الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: طي البروتين
-
إعادة النظر في مجال القوة FoldX، نسخة محسّنة
2025 | المؤلف: Javier Delgado وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون تطوير نسخة محسنة من مجال القوة FoldX، مدفوعين بالحاجة إلى تحسين الدقة في التنبؤ بطفرات استقرار البروتين. قاموا بتجميع قاعدة بيانات شاملة، وهي مجموعة بيانات استقرار FoldX (FSD)، تتكون من 5556 طفرات، تم تحديد 2484 منها على أنها طفرات ذات ثقة عالية بناءً على هياكل الأشعة السينية غير المتكررة بدقة…
-
اختبار مصيدة المعادن وتحسين المخططات لتصميم تميؤ البروتينات الخلوية بعناصر مختلفة
2025 | المؤلف: Sophie E. Clough وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)تناقش هذه القسم التحديات المرتبطة بفهم كيفية اكتساب البروتينات للمعادن المحددة داخل الخلايا، مع التركيز بشكل خاص على ظاهرة التمثيل الخاطئ للمعادن بسبب عدم التوافق بين تفضيلات المعادن للبروتين وتوافر المعادن داخل الخلايا. تستخدم الدراسة كوبين المنغنيز (Mn II) من البكتيريا الزرقاء، MncA، كنموذج للتحقيق في توقعات التمثيل المعدني. من خلال إعادة طي MncA في…
-
نموذج خشن لبروتينات غير مرتبة ومتعددة المجالات
2024 | المؤلف: Fan Cao وآخرون | المجلة: Protein Science | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التحديات المرتبطة بتوصيف التجمعات الشكلية للبروتينات متعددة المجالات بسبب تعقيدها وديناميكياتها. يقدمون نموذجًا خشنًا يعزز من كفاءة ودقة محاكاة هذه البروتينات في المحلول. تسلط الدراسة الضوء على أهمية موضع مواقع التفاعل داخل المجالات المطوية، كاشفة أن وضع هذه المواقع في مواقع ذرات Cα يؤدي إلى تفاعلات مفرطة بين المجالات. بالمقابل،…
-
تصميم بروتينات متعددة الحالات ووظيفية باستخدام انتشار فضاء تسلسل RoseTTAFold
2024 | المؤلف: Sidney Lisanza وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث مولد البروتين (PG)، وهو نموذج جديد لانتشار مساحة التسلسل مبني على RoseTTAFold، يهدف إلى تعزيز توليد هياكل البروتين من الصفر مع معالجة قيود النماذج الحالية في توليد الخصائص الوظيفية والسمات المحددة بالتسلسل. يعمل PG من خلال البدء من تمثيل تسلسلي مشوش ويستخدم إزالة الضوضاء التكرارية لإنتاج أزواج من تسلسلات وهياكل البروتين، مسترشداً بسمات…
-
الطي الخاطئ والتجمع في الأمراض التنكسية العصبية: آلية التحكم في جودة البروتين كمسارات محتملة للعلاج
2024 | المؤلف: Oliwia Koszła وآخرون | المجلة: Cell Communication and Signaling | المجال: علم الأحياء الخلوي (Cell Biology)تتناول المراجعة التحدي الملح المتمثل في تطوير استراتيجيات علاجية جديدة للأمراض التنكسية العصبية (NDs)، والتي تتميز بخلل في طي البروتينات، وتجمعها، وتراكمها مثل β-أميلويد (Aβ)، وتاو، وألفا-سينوكليين. تسلط الضوء على الآليات الجزيئية المعنية في إزالة البروتينات المعيبة، مع التركيز على المسارات الحرجة بما في ذلك استجابة إجهاد الشبكة الإندوبلازمية (ER)، واستجابة البروتين غير المطوي (UPR)،…
-
توقعات AlphaFold للأشكال المتغيرة مدفوعة بتذكر الهيكل
2024 | المؤلف: Devlina Chakravarty وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في القدرات التنبؤية لـ AlphaFold (AF)، وخاصة في سياق بروتينات تغيير الطي، التي يمكن أن تتبنى أشكال هيكلية متعددة. تكشف الدراسة أن AF هو متنبئ ضعيف لتغيير الطي، حيث حقق معدل نجاح يبلغ 35% فقط للبروتينات التي من المحتمل أن تكون مدرجة في مجموعات التدريب الخاصة به. ومن الجدير بالذكر أن نجاحات النموذج…
-
التصميم الحسابي لنظائر البروتينات الغشائية القابلة للذوبان والوظيفية
2024 | المؤلف: Casper A. Goverde وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نهجًا حسابيًا جديدًا يستخدم التعلم العميق، وبالتحديد AF2 seq-MPNN، لتصميم طيات البروتين المعقدة بكفاءة، بما في ذلك التسلسلات غير الطبيعية. يتميز هذا الإطار بمرونته وقابليته للتعميم، مما يلغي الحاجة إلى إعادة تدريب محددة للطيات أو قيود تصميم معقدة. نجح المؤلفون في هندسة عدة طيات بروتين صعبة، محققين معدلات نجاح تجريبية عالية للتصاميم القابلة…