الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ترانسكريبتوم
-
CellFM: نموذج أساسي على نطاق واسع تم تدريبه مسبقًا على النسخ الجيني لـ 100 مليون خلية بشرية
2025 | المؤلف: Yuansong Zeng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول القسم التقدمات والتحديات في تسلسل الخلايا الفردية، مع التركيز بشكل خاص على تطوير نموذج أساسي جديد للخلايا الفردية (CellFM) مصمم لمعالجة قضايا مثل ضوضاء البيانات، وتأثيرات الدفعة، والندرة التي تعاني منها الأساليب التحليلية الحالية. على الرغم من ظهور أدوات مختلفة تهدف إلى تحليل بيانات الخلايا الفردية، فإن فعاليتها تتناقص مع مجموعات البيانات الجديدة وأحجام…
-
فك تأثير مجموعات MMP1+ الخبيثة على تفاعلات الورم والمناعة: رؤى من النسخ الجيني أحادي الخلية والنسخ الجيني المكاني
2025 | المؤلف: Da-Ming Xu وآخرون | المجلة: Cell Death Discovery | المجال: علم المناعة (Immunology)تبحث الدراسة في دور ميتالوبروتيناز المصفوفة 1 (MMP1) في بيولوجيا الورم وتعديل المناعة، مع تسليط الضوء على أهميته في إعادة تشكيل المصفوفة خارج الخلوية التي تسهل تقدم الورم. باستخدام تسلسل RNA أحادي الخلية على نطاق واسع والتTranscriptomics المكاني، تكشف الدراسة أن تعبير MMP1 مرتفع عبر أنواع مختلفة من الأورام ويتوافق بقوة مع الإمكانية النقيليّة. ترتبط…
-
التقدم في النسخ الجيني المكاني وتطبيقه في نظام الهيكل العظمي العضلي
2025 | المؤلف: Haoyu Wang وآخرون | المجلة: Bone Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تستعرض هذه القسم التقدمات في علم النسخ الجيني المكاني (ST) وتطبيقاته ضمن النظام العضلي الهيكلي، مع تسليط الضوء على أهميته في فهم التباين الخلوي والتفاعلات بين الخلايا التي قد تتجاهلها طرق تسلسل RNA التقليدية. يستعرض المراجعة تقنيات مختلفة لجمع البيانات، مع التركيز على الاختراقات التكنولوجية الحديثة وتقديم سير عمل لدمج ST في أبحاث النظام العضلي…
-
الديناميات الطولية للمضيف والميكروبيوم في الميتا ترانسكريبتوم تحدد علامات التقدم في التهاب اللثة
2025 | المؤلف: Ana Duran-Pinedo وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في التفاعلات المعقدة بين المضيف والميكروبيوم في سياق التهاب اللثة، وهو مرض يتميز بالتهاب الأنسجة الداعمة للأسنان والذي يمكن أن يؤدي إلى فقدان الأسنان. أجروا تحليلًا طوليًا للميتابرنسكريبتوم الخاص بالمضيف والميكروبيوم على مدى عام واحد في 15 مشاركًا، مع تحديد نقطة تغيير حرجة عند ستة أشهر حيث لوحظ تعبير مختلف…
-
القيادة البديلة المرتبطة بالشيخوخة تدفع ظهور النيوأنتيجين كما كشفت عنه تحليل النسخ لـ 1,255 عينة دم بشرية
2025 | المؤلف: Shuhan Li وآخرون | المجلة: Frontiers in Aging | المجال: علم المناعة (Immunology)تدرس هذه الدراسة الجينات المرتبطة بالعمر وأحداث النسخ البديلة (AS) من خلال تحليل شامل للترانسكريبتوم لـ 1,255 عينة دم صحية من أفراد تتراوح أعمارهم بين 8 إلى 87 عامًا. حدد التحليل 1,029 جينًا مرتفع التعبير و1,186 جينًا منخفض التعبير في الأفراد الأكبر سنًا، مع تداخل 17 من هذه الجينات مع الجينات المعروفة المرتبطة بالشيخوخة، مثل…
-
تحليل ترانسكريبتومي-فسيولوجي تكاملي يفكك إعادة توزيع الكربون المدعومة بالنيتروجين موازنة النمو واستقلاب الفلافونويد في Epimedium pubescens
2025 | المؤلف: Shangnian Liu وآخرون | المجلة: Frontiers in Plant Science | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث هذه الدراسة في تأثير توفر النيتروجين على نمو وإنتاج المستقلبات الثانوية للنبات الطبي *Epimedium pubescens*، مع التركيز على التوازن بين تراكم الكتلة الحيوية وإنتاج الفلافونويد. من خلال تحليل فيزيولوجي شامل وتحليل النسخ عبر خمسة مستويات من النيتروجين (0، 3.5، 7.5، 15، و22.5 مليمول NO₃⁻)، تكشف الدراسة أن النيتروجين المعتدل (7.5 مليمول NO₃⁻) يعزز بشكل…
-
دمج فعال للبيانات متعددة الأومكس مع المعرفة السابقة لتحديد العلامات الحيوية عبر الشبكات العصبية الرسومية القابلة للتفسير
2025 | المؤلف: Rohit Tripathy وآخرون | المجلة: npj Systems Biology and Applications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون تطوير نموذج تكاملي متعدد الوسائط يهدف إلى اكتشاف التفاعلات بين المجالات الحيوية (BDs) ذات الصلة بعلم الأمراض، وخاصة مرض الزهايمر (AD). يستخدم النموذج تمثيلات رموز الفئات من محول مجموعة موحد للمعلومات عبر 16 مجالًا حيويًا متميزًا، والتي تصنف وظائف الجينات إلى أنماط داخلية جزيئية. ثم تم تدريب محول مجموعة مساعد…
-
مثبطات الأسيتيل هيستون تكبح تراكم الليكوشالكون A عن طريق تثبيط التعبير عن الجينات المرتبطة بمسار تخليق الفلافونويد في عرق السوس (Glycyrrhiza inflata)
2025 | المؤلف: Jiangyi Zeng وآخرون | المجلة: Molecular Horticulture | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تستكشف هذه الدراسة دور إنزيمات إزالة الأسيتيل (HDACs) في تنظيم تخليق الفلافونويد في Glycyrrhiza inflata، وهي نوع طبي رئيسي من العرقسوس. حددت الأبحاث تسعة عشر إنزيم HDAC داخل جينوم G. inflata وأظهرت أن الضغوط غير الحيوية والهرمونات النباتية تؤثر بشكل كبير على تراكم الفلافونويد، والذي يرتبط بتغيرات في تعبير جينات HDAC ومستويات الأسيتيل في الهيستون…
-
بيانات زمنية لمدة 48 ساعة و24 ساعة تكشف عن إيقاعات يومية محددة لنوع الخلايا في الأرابيدوبسيس
2025 | المؤلف: Yuwei Qin وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)الساعة البيولوجية الوظيفية ضرورية لتكيف وبقاء الكائنات الحية، لا سيما في النباتات الأرضية حيث لا يزال التوصيف التفصيلي للتعبير الجيني اليومي على مستوى الخلية الواحدة غير مستكشف إلى حد كبير. تتناول هذه الدراسة هذه الفجوة من خلال استخدام تسلسل RNA أحادي النواة بتقنية الزمن المتقطع (snRNA-seq) على شتلات الأرابيدوبسيس، وجمع البيانات على مدى 48 ساعة…
-
فك تشفير المواد الكيميائية من نوع البير-والبوليفلورو ألكيل (PFAS) في سرطان الكبد: نهج متعدد الأوميات وعلم السموم الحاسوبي
2025 | المؤلف: Yanggang Hong وآخرون | المجلة: Journal of Translational Medicine | المجال: الكيمياء البيئية (Environmental Chemistry)تبحث هذه الدراسة في دور المواد الكيميائية المعالجة بالفلور (PFAS)، وتحديداً حمض البيرفلوروأوكتانويك (PFOA) وسولفونات البيرفلوروأوكتان (PFOS)، في سرطان الكبد الخلوي (HCC) من خلال نهج شامل متعدد الأوميات. تحدد الدراسة ستة جينات رئيسية—APOA1، ESR1، IGF1، PPARGC1A، SERPINE1، وPON1—كأهداف رئيسية مرتبطة بتعرض PFAS وتقدم HCC. تشير تحليلات الإثراء الوظيفي إلى أن هذه الأهداف مرتبطة بمسارات الإشارات…