الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ديناميات الجزيئات
-
نمذجة البلازما الكثيفة جزئيًا المؤينة باستخدام ديناميات الجزيئات الموجية
2026 | المؤلف: Daniel Plummer وآخرون | المجلة: Physical review. E | المجال: الفيزياء الذرية والجزيئية والبصريات (Atomic and Molecular Physics, and Optics)في هذا القسم، يقدم المؤلفون إطار ديناميات الجزيئات الموجية المصممة للتحقيق في الخصائص الهيكلية للبلازما الكثيفة جزئيًا المؤينة، مع دمج نموذج كيميائي يأخذ في الاعتبار دوال الموجة للحالات المرتبطة. باستخدام الهيدروجين كحالة دراسية، يحسبون توزيعات حالات الشحن الذاتي المتسقة عبر تقليل الطاقة الحرة، مشيرين إلى المنهجية التي وضعتها بلومر وآخرون [Phys. Rev. E 111, 015204…
-
توليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد المقيدة بالتفاعل باستخدام نموذج انتشار يمكّن نمذجة الفارماكوفور القائمة على الهيكل لتصميم الأدوية
2026 | المؤلف: Masami Sako وآخرون | المجلة: npj Drug Discovery. | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)في مجال تصميم الأدوية القائم على الهيكل (SBDD)، تكمن تحديات كبيرة في توليد هياكل جزيئية ثلاثية الأبعاد تحافظ على التفاعلات الحرجة بين البروتين والليغاند. يقدم البحث DiffPharma، وهو إطار جديد لنمذجة الفارماكوفور يستخدم نموذج انتشار شرطي لإنشاء جزيئات تلتزم بقيود التفاعل المحددة. يستخدم هذا الإطار بنية دمج دلالي، تجمع بين عدة شبكات عصبية مصممة لالتقاط…
-
توضيح آلية تفاعل سيفبودوكسيم-BSA من خلال مجموعة من الطرق الطيفية المتعددة ومحاكاة ربط الجزيئات
2026 | المؤلف: Reem N. El Gammal وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث هذه الدراسة في التفاعل الجزيئي بين سيفبودوكسيم (CFP) وألبومين مصل البقر (BSA) باستخدام مزيج من التثبيت الحسابي وطرق طيفية متنوعة. أظهرت النتائج الأولية من طيف الامتصاص UV-Vis تشكيل معقد في حالة القاعدة بين CFP وBSA. كشفت دراسات ت quenching الفلورية عن آلية quenching ثابتة، مع ثابت ارتباط ($K_b$) قدره $3.99 \times 10^4 \, \text{L}…
-
اشتقاق تفاعلات فعالة بين الأقطاب والأيونات من ملفات الطاقة الحرة عند الواجهات الكهروكيميائية
2026 | المؤلف: Fabrice Roncoroni وآخرون | المجلة: The Journal of Chemical Physics | المجال: الكيمياء الكهربائية (Electrochemistry)تبحث هذه الدراسة في امتصاص الأيونات عند واجهات المعادن-الالكتروليت المشحونة، مع التركيز على أيونات Na\(^+\)، Cl\(^-\)، و F\(^-\) عند واجهة Au(111)-الماء. باستخدام ديناميات الجزيئات مع أخذ عينات محسنة مع كل من مجالات القوة التقليدية والجهود بين الذرات المستندة إلى التعلم الآلي (MLIPs)، تكشف الدراسة أن امتصاص الأيونات المتوقع حساس للغاية لبارامترات ليرنارد-جونز (LJ). يظهر المؤلفون…
-
تمكين إمكانيات التعلم الآلي بين الذرات لمحاكاة الديناميات الجزيئية لمركب MoS 2 المخدر
2026 | المؤلف: Abrar Faiyad وآخرون | المجلة: Journal of Chemical Theory and Computation | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقيّم هذه الدراسة دقة إمكانيات التعلم الآلي بين الذرات العالمية (MLIPs)، وبشكل خاص نموذج UMA العالمي للذرات من META، لأنظمة MoS\(_2\) المخدرة. تقارن الدراسة طاقات التكوين والتغيرات الهيكلية المتوقعة بواسطة MLIP مع حسابات نظرية الكثافة الوظيفية (DFT) لـ 25 نوعًا مختلفًا من المخدرات، بما في ذلك المعادن، واللافلزات، والمعادن الانتقالية. تشير النتائج إلى أن نماذج…
