الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ديناميات الجزيئات
-
PET-MAD كإمكانات بين الذرات العالمية خفيفة الوزن لنمذجة المواد المتقدمة
2025 | المؤلف: Arslan Mazitov وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذا القسم، يوضح المؤلفون المنهجية المستخدمة لتطوير مجموعة بيانات MAD، وتدريب نموذج PET-MAD، وضبط النماذج المتخصصة. شملت بناء مجموعة بيانات MAD إجراءات منهجية تم تفصيلها لضمان إمكانية إعادة الإنتاج. بالإضافة إلى ذلك، تتماشى بروتوكولات المحاكاة المستخدمة للأمثلة المتقدمة بشكل وثيق مع تلك التي تم تأسيسها في الأعمال المذكورة سابقًا، مع تقديم مزيد من التوضيح…
-
تتحكم الإنتروبيا في هيكل وتفاعل تفكك الماء تحت الحقول الكهربائية
2025 | المؤلف: Yair Litman وآخرون | المجلة: Journal of the American Chemical Society | المجال: الكيمياء الكهربائية (Electrochemistry)يتناول هذا القسم تأثير المجالات الكهربائية على تفاعل (الذوبان الذاتي) للماء، والذي يعد حاسمًا لعمل الأجهزة الكهروكيميائية والتفاعلات الكيميائية المختلفة. يستخدم المؤلفون محاكاة الديناميكا الجزيئية من البداية لاستكشاف الديناميكا الحرارية لتفاعل الذوبان الذاتي في البيئات المشحونة كهربائيًا، كاشفين أن المجالات الكهربائية القوية تعزز بشكل كبير ثابت التوازن للتفاعل بعدة أوامر من حيث الحجم. تجد الدراسة…
-
الواجهات تتحكم في بنية حلول الماء المحصورة بمقياس أنغستروم
2025 | المؤلف: Yongkang Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الفيزياء الذرية والجزيئية والبصريات (Atomic and Molecular Physics, and Optics)تدرس الدراسة آثار النانو-تقييد على محاليل الإلكتروليت المائية، والتي تتواجد في مجالات متنوعة مثل الجيولوجيا، وعلم الأحياء، والتكنولوجيا. تركز الأبحاث على الماء المحصور بين ورقة جرافين وكالسيوم فلوريد (CaF₂)، باستخدام التكثيف الشعري لتحقيق تقييد قابل للتعديل من النانو إلى الأنجستروم. باستخدام طيفية توليد الترددات المجمعة بالكشف عن التداخل (HD-SFG)، يقوم المؤلفون بتحليل الطيف الاهتزازي للماء…
-
التنقل في مشاهد البروتين باستخدام نموذج خشن قابل للنقل تم تعلمه بواسطة الآلة
2025 | المؤلف: Nicholas E. Charron وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بتطوير مجموعة بيانات تتضمن محاكاة للمذيبات الصريحة لجميع الذرات لـ 50 مجالًا من CATH، والتي تمثل بروتينات صغيرة ذات هياكل مطوية متنوعة، إلى جانب حوالي 1,200 ثنائي من أحادي وثنائي الببتيدات. قاموا بتسجيل القوى الفورية المؤثرة على ذرات البروتين وأجروا تجميعًا أساسيًا للقوى على تمثيل هيكل عظمي خشن (CG) للبروتينات.…
-
الإمكانيات بين الذرات للتعلم الآلي الشامل جاهزة للفونونات
2025 | المؤلف: Antoine Loew وآخرون | المجلة: npj Computational Materials | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)قسم “الطرق” يوضح الإجراءات التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. يتناول اختيار المشاركين، وتصميم التجارب، والتقنيات المحددة المستخدمة لجمع البيانات وتحليلها. استخدم الباحثون مزيجًا من الطرق الكمية والنوعية لضمان فهم شامل للظواهر قيد التحقيق. تم إجراء التحليلات الإحصائية باستخدام أدوات البرمجيات لتقييم أهمية النتائج، مع تطبيق الاختبارات المناسبة بناءً على توزيع البيانات وأسئلة البحث. يصف القسم…
-
التعلم والذاكرة المستوحاة من الطبيعة في الهلام الأيوني من خلال استجابة سريعة وديناميات استرخاء بطيئة للأيونات
2025 | المؤلف: Ning Zhou وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الهندسة الحيوية (Bioengineering)في هذا القسم، يوضح المؤلفون المواد المستخدمة في أبحاثهم، التي تركز على تخليق وخصائص المواد البوليمرية. تشمل المركبات الرئيسية Oligo(ethylene glycol) methyl ether acrylate (OEGA) بوزن جزيئي متوسط يبلغ 480، و[2-(acryloyloxy)ethyl]trimethylammonium chloride (DMAEA-Q) في محلول مائي بنسبة 80%. تشمل المواد الإضافية السائل الأيوني [EMIM] + [TFSI] – (نقاء ~99%)، 2-hydroxy-2-methylpropiophenone (HMPP، نقاء ~98%)، methyl acrylate…
-
إمكانيات بين الذرات الطاردة المحسوبة على ثلاثة مستويات من النظرية
2025 | المؤلف: K. Nordlund وآخرون | المجلة: Physical review. A/Physical review, A | المجال: الجيوفيزياء (Geophysics)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في الإمكانيات بين الذرات الطاردة التي تعتبر حاسمة لفهم قوة التوقف النووي وتشتت الذرات خلال أحداث الإشعاع keV و MeV. يستخدمون نموذج Ziegler-Biersack-Littmark (ZBL) ضمن نظرية الكثافة الوظيفية بدون مدارات (OF-DFT) ويقارنون توقعاته مع طرق الكيمياء الكمومية الأكثر تقدمًا، وتحديدًا نظرية الاضطراب من الدرجة الثانية لمولر-بليست (MP2) ونظرية الكثافة الوظيفية…
-
محاكاة الديناميات الجزيئية للبروتين-الليغاند (PL-MDS)، وتحليلات ADMET، ودراسات النشاط الحيوي للمواد الكيميائية النباتية من الألوة فيرا: جهد اكتشاف أدوية جديدة مضادة للسكري باستخدام الحاسوب
2025 | المؤلف: Babatunde Temitope Ogunyemi وآخرون | المجلة: Discover Chemistry. | المجال: علوم النبات (Plant Science)تتناول الأبحاث القضية الصحية العالمية الملحة لمرض السكري، مع تسليط الضوء على الزيادة المتزايدة في الانتشار والقيود المفروضة على العلاجات الحالية. لتحديد عوامل مضادة للسكري جديدة، تستخدم الدراسة نهج تصميم الأدوية المعتمد على الكمبيوتر (CADD)، وتحديداً ربط الجزيئات، لتقييم القدرة المثبطة لـ 103 مركب نباتي معزول من الألوة فيرا ضد مستقبل الألفا-أميلاز (PDB ID: 3BAJ).…
-
الديناميات الجزيئية المدفوعة بالتعلم الآلي تكشف عن تحول الطور الكتلي الذي يقود تخليق الأمونيا على هيدريد الباريوم
2025 | المؤلف: Axel Tosello Gardini وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)يقدم هذا القسم تحولًا في فهم التحفيز الصناعي غير المتجانس، حيث ينتقل من نموذج ثابت إلى نموذج يركز على الطبيعة الديناميكية للعوامل المحفزة. باستخدام محاكاة الديناميات الجزيئية المدفوعة بالتعلم الآلي، يبحث المؤلفون في عملية تخليق الأمونيا التي يحفزها هيدريد الباريوم (BaH₂). تشير نتائجهم إلى أن BaH₂ يعمل كعامل محفز فعال فقط عندما يتعرض لعملية حلقة…
-
استكشاف في السيليكو لمشتقات الزانثون الطبيعية كمثبطات محتملة لتكاثر فيروس كورونا المسبب لمتلازمة التنفس الحاد الشديد 2 (SARS-CoV-2) ودخول الخلايا
2025 | المؤلف: Vincent A. Obakachi وآخرون | المجلة: Journal of Computer-Aided Molecular Design | المجال: علم السموم (Toxicology)لقد أبرزت جائحة COVID-19 ضرورة وجود علاجات مضادة للفيروسات فعالة، خاصة ضد المتغيرات المقاومة للقاحات الناشئة. تستكشف هذه الدراسة مشتقات الزانثون الطبيعية كعوامل مثبطة محتملة لمستقبل ACE2، الذي يسهل دخول SARS-CoV-2 إلى خلايا الإنسان. حدد تحليل حسابي لـ 91 مركب زانثون من *Swertia chirayita* مرشحين، XAN71 و XAN72، اللذان أظهرا تقارب ارتباط متفوق يبلغ -70.97…