الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تصميم البروتين
-
تحسين تصميم روابط البروتين باستخدام RFdiffusion المستهدف بالتزاوج β
2026 | المؤلف: Isaac Sappington وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأشعة والطب النووي والتصوير الطبي (Radiology, Nuclear Medicine and Imaging)تقدم البحث نهجًا جديدًا لتصميم هياكل البروتين التي ترتبط بفعالية بمواقع البروتين المستهدفة المحبة للماء، مع التركيز بشكل خاص على حواف خيوط البيتا. من خلال تكييف RFdiffusion، نجح المؤلفون في توليد تصميمات تشكل صفائح بيتا ممتدة متطابقة هندسيًا، حيث تكمل المجموعات القطبية على البروتينات المستهدفة مجموعات الروابط الهيدروجينية على الروابط المصممة. تم تطبيق هذه الطريقة…
-
هيكلة موقع النشاط الإنزيمي على مستوى الذرة باستخدام RFdiffusion2
2025 | المؤلف: Woody Ahern وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة التقدم في تصميم الإنزيمات، وخاصة من خلال إدخال النموذج التوليدي العميق، RoseTTAFold diffusion 2 (RFdiffusion2). تتضمن الطرق التقليدية لتصميم الإنزيمات ترتيب مجموعات الوظائف الحفازة حول حالة انتقال التفاعل وتتطلب تحديد مواقع بقايا مسبقة، مما يحد من المرونة. بالمقابل، يسمح RFdiffusion2 بتصميم الإنزيمات مباشرة من هندسة مجموعات الوظائف دون الحاجة إلى تحديد ترتيب…
-
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
-
التصميم الحسابي الكامل لإنزيمات إزالة كيمب عالية الكفاءة
2025 | المؤلف: Dina Listov وآخرون | المجلة: Nature | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم البحث سير عمل حسابي جديد لتصميم إنزيمات فعالة، تستهدف بشكل خاص طيات TIM-barrel، التي واجهت تقليديًا تحديات في تحقيق معدلات تحفيزية مقارنة بالإنزيمات الطبيعية. كانت التصاميم الحسابية السابقة تتطلب تحسينات تجريبية واسعة، مما أدى إلى كفاءات تحفيزية منخفضة. يُبلغ المؤلفون عن التصميم الناجح لثلاثة إنزيمات كيمب مع كفاءات تتجاوز 2,000 M\(^{-1}\)s\(^{-1}\)، حيث أظهر المتغير…
-
تصميم بروتينات متعددة الحالات ووظيفية باستخدام انتشار فضاء تسلسل RoseTTAFold
2024 | المؤلف: Sidney Lisanza وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث مولد البروتين (PG)، وهو نموذج جديد لانتشار مساحة التسلسل مبني على RoseTTAFold، يهدف إلى تعزيز توليد هياكل البروتين من الصفر مع معالجة قيود النماذج الحالية في توليد الخصائص الوظيفية والسمات المحددة بالتسلسل. يعمل PG من خلال البدء من تمثيل تسلسلي مشوش ويستخدم إزالة الضوضاء التكرارية لإنتاج أزواج من تسلسلات وهياكل البروتين، مسترشداً بسمات…
-
التصميم الحسابي لنظائر البروتينات الغشائية القابلة للذوبان والوظيفية
2024 | المؤلف: Casper A. Goverde وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نهجًا حسابيًا جديدًا يستخدم التعلم العميق، وبالتحديد AF2 seq-MPNN، لتصميم طيات البروتين المعقدة بكفاءة، بما في ذلك التسلسلات غير الطبيعية. يتميز هذا الإطار بمرونته وقابليته للتعميم، مما يلغي الحاجة إلى إعادة تدريب محددة للطيات أو قيود تصميم معقدة. نجح المؤلفون في هندسة عدة طيات بروتين صعبة، محققين معدلات نجاح تجريبية عالية للتصاميم القابلة…