الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: توقع بنية البروتين
-
تحقيق التوازن بين السرعة والدقة في طي البروتينات: مقارنة بين AlphaFold2 وESMFold وOmegaFold
Balancing speed and precision in protein folding: a comparison of AlphaFold2, ESMFold, and OmegaFold2026 | المؤلف: Anna Hyskova وآخرون | المجلة: Frontiers in Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتطلب التقدم السريع في أدوات توقع بنية البروتين تقييمات أداء منهجية للمساعدة في اختيار الطريقة، خاصةً بالنظر إلى التوازن بين سرعة الحساب ودقة التوقع. في هذه الدراسة، قمنا بتقييم ثلاثة أدوات بارزة—AlphaFold2 وESMFold وOmegaFold—باستخدام مجموعة بيانات تتكون من 1,337 سلسلة بروتين من بنك بيانات البروتين، مع ضمان عدم وجود تداخل مع بيانات التدريب. قمنا بتقييم…
-
تنبؤ هيكل البروتين في مجال واحد ومتعدد المجالات باستخدام D-I-TASSER المعتمد على التعلم العميق
Deep-learning-based single-domain and multidomain protein structure prediction with D-I-TASSER2025 | المؤلف: Wei Zheng وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على نهج هجين جديد لتوقع بنية البروتين يسمى تحسين تجميع الخيوط التكراري القائم على التعلم العميق (D-I-TASSER). يجمع هذه الطريقة بين إمكانيات التعلم العميق متعددة المصادر مع محاكاة تجميع شظايا الخيوط التكرارية لتوليد نماذج على مستوى الذرة، وخاصة للبروتينات متعددة المجالات الكبيرة. يستخدم D-I-TASSER بروتوكول تقسيم وتجميع المجالات، مما يعزز بشكل…