الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تصميم الأدوية
-
تصميم مثبط تساهمي يمنح نشاطًا ضد كل من الأشكال المرتبطة بـ GDP و GTP من KRAS G12C
2026 | المؤلف: Matthew L. Condakes وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على تطوير مثبطات مزدوجة تستهدف كل من الحالات غير النشطة والنشطة من KRAS G12C، وهو محرك سرطاني بارز. ترتبط هذه المثبطات بموقع Switch II (SWII) الألستيري وتستخدم رأس حربي كيميائي متميز لتعديل KRAS G12C بشكل تساهمي في كلا الحالتين. تشير تحليلات الهيكل البلوري المشترك إلى أن هذه المثبطات المزدوجة تعطل شبكة روابط…
-
تصميم دي نوفو للببتيدات المضادة للميكروبات بواسطة DLFea4AMPGen من خلال دمج الميزات المستفادة من نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يحدد تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من المشاركين. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، واستطلاعات، ودراسات ملاحظة، مما يضمن فهمًا شاملاً للظواهر قيد التحقيق. تم تحليل البيانات باستخدام برامج إحصائية مناسبة، مع تحديد مستويات الدلالة عند p…
-
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
-
AMPGen: نموذج توليدي مدفوع بالمعلومات المحفوظة والتطور لتصميم جديد للببتيدات المضادة للميكروبات
2025 | المؤلف: S. Jin وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)يقدم القسم AMPGen، وهو نموذج توليدي جديد مصمم لإنشاء الببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) من الصفر، والتي تتميز بمرونتها الهيكلية وضرورتها للعديد من الوظائف البيولوجية. تكافح نماذج تصميم البروتين التقليدية في توليد مثل هذه الببتيدات بسبب نقص الهياكل المستقرة. يدمج AMPGen المعلومات التطورية من خلال نموذج انتشار تلقائي مدرب مسبقًا وغير حساس للترتيب يستخدم الانتباه المحوري…
-
مثبط ENPP1 الفموي المصمم باستخدام الذكاء الاصطناعي التوليدي كمنظم STING من الجيل التالي للأورام الصلبة
2025 | المؤلف: Congying Pu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)تدرس الدراسة دور إنزيم Ectonucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase 1 (ENPP1) كهدف لتعديل مسار STING-type-I interferon، الذي يعد حاسمًا للمناعة المضادة للأورام. يستخدم المؤلفون تقنيات الذكاء الاصطناعي وبيانات متعددة الأوميات من المرضى لإظهار أن تثبيط ENPP1، الذي يقوم بتحلل cyclic GMP-AMP (cGAMP) المنشط لـ STING، يمثل نهجًا أكثر أمانًا وفعالية من التحفيز المباشر لـ STING في أنواع مختلفة…
-
توقع وتصميم هيكل الببتيدات الدائرية باستخدام AlphaFold2
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث تم استخدام التحليلات الإحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شملت جمع البيانات إجراءات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية، مع تطبيق…
-
التصميم العقلاني لمثبط الفيروسات النباتية الذي يمنع تجمع بروتين النواة في فيروس ذبول الطماطم المنقط
2025 | المؤلف: Ningning Zan وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)في هذا القسم، يوضح المؤلفون المواد والأساليب المستخدمة في بحثهم. لقد استخدموا بذور *Nicotiana glutinosa* و*Nicotiana benthamiana*، التي تم حفظها في مختبرهم وزراعتها تحت ظروف مسيطر عليها في غرفة مناخ اصطناعي، مع الحفاظ على درجة حرارة 25 درجة مئوية خلال النهار و23 درجة مئوية في الليل، مع مستويات رطوبة نسبية تبلغ 50% و40%، على التوالي.…
-
خوارزمية معززة بالحوسبة الكمومية تكشف عن مثبطات محتملة لبروتين KRAS
2025 | المؤلف: Mohammad Ghazi Vakili وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)في هذا القسم، يناقش المؤلفون تطوير نموذج هجين كمي-كلاسيكي يهدف إلى توليد مركبات تستهدف بروتين KRAS، مع معالجة القيود التي تفرضها توفر الكيوبت والتحديات الناتجة عن الهضاب القاحلة في التعلم الكمي. يشيرون إلى عمل زينغ وآخرين، الذين قدموا هجينًا كميًا-كلاسيكيًا لتوليد الصور، مؤكدين على إمكانية ترميز الشروط في الدوائر الكمية باستخدام كيوبت إضافية. كما يبرز…
-
تصميم وتخليق مركبات 2-أوكسي إندولين-3-يلدين المضادة للتكاثر التي تحتوي على وظيفة يوريا مع خصائص مثبطة محتملة لـ VEGFR-2
2025 | المؤلف: Dalia R. Aboshouk وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم السموم (Toxicology)تركز البحث على تخليق مركبات جديدة مضادة للتكاثر، وتحديداً 2-أوكسي إندولين-3-يلدين مع وظيفة اليوريا، تستهدف مستقبل عامل نمو بطانة الأوعية الدموية 2 (VEGFR-2) بسبب تنشيطه المفرط في أنواع مختلفة من السرطان. تم تخليق المركبات من خلال تفاعل من خطوتين يتضمن إضافة 1-(أسيتيل فينيل)-3-فينيل يوريا إلى الإيساتين في محلول إيثانول، تليها إزالة الماء الحمضية. أظهرت العوامل…
-
نموذج انتشار مزدوج يمكّن من توليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد وتحسين الرصاص بناءً على جيوب الهدف
2024 | المؤلف: Lei Huang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)ت outlines ورقة البحث المبادئ الأساسية لنموذج الانتشار، الذي يعمل من خلال سلسلتين مترابطتين من ماركوف: عملية الانتشار وعملية العكس (إزالة الضوضاء). تقوم عملية الانتشار بإدخال ضوضاء غاوسية بشكل منهجي إلى البيانات على مدى سلسلة من الخطوات الزمنية، مما يحول توزيع البيانات الحقيقي إلى توزيع ضوضاء محدد مسبقًا. يتم التحكم في هذا التحويل من خلال…