-
التواء الحمض النووي DNA عند تركيزات عالية من أيونات القلوي: دليل ضد شكل C من الحمض النووي DNA في المحلول
2026 | المؤلف: Koen R Storm وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في تأثيرات تركيزات الملح العالية على التواء الحمض النووي، وهي خاصية أساسية تتأثر بالبيئة الأيونية. باستخدام ملاقط مغناطيسية لجزيئات فردية، قاموا بقياس التواء الحمض النووي في محاليل LiCl و NaCl و KCl و CsCl، وكشفوا أن التواء الحمض النووي يزيد في البداية تقريبًا كما هو $\sim [\text{salt}]^{1/2}$ ولكنه يستقر بل…
-
ديناميات فراغ الكبريت التعاونية على نطاق واسع في MoS 2 ثنائي الأبعاد من إمكانيات التعلم الآلي بين الذرات
2026 | المؤلف: Aaron Flötotto وآخرون | المجلة: Small | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تبحث الدراسة في ديناميات فراغات الكبريت في طبقة واحدة من MoS\(_2\) وتأثيراتها على النشاط التحفيزي والسلوك الميمريستي. باستخدام محاكاة الديناميات الجزيئية على نطاق النانو ثانية مع إمكانيات بين الذرات المعتمدة على التعلم الآلي (MLIPs)، توضح الدراسة آليات نقل الفراغات التعاونية، بما في ذلك تشكيل تجمعات فراغات الكبريت الممتدة وعيوب الخط. تمت مقارنة إطارين من MLIP:…
-
التجميع الآلي للأحماض البوليجلوكورونية للاستكشافات الهيكلية
2026 | المؤلف: Sandhya Mardhekar وآخرون | المجلة: Journal of the American Chemical Society | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث هذه الدراسة في تخليق وخصائص البنية للأحماض البوليمرونية، وبشكل خاص أوليغومرات حمض D-غلوكورونيك المرتبطة β-(1-4)، والتي تلعب أدوارًا حاسمة في الكائنات البحرية. باستخدام نهج التجميع الآلي للجليكوز (AGA)، نجحت الدراسة في تخليق أوليغومرات GlcA بأطوال سلاسل محددة وخصائص هندسية للرابطات الجليكوسيدية. تشير محاكاة الديناميات الجزيئية إلى أن هذه الأوليغومرات تتبنى بشكل أساسي شكلًا حلزونيًا…
-
المرونة غير المتجانسة والمتجانسة والنقل الحراري في شبكات C24 أحادية الطبقة من ديناميات الجزيئات المعتمدة على التعلم الآلي
2026 | المؤلف: Qing Li وآخرون | المجلة: International Journal of Heat and Mass Transfer | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تطور هذه الدراسة إمكانيات التعلم الآلي، NEP-C24، باستخدام إطار عمل إمكانيات التطور العصبي لنمذجة المرحلة شبه السداسية (qHP) والمرحلة شبه الرباعية (qTP) لطبقات C24 بدقة. تُظهر إمكانيات NEP-C24 موثوقية قوية في إعادة إنتاج نتائج نظرية الكثافة الوظيفية (DFT)، بما في ذلك الطاقة، القوة، وتشتت الفونونات، مما يجعلها مناسبة لمحاكاة الديناميكا الجزيئية. تكشف الدراسة أن طبقة…
-
النمذجة المعتمدة على الهيكل تكشف عن الأساس الجزيئي لنشاط CYP153A6 الجديد تجاه مشتقات التولوين
2026 | المؤلف: Yao Wei وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الكيمياء اللاعضوية (Inorganic Chemistry)تبحث الدراسة في الخصائص الحفازة لـ CYP153A6، وهو مونوأوكسيجيناز من سلالة Mycobacterium sp. HXN-1500، مع التركيز على قدرته على هيدروكسيليت مجموعات الميثيل الطرفية في مشتقات التولوين بشكل انتقائي. أظهرت التجارب أن CYP153A6 يحول بكفاءة مشتقات التولوين ذات البدائل غير القطبية أو ذات القطبية الخفيفة، بينما أظهرت تلك التي تحتوي على مجموعات أكثر قطبية نشاطًا ضئيلًا.…