتبطة باللويحات السباتية البشرية
2025 | المؤلف: Katyayani Sukhavasi وآخرون | المجلة: Nature Cardiovascular Research | المجال: علم المناعة (Immunology)يتناول هذا القسم من ورقة البحث النتائج المستخلصة من دراسة تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة لـ 7,690 خلية من لويحات الشريان السباتي البشري، كاشفًا عن اختلافات ملحوظة بين الجنسين في التركيب تحت الخلوي ونشاط شبكة تنظيم الجينات (GRN) المرتبطة بتضيق الشريان السباتي. بينما لم تختلف الأنواع الرئيسية من الخلايا، بما في ذلك خلايا العضلات…
-
تحليلات النسخ الجيني أحادي الخلية والمكانية تكشف عن إعادة تشكيل بيئة الورم بعد العلاج الكيميائي المناعي المساعد في سرطان الرئة غير صغير الخلايا
2025 | المؤلف: Xiaolu Cui وآخرون | المجلة: Molecular Cancer | المجال: علم الأورام (Oncology)تدرس الدراسة آثار العلاج الكيميائي المناعي المساعد على سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC)، وهو الشكل الأكثر شيوعًا من سرطان الرئة، من خلال تحليل عينات الأنسجة من 12 مريضًا. باستخدام تسلسل RNA أحادي الخلية وتسلسل النسخ الجيني المكاني، تحدد الأبحاث المكونات الخلوية الرئيسية وأنماط الاتصال داخل بيئة الورم الدقيقة التي قد تؤثر على حساسية العلاج.…
-
تصفية الخلايا ذات المحتوى الميتوكوندري العالي تستنفد تجمعات الخلايا الخبيثة المتغيرة الأيضية القابلة للحياة في دراسات الخلايا المفردة للسرطان
2025 | المؤلف: Josephine Yates وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث ورقة البحث في تداعيات ممارسات التصفية في تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) للخلايا الخبيثة، مع التركيز بشكل خاص على نسبة عدد RNA الميتوكوندريا (pctMT). قد تستبعد عتبات التصفية التقليدية، التي تم تحديدها من دراسات على الأنسجة الصحية، عن غير قصد الخلايا الخبيثة التي تظهر نسبة أعلى من pctMT الأساسية بسبب خصائصها البيولوجية الفطرية. من…
-
نموذج تجميع بشري لمسار الحساسات العصبية الصاعد
2025 | المؤلف: Ji‐il Kim وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)في هذه الدراسة، نجح المؤلفون في إنشاء نموذج لمسار الحسية الصاعد البشري يتكون من أربعة مكونات باستخدام الأعضاء العصبية الإقليمية المستمدة من خلايا جذعية بشرية متعددة القدرات (hiPS). قاموا بتطوير أعضاء قشرية بشرية (hCO)، وأعضاء دينية (hDiO)، وأعضاء الحبل الشوكي الظهرية (hdSpO)، وأعضاء حسية جسدية (hSeO) من خلال تقنيات التمايز الموجه. أكدت تسلسل RNA أحادي…
-
دمج تحليلات الميتابولوميات والترانسكريبتوميات يكشف عن تأثيرات السيلينيوم النانوي على باك تشوي
2025 | المؤلف: Yanyan Wang وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)تبحث هذه الدراسة في تأثيرات السيلينيوم النانوي على نمو وجودة التغذية لباك تشوي (Brassica chinensis var. pekinensis cv. ‘Suzhouqing’). تسلط الدراسة الضوء على أن السيلينيوم النانوي، وخاصة عند تركيز منخفض قدره 5 ملغ L\(^{-1}\)، يعزز بشكل كبير وزن الأوراق ومحتوى السيلينيوم الكلي بينما يعدل المستقلبات الأولية مثل الأحماض الأمينية القابلة للذوبان، والبروتينات، والسكريات، وحمض الأسكوربيك.…
-
تجميع الجينوم من طرف التيلومير إلى طرف التيلومير مقترنًا ببيانات متعددة الأوميك يوفر رؤى حول تطور القمح الخبزي سداسي الصيغة الصبغية
2025 | المؤلف: Shoucheng Liu وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علوم النبات (Plant Science)يقدم القسم تحليلًا مقارنًا لتجميعات جينوم القمح CS-IAAS و CS RefSeq (الإصدار 2.1)، مع تسليط الضوء على الفروق المهمة في إحصائيات جينومية مختلفة. يتكون تجميع CS-IAAS من 14.51 مليار قاعدة مثبتة، متجاوزًا 14.01 مليار قاعدة في CS RefSeq بنسبة 3.57%. ومن الجدير بالذكر أن CS-IAAS يظهر انخفاضًا ملحوظًا في الفجوات (0 مقارنة بـ 183,603 في…
-
الدور المزدوج لخلايا البلعمة المرتبطة بالورم CXCL9/SPP1 في تعديل المناعة المضادة للورم في سرطان الكبد
2025 | المؤلف: Yu Gu وآخرون | المجلة: Frontiers in Immunology | المجال: علم المناعة (Immunology)تبحث الدراسة في البيئة الدقيقة المثبطة للمناعة للأورام في سرطان الكبد الخلوي (HCC)، مع التركيز على إعادة برمجة البلعميات المرتبطة بالورم (TAMs) كاستراتيجية علاجية. من خلال تحليل شامل يجمع بين تسلسل الخلايا الفردية متعدد المناطق، وملف النسخ الكلي، وملف النسخ المكاني مع علم الأشعة، تكشف الدراسة عن تباين كبير بين TAMs، مع تحديد SPP1+ و…
