الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: طاقة الربط الحرة النسبية
-
القيام بالمزيد بأقل: حسابات دقيقة وقابلة للتوسع لطاقة الربط الحرة من خلال التركيز على موقع الربط Doing More with Less: Accurate and Scalable Ligand Free Energy Calculations by Focusing on the Binding Site
2026 | المؤلف: David Alencar Araripe وآخرون | المجلة: Journal of Chemical Information and Modeling | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم هذا القسم QligFEP v2.1.0، وهو سير عمل مفتوح المصدر مصمم للتنبؤ بتأثير التعديلات الكيميائية على ارتباط الأدوية من خلال حسابات الطاقة الحرة النسبية للارتباط. من خلال استخدام شروط الحدود الكروية، يقلل QligFEP بشكل كبير من حجم أنظمة المحاكاة، مما يسمح بإجراء حسابات فعالة تركز حول موقع الارتباط. يتميز الأداة بخوارزمية تقييد قابلة للتكوين لاستيعاب…
-
تقييم تصحيحات الحالة النهائية لتعلم الآلة/الميكانيكا الجزيئية مع تضمين ميكانيكي لحساب طاقات الربط الحرة النسبية للبروتينات والليغاندات Evaluation of Machine Learning/Molecular Mechanics End-State Corrections with Mechanical Embedding to Calculate Relative Protein–Ligand Binding Free Energies
2026 | المؤلف: Johannes Karwounopoulos وآخرون | المجلة: Journal of Chemical Theory and Computation | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تناقش هذه الفقرة التقدم في إمكانيات التعلم الآلي (ML) التي تعزز دقة المحاكاة الجزيئية من خلال دمج التأثيرات الكمومية، لا سيما في سياق تفاعلات البروتين-الليغاند. بينما توفر طرق ML دقة محسنة مقارنة بالميكانيكا الجزيئية التقليدية (MM)، إلا أنها تتطلب حسابات أكثر كثافة، مما يؤدي إلى تبادل بين السرعة والدقة. أظهرت الأساليب الهجينة ML/MM، التي تستخدم…