الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تسلسل الببتيد
-
التعبير غير المتجانس، التحليل الهيكلي، والتوصيف الوظيفي لبروتين ربط الفيرومون 2 (OnubPBP2) من نوع أوسترينيا نوبيلاليس
2026 | المؤلف: Viswanath Nukala وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)دودة الذرة الأوروبية (Ostrinia nubilalis) هي آفة مهمة تؤثر على إنتاج الذرة، مع خسائر سنوية تقدر بين 5.5 إلى 8.5 مليون طن على مستوى العالم. يعتمد التزاوج الناجح في هذا النوع على قدرة الذكر على اكتشاف الفيرومونات الجنسية الكارهة للماء التي تطلقها الإناث. تلعب بروتينات ربط الفيرومونات (PBPs)، التي يتم التعبير عنها بشكل كبير في…
-
هياكل Cryo-EM لـ ClpXP البشري تكشف عن آليات التجميع والتفعيل البروتيني
2026 | المؤلف: Wenqian Chen وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يلعب مجمع ClpXP البشري (hClpXP) دورًا حاسمًا في التحكم في جودة البروتينات الميتوكوندرية من خلال تكسير البروتينات غير المطوية وغير الضرورية. تستخدم هذه الدراسة مجهر الإلكترون بالتبريد عالي الدقة (cryo-EM) لتوضيح مسار التجميع الكامل لـ hClpXP، كاشفة أن hClpP يوجد كهيبتامر حلقي مفرد في العزلة. تم تحديد مجمع التجميع الأولي حيث يتفاعل hClpX سداسي مع…
-
تصميم محدد تسلسل الهدف لربط الببتيدات باستخدام نمذجة اللغة المقنعة
2025 | المؤلف: Tianlai Chen وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأورام (Oncology)يتناول القسم تطوير PepMLM، وهو أداة حسابية مصممة لإنشاء روابط ببتيدية خطية جديدة تستهدف البروتينات التي تعتبر تقليديًا “غير قابلة للعلاج”. يستخدم PepMLM استراتيجية تغطية تدمج تسلسلات الببتيد المتوافقة عند الطرف C من تسلسلات البروتين المستهدفة، مما يسمح له بتحسين نموذج لغة البروتين ESM-2. تمكن هذه الطريقة من إعادة بناء مناطق الروابط ذات درجات تعقيد…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
التجميع من جديد لجينوم الميتوكوندريا لنبات الجذور العرقية وتحديد نوعين من تكوينات إعادة التركيب المتماثلة الناتجة عن تسلسلات متكررة
2025 | المؤلف: Guang Yu Zhou وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)في هذه الدراسة، تم تجميع وتوضيح الجينومات الميتوكوندرية والكلوروبلاستية لنبات *Glycyrrhiza glabra*، وهو نبات طبي بارز، بنجاح باستخدام تقنيات تسلسل القراءة القصيرة (Illumina) والطويلة (Oxford Nanopore). وُجد أن الجينوم الميتوكوندري له هيكل دائري يمتد على 421,293 قاعدة مع محتوى GC يبلغ 45.1%، ويحتوي على 56 جينًا موضحًا. كانت إحدى النتائج المهمة هي تحديد 514 تسلسلًا…
-
BFVD – مستودع كبير لهياكل البروتينات الفيروسية المتوقعة
2024 | المؤلف: Rachel Seongeun Kim وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم البيئة (Ecology)قاعدة بيانات هيكل البروتين AlphaFold (AFDB) هي مستودع شامل لهياكل البروتين المتوقعة، لكنها تفتقر إلى تغطية التسلسلات الفيروسية، مما يحد من البحث في علم الفيروسات. لسد هذه الفجوة، طور الباحثون قاعدة بيانات الفيروسات الكبيرة الرائعة (BFVD)، التي تحتوي على 351,242 هيكل بروتين تم التنبؤ به باستخدام ColabFold على ممثلي التسلسلات الفيروسية من مجموعات UniRef30. من…
-
الكشف في الوقت الحقيقي عن 20 حمض أميني وتمييز الببتيدات ذات الصلة المرضية باستخدام مسام نانوية مفعلة
2024 | المؤلف: Ming Zhang وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: الهندسة الطبية الحيوية (Biomedical Engineering)تقدم هذه الدراسة نهجًا جديدًا للتحديد الدقيق والكمية لجميع الأحماض الأمينية البروتينية العشرين باستخدام مسام نانوية من Mycobacterium smegmatis مفعلة بالنحاس (II) مع استبدال N91H. هذه الطريقة، عند دمجها مع خوارزمية تعلم الآلة، تحقق دقة تحقق تبلغ 99.1% ومعدل استرداد إشارة يبلغ 30.9%. يظهر النظام القدرة على الكمية الفائقة الحساسية للأحماض الأمينية على مستوى النانومول…