الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تطور موجه




  • التصميم الحسابي الكامل لإنزيمات إزالة كيمب عالية الكفاءة

    2025 | المؤلف: Dina Listov وآخرون | المجلة: Nature | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)

    تقدم البحث سير عمل حسابي جديد لتصميم إنزيمات فعالة، تستهدف بشكل خاص طيات TIM-barrel، التي واجهت تقليديًا تحديات في تحقيق معدلات تحفيزية مقارنة بالإنزيمات الطبيعية. كانت التصاميم الحسابية السابقة تتطلب تحسينات تجريبية واسعة، مما أدى إلى كفاءات تحفيزية منخفضة. يُبلغ المؤلفون عن التصميم الناجح لثلاثة إنزيمات كيمب مع كفاءات تتجاوز 2,000 M\(^{-1}\)s\(^{-1}\)، حيث أظهر المتغير…

  • دمج نماذج لغة البروتين والمصنع الحيوي التلقائي لتعزيز تطور البروتين

    2025 | المؤلف: Qiang Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    تقدم الدراسة نهجًا جديدًا في هندسة البروتينات يدمج التعلم الآلي وتقنيات البيوفوندري الآلية لتعزيز عملية التطور الموجه التقليدية. من خلال استخدام نموذج لغة البروتين ESM-2، طور الباحثون منصة تطور تلقائية تعمل ضمن نظام حلقة مغلقة، مما يسهل دورة التصميم-البناء-الاختبار-التعلم. تبدأ هذه النظام عملية التطور من خلال إجراء توقعات بدون عينة لـ 96 نوعًا من البروتينات،…

  • خريطة المشهد البيوكيميائي للروبيسكو

    2025 | المؤلف: Noam Prywes وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    روبيسكو، الإنزيم الأساسي لثاني أكسيد الكربون في الغلاف الحيوي، يظهر حركيات بطيئة ويقدم تحديات لتحسينات الهندسة بسبب معاييره البيوكيميائية المعقدة. تقدم هذه الدراسة اختبارًا متوازيًا ضخمًا باستخدام سلالة مهندسة من *Escherichia coli* لاستكشاف منهجي لمشهد التسلسل-الوظيفة للروبيسكو من *Rhodospirillum rubrum*. من خلال تقييم أكثر من 99% من الطفرات أحادية الأحماض الأمينية تحت تركيزات مختلفة من…

  • الهندسة المتسارعة للإنزيمات بواسطة التعبير الخالي من الخلايا الموجه بتعلم الآلة

    2025 | المؤلف: Grant M. Landwehr وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    تقدم ورقة البحث منصة جديدة موجهة بواسطة التعلم الآلي (ML) تهدف إلى التغلب على قيود هندسة الإنزيم التقليدية، خاصة في توليد مجموعات بيانات واسعة من علاقات التسلسل-الوظيفة للتصميم التنبؤي. تدمج هذه المنصة تجميع الحمض النووي الخالي من الخلايا، والتعبير الجيني الخالي من الخلايا، والاختبارات الوظيفية لرسم خرائط فعالة لمشاهد اللياقة عبر مساحة تسلسل البروتين، مما…