الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي
-
DeepDTAGen: إطار تعلم عميق متعدد المهام لتوقع تقارب الأدوية والأهداف وتوليد الأدوية المدركة للأهداف
2025 | المؤلف: Pir Masoom Shah وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تقدم ورقة البحث إطار تعلم متعدد المهام يهدف إلى تعزيز اكتشاف الأدوية من خلال التنبؤ في وقت واحد بمدى ارتباط الأدوية بالأهداف وتوليد أنواع جديدة من الأدوية المدركة للأهداف. لقد ركزت الأساليب التقليدية في التعلم الآلي في هذا المجال بشكل كبير على المهام الفردية، إما من خلال التنبؤ بتفاعلات الأدوية مع الأهداف (DTI) أو توليد…
-
شكونين يثبط تنشيط inflammasome NLRP3 ويضبط الأمراض الالتهابية
2025 | المؤلف: Jing Huang وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم السموم (Toxicology)تبحث هذه الدراسة في الخصائص المضادة للالتهابات للشكونين (SHK)، وهو نافتوكينون مشتق من النباتات، مع التركيز على تأثيراته على إنزيم NLRP3، وهو لاعب رئيسي في الالتهاب وأمراض متنوعة. تكشف الدراسة أن SHK يثبط بشكل فعال تنشيط إنزيم NLRP3 من خلال منع نضوج الكاسبيز-1 وإفراز السيتوكينات الالتهابية IL-1β و IL-18. من الناحية الميكانيكية، يعطل SHK تجميع…
-
AMPGen: نموذج توليدي مدفوع بالمعلومات المحفوظة والتطور لتصميم جديد للببتيدات المضادة للميكروبات
2025 | المؤلف: S. Jin وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)يقدم القسم AMPGen، وهو نموذج توليدي جديد مصمم لإنشاء الببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) من الصفر، والتي تتميز بمرونتها الهيكلية وضرورتها للعديد من الوظائف البيولوجية. تكافح نماذج تصميم البروتين التقليدية في توليد مثل هذه الببتيدات بسبب نقص الهياكل المستقرة. يدمج AMPGen المعلومات التطورية من خلال نموذج انتشار تلقائي مدرب مسبقًا وغير حساس للترتيب يستخدم الانتباه المحوري…
-
تحليل المناطق التي تشكل حلقة R يحدد RNU2-2 و RNU5B-1 كجينات اضطرابات النمو العصبي
2025 | المؤلف: Adam Jackson وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث هذه القسم من ورقة البحث في دور حلقات R – هياكل هجين من الحمض النووي والحمض النووي الريبي – في الاضطرابات المندلية البشرية، مع التركيز بشكل خاص على قدرتها على تعزيز الطفرات. يحدد المؤلفون وجود فائض من المتغيرات الجديدة في المناطق الجينومية التي تشكل حلقات R، والتي تُسمى “مناطق حلقات R”، ويجدون أن هذه…
-
إثبات مفهوم المبدأ لتحليل والتنبؤ الوظيفي للمتغيرات الجينية النادرة في جيني CYP2C19 وCYP2D6
2025 | المؤلف: Inger Johansson وآخرون | المجلة: Human Genomics | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث الدراسة في تأثير المتغيرات الجينية النادرة في الجينات الدوائية، وبشكل خاص CYP2C19 و CYP2D6، على تباين استجابة الأدوية، والذي يُقدّر أنه يمثل 4-6% من الفروق بين الأفراد. باستخدام دراسات التعبير عن الإنزيمات في المختبر وتحليلات الهيكل-الوظيفة الحاسوبية، ركزت الدراسة على 11 متغيرًا نادرًا تم تحديده في بنك الأنسجة الإستوني. تم التعبير عن المتغيرات في…
-
تعبير عن ناهض جزئي للإنترلوكين-2 يعزز بقاء وفعالية خلايا T التنظيمية في نماذج المناعة الذاتية للفئران
2025 | المؤلف: J. Matusik Robert وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)يتناول القسم التقدم في العلاج بالخلايا المعتمدة على الخلايا التنظيمية T (Treg) للأمراض المناعية الذاتية والالتهابية، مع التركيز على هندسة Tregs للتعبير عن شكل منبه جزئي من الإنترلوكين-2 (IL-2pa). تعزز هذه التعديلات من استمرارية واستقرار Tregs الوظيفي، مما يعالج القيود الملحوظة مع IL-2 من النوع البري (Tregs-IL2wt)، الذي يوفر فقط ميزة نمو مؤقتة بسبب السمية…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
نهج معتدل وعملي للأمينات الثانوية N-CF3 من خلال الفلورة المؤكسدة للإيزوسيانات
2025 | المؤلف: Junliang Fu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: العلوم الصيدلانية (Pharmaceutical Science)تقدم البحث طريقة جديدة لتخليق مركبات N-trifluoromethyl، مع التركيز بشكل خاص على التحضير الصعب للأمينات الثانوية غير المستقرة N-CF₃. تستخدم الطريقة المقترحة الفلورنة المؤكسدة للإيزوسيانات، مع استخدام اليود كعامل مؤكسد، وفلوريد الفضة كعامل فلورة، و tert-butyldimethylsilane كمصدر للبروتون. تتميز هذه الطريقة بظروفها اللطيفة، وعملية العمل المباشرة، والقدرة على إزالة جميع المواد المتفاعلة والمنتجات الثانوية بكفاءة…
-
بروتوكولات PROTAC الخالية من الروابط تحفز بشكل فعال تحلل البروتينات المسرطنة
2025 | المؤلف: Jianchao Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في دور الوصلات في الكيميرات المستهدفة للبروتينات (PROTACs)، والتي تعتبر عوامل واعدة لتفكيك البروتين المستهدف (TPD) في علاج الأمراض المختلفة. تقليديًا، تعتبر الوصلات ضرورية لوظائف PROTACs ثنائية الوظيفة، حيث تعمل كفواصل بين الرباط للبروتين المعني (POI) وموضع ارتباط E3 يوبكويتين ليغاز. ومع ذلك، تكشف الدراسة أن وجود وصلة ليس ضروريًا لتصميم PROTAC فعال.…
-
تنبؤ هيكل البروتين في مجال واحد ومتعدد المجالات باستخدام D-I-TASSER المعتمد على التعلم العميق
2025 | المؤلف: Wei Zheng وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على نهج هجين جديد لتوقع بنية البروتين يسمى تحسين تجميع الخيوط التكراري القائم على التعلم العميق (D-I-TASSER). يجمع هذه الطريقة بين إمكانيات التعلم العميق متعددة المصادر مع محاكاة تجميع شظايا الخيوط التكرارية لتوليد نماذج على مستوى الذرة، وخاصة للبروتينات متعددة المجالات الكبيرة. يستخدم D-I-TASSER بروتوكول تقسيم وتجميع المجالات، مما يعزز بشكل…