الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: مجال القوة (الخيال)
-
اشتقاق تفاعلات فعالة بين الأقطاب والأيونات من ملفات الطاقة الحرة عند الواجهات الكهروكيميائية
2026 | المؤلف: Fabrice Roncoroni وآخرون | المجلة: The Journal of Chemical Physics | المجال: الكيمياء الكهربائية (Electrochemistry)تبحث هذه الدراسة في امتصاص الأيونات عند واجهات المعادن-الالكتروليت المشحونة، مع التركيز على أيونات Na\(^+\)، Cl\(^-\)، و F\(^-\) عند واجهة Au(111)-الماء. باستخدام ديناميات الجزيئات مع أخذ عينات محسنة مع كل من مجالات القوة التقليدية والجهود بين الذرات المستندة إلى التعلم الآلي (MLIPs)، تكشف الدراسة أن امتصاص الأيونات المتوقع حساس للغاية لبارامترات ليرنارد-جونز (LJ). يظهر المؤلفون…
-
مجال قوة قابل للنقل لمحاكاة الامتزاز في الهياكل العضوية المعدنية مع مواقع معدنية مفتوحة استنادًا إلى إمكانيات 12–6–4 ليلارد-جونز
2026 | المؤلف: Meng Du وآخرون | المجلة: Journal of Chemical Information and Modeling | المجال: الكيمياء اللