الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ديناميات الجزيئات
-
تجميد كهربائي للماء السائل في ظروف محيطية
2024 | المؤلف: Giuseppe Cassone وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الفيزياء الذرية والجزيئية والبصريات (Atomic and Molecular Physics, and Optics)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في تأثيرات المجالات الكهربائية الخارجية على الماء، مع التركيز بشكل خاص على ظاهرة التجمد الكهربائي. باستخدام محاكاة الديناميكا الجزيئية الطويلة من البداية في ظروف محيطة، يستكشفون كيف يستجيب الماء للمجالات الكهربائية في نطاق 0.10 إلى 0.15 فولت/Å. تكشف النتائج أن هذه المجالات يمكن أن تحفز الانتقال إلى مرحلة غير متبلورة…
-
تدريب قوي لطاقات التعلم الآلي بين الذرات مع تقليل الأبعاد وأخذ عينات طبقية
2024 | المؤلف: Ji Qi وآخرون | المجلة: npj Computational Materials | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذا القسم، يقدم المؤلفون منهجية لتعزيز تنوع مجموعة تدريب مشروع المواد من خلال نهج أخذ عينات جديد يسمى DIRECT. يستخدمون مجموعة البيانات MPF.2021.2.8.All، التي تشمل جميع الخطوات الأيونية من حسابات الاسترخاء، لمقارنة فعالية أخذ العينات اليدوي (MS) وأخذ العينات المباشرة. تشير النتائج إلى أنه بينما تتكون مجموعة MS من 185,877 هيكلًا، فإن مجموعة DIRECT،…
-
استخدام مطيافية الأشعة تحت الحمراء ثنائية الأبعاد لقياس الهيكل والديناميات والتفاعلات بين الجزيئات للبروتينات في H2O
2024 | المؤلف: Neil T. Hunt | المجلة: Accounts of Chemical Research | المجال: الفيزياء الذرية والجزيئية والبصريات (Atomic and Molecular Physics, and Optics)تقدم هذه القسم نظرة عامة على أهمية وتطبيق مطيافية الأشعة تحت الحمراء (IR)، مع التركيز بشكل خاص على نطاق الأميد I، الذي يعد حاسمًا لتحليل هياكل البروتين. يرتبط نطاق الأميد I، الذي يرتبط بشكل أساسي باهتزاز تمدد C=O لروابط الببتيد، بتوقيعات طيفية محددة تعكس التكوينات الثانوية والثالثية للبروتين. تعزز مطيافية الأشعة تحت الحمراء ثنائية الأبعاد…
-
DynamicBind: التنبؤ بهيكل معقد البروتين-الليغاند المحدد بواسطة ليغاند باستخدام نموذج توليدي عميق متساوي
2024 | المؤلف: Wei Lu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تحدد هذه القسم قيود الطرق التقليدية في التنبؤ بتفاعلات البروتين-الليغاند، وخاصة المعالجة الصارمة للبروتينات في دراسات الربط وكثافة الحوسبة لمحاكاة الديناميات الجزيئية. مع إدراك أهمية ديناميات البروتين لفهم الوظيفة والمساعدة في اكتشاف الأدوية، يقدم المؤلفون DynamicBind، وهو نهج جديد للتعلم العميق يستخدم شبكات الانتشار الهندسية المتكافئة. هذه الطريقة تبني مشهد طاقة سلس يسهل الانتقالات الفعالة…
-
تفعيل القص للتفاعلات الميكانيكية الكيميائية من خلال تشوه الجزيئات
2024 | المؤلف: Fakhrul H. Bhuiyan وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الفيزياء الذرية والجزيئية والبصريات (Atomic and Molecular Physics, and Optics)تبحث هذه الدراسة في التنشيط الميكانيكي الكيميائي لتفاعلات أوليغوميريزا المدفوعة بإجهاد القص من السيكلوهكسين على السيليكا، باستخدام محاكاة الديناميكا الجزيئية التفاعلية وتجارب جهاز قياس الاحتكاك. تكشف النتائج عن زيادة أسية في عائد التفاعل مع إجهاد القص، مع تحليل العناصر الذي يشير إلى وجود الأكسجين في البوليمرات الناتجة، وهو أمر حاسم لعملية الأوليغوميريزا. تظهر المحاكاة أن…
-
تطور الأضرار وسلوكيات الإزالة لبلورات GaN المشاركة في الطحن المزدوج الحبيبات
2024 | المؤلف: Chen Li وآخرون | المجلة: International Journal of Extreme Manufacturing | المجال: الهندسة الطبية الحيوية (Biomedical Engineering)تستكشف هذه الدراسة التفاعلات بين المواد الكاشطة وبلورات نيتريد الغاليوم (GaN) الأحادية أثناء الطحن، باستخدام محاكاة الديناميكا الجزيئية لتحليل معلمات مختلفة مثل قوة الطحن، معامل الاحتكاك، توزيع الإجهاد، وسلوكيات التلف. تشير النتائج إلى أن جودة الطحن تتحسن مع المسافات المتفاعلة غير الصفرية في كلا الاتجاهين الشعاعي والعرضي، مما يؤدي إلى زيادة قوة الطحن، والإجهاد، وعمق…
-
دراسة مقارنة للمذيبات العميقة القائمة على الأحماض الدهنية وتأثير الماء على تفاعلاتها الجزيئية
2024 | المؤلف: Samaneh Barani Pour وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: التحفيز (Catalysis)تدرس الدراسة استقرار المذيبات eutectic العميقة (DESs) المكونة من كلوريد الكولين (Ch) والأحماض الدهنية (FAs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية (MD) عند درجة حرارة 353 كلفن. تسلط النتائج الضوء على أهمية الروابط الهيدروجينية القوية، وبشكل خاص Ch + . O-H⋯-O. FAs و Cl -⋯H. FAs، في تشكيل هذه المذيبات eutectic. بالإضافة إلى ذلك، لوحظ أن…
-
تعزيز التمثيلات الهندسية للجزيئات باستخدام تمرير الرسائل التفاعلية المتجهة-العددية المتكافئة
2024 | المؤلف: Yusong Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)لقد تقدم التعلم العميق الهندسي بشكل كبير في نمذجة الجزيئات، ومع ذلك لا تزال هناك تحديات في الاستفادة الفعالة من المعلومات الهندسية وإدارة التكاليف الحاسوبية. يقدم هذا البحث ViSNet، وهو شبكة عصبية بيانية معززة بالهندسة المتناظرة مصممة لاستخراج الميزات الهندسية ونمذجة الهياكل الجزيئية بكفاءة. يظهر ViSNet أداءً متفوقًا في مجموعة متنوعة من معايير الديناميكا الجزيئية…
-
نموذج ذري وجزيئي كبير لجدار الخلية الثانوية لـ Populus مستند إلى الرنين المغناطيسي النووي في الحالة الصلبة
2024 | المؤلف: Bennett Addison وآخرون | المجلة: Science Advances | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تناقش هذه القسم تكوين وتعقيد الهيكل للجدران الخلوية الثانوية للنباتات (SCWs)، والتي تتكون أساسًا من السليلوز، والهميسليلوز، واللجنين. على الرغم من أهميتها، لا تزال التفاعلات الجزيئية المحددة والعمارة العليا للجدران الخلوية الثانوية غير مفهومة جيدًا. يستخدم المؤلفون الرنين المغناطيسي النووي في الحالة الصلبة (ssNMR) للحصول على رؤى حول التكوين الهيكلي والتفاعلات لهذه البوليمرات الحيوية في…
-
ت hydrophobization السطحي للهلاميات عبر إعادة تكوين الشبكة الناتجة عن ديناميات الواجهة
2024 | المؤلف: Bo Yi وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الطب الجزيئي (Molecular Medicine)تنظيم خصائص سطح الهيدروجيل دون تغيير تركيبها الكيميائي أمر حاسم لمجموعة متنوعة من التطبيقات ولكنه يطرح تحديات كبيرة. تقدم هذه الدراسة استراتيجية جديدة لتعديل شبكات سطح الهيدروجيل من خلال الاستفادة من ديناميات واجهة الهيدروجيل والركيزة لتعزيز قابلية السطح للرطوبة والالتصاق الحيوي. من خلال زراعة سلاسل بوليمرية غير قطبية ولكن مرنة على الركائز، تمكن الباحثون من…