الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي
-
تحديد ملفات النسخ المحفوظة والمقيدة بالأنسجة للماكروفاجات المرتبطة بالدهون
2025 | المؤلف: Yingzheng Xu وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم المناعة (Immunology)تناقش هذه القسم الدور الحاسم للبلاعم في وظيفة المناعة وتوازن الأنسجة، مع تسليط الضوء على تحديد البرامج الجينية المشتركة والخاصة بالأنسجة التي تحكم سلوك البلاعم عبر أعضاء مختلفة. على الرغم من التقدم في فهم برمجة البلاعم خلال التوازن، لا يزال هناك فجوة في المعرفة بشأن الاستجابات المتداخلة والفريدة من نوعها لمجموعات البلاعم، خاصة في السياقات…
-
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
-
نموذج أساسي بيولوجي عام مع لغة موحدة للأحماض النووية والبروتينات
2025 | المؤلف: Yong He وآخرون | المجلة: Nature Machine Intelligence | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح الإجراءات التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. يتناول اختيار المشاركين، وتصميم التجارب، والتقنيات الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات. استخدم الباحثون إطار تجربة عشوائية محكومة لضمان موثوقية النتائج، مع تخصيص المشاركين إما لمجموعة العلاج أو مجموعة التحكم. شملت جمع البيانات تقييمات وقياسات موحدة، تم تحليلها باستخدام برامج إحصائية مناسبة. كما تضمنت الطرق نماذج رياضية محددة…
-
يكشف الجينوم الفردي عن إعادة برمجة البيئة الدقيقة المناعية خلال الانتقال من MASH إلى HCC
2025 | المؤلف: Yu Huang وآخرون | المجلة: Molecular Cancer | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة التغيرات المناعية المرتبطة بالانتقال من التهاب الكبد الدهني المرتبط بالخلل الأيضي (MASH) إلى سرطان الكبد (HCC). باستخدام نموذج الفأر STAM، قام الباحثون بإجراء تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة (scRNA-seq) على خلايا CD45+ من أنسجة MASH وHCC، مدعومًا بتقنيات تدفق الخلايا والمناعة النسيجية المتعددة للتحقق. وقد حددوا 23 مجموعة رئيسية تمثل تسع مجموعات…
-
تحليل شامل لفهرس الجينوم لمقاومة الجراثيم، الفيروسات، والمتحولات في ميكروبيوم أمعاء القوارض البرية
2025 | المؤلف: Kai-Meng Shang وآخرون | المجلة: npj Biofilms and Microbiomes | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة ميكروبيوم الأمعاء للقوارض البرية كمصدر مهم لجينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) وجينات عوامل الضراوة (VFGs). من خلال تحليل 12,255 جينوم بكتيري مشتق من الأمعاء، حدد الباحثون ما مجموعه 8,119 ARGs و7,626 VFGs، مع كون ARGs الأكثر شيوعًا تمنح مقاومة للإلفاميسين والمضادات الحيوية متعددة الفئات. ومن الجدير بالذكر أن عائلة Enterobacteriaceae، وخاصة Escherichia coli،…
-
اشتقاق حدود آمنة لـ N-nitroso-bisoprolol من خلال تسلسل الجيل التالي المصحح بالخطأ (ecNGS) وتحليل الجرعة المرجعية (BMD)، مدمجًا مع نمذجة QM وتحليل ربط CYP
2025 | المؤلف: Stéphanie Simon وآخرون | المجلة: Archives of Toxicology | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث الدراسة في الإمكانية الطفرية لـ N-nitroso-bisoprolol (NBP)، وهو شوائب نيتروزامين من البيسوبرولول، من خلال منهجيات مختبرية وحيوية. أظهرت التقييمات المختبرية، بما في ذلك اختبار إيمز المعزز (EAT) واختبار HPRT، أن NBP أظهر نشاطًا طفرًا تحت ظروف صارمة، خاصة في وجود S9 من الهامستر المحفز، بينما فشل في إظهار الطفرية في الاختبارات القياسية. كشفت الدراسات…
-
الحمض النووي القديم الرسوبي كجزء من نهج علم الطفيليات القديمة متعدد الطرق يكشف عن الاتجاهات الزمنية في عبء الطفيليات البشرية في الفترة الرومانية
2025 | المؤلف: Marissa L. Ledger وآخرون | المجلة: PLoS neglected tropical diseases | المجال: علم الآثار (Archeology)تقيّم هذه الدراسة نهجًا متعدد الطرق في علم الطفيليات القديمة، يدمج بين المجهرية، واختبار الامتزاز المناعي المرتبط بالإنزيم (ELISA)، وتحليل الحمض النووي القديم الرسوبي (sedaDNA) لتعزيز الكشف وإعادة بناء تنوع الطفيليات في السكان التاريخيين. من خلال تحليل 26 عينة من حوالي 6400 قبل الميلاد إلى 1500 ميلادي، كانت الأبحاث تهدف إلى مقارنة تنوع الطفيليات عبر…
-
توقع تطور الفيروسات يحدد الأجسام المضادة المحايدة بشكل واسع تجاه متغيرات SARS-CoV-2 الحالية والمحتملة
2025 | المؤلف: Fanchong Jian وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: الأمراض المعدية (Infectious Diseases)تناقش هذه القسم تقدم العلاجات القائمة على الأجسام المضادة من الجيل التالي التي تهدف إلى مكافحة SARS-CoV-2، الفيروس المسؤول عن COVID-19، بالإضافة إلى معالجة مسببات الأمراض المحتملة في المستقبل. تؤكد الأبحاث على أهمية تطوير علاجات مبتكرة بالأجسام المضادة يمكن أن توفر استجابات فعالة للتهديدات الفيروسية الناشئة. من خلال التركيز على تصميم وتحسين هذه التدابير المضادة،…
-
تمكين الفحص التكراري لعوامل النسخ من توليد سريع لخلايا شبيهة بالميكروغليا من خلايا جذعية مستحثة بشرية
2025 | المؤلف: Songlei Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: طب الأعصاب (Neurology)تقدم البحث طريقة مبتكرة لفحص عوامل النسخ على مستوى الخلية الواحدة ذات الإنتاجية العالية تهدف إلى تسهيل تمايز خلايا الجذع متعددة القدرات المستحثة (iPSCs) إلى أنواع خلايا متخصصة. تعالج هذه الطريقة التحديات المرتبطة بهندسة تركيبات عوامل النسخ المعقدة اللازمة للتمايز الخلوي المحدد. أظهر المؤلفون بنجاح هذا النهج من خلال تمايز خلايا iPSC البشرية إلى خلايا…
-
التحقيق في الجزيرة الجينومية 2 يكشف تطور جنس بروسيلا
2025 | المؤلف: Menachem Banai | المجلة: Scientific Reports | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تحقيق الجزيرة الجينومية 2 (GI-2) في جنس بروسيلا يكشف عن رؤى مهمة في تاريخه التطوري. أظهر تحليل الجينوم الخاص بالبروسيلا فاج Pr تشابهات تسلسلية مع منطقة DNA محددة في الكروموسوم 1 من Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 و Brucella GI-2. وهذا يشير إلى أن GI-2 اندمجت في منطقة DNA مشتركة داخل الكروموسومات لكلا السلالتين، على الرغم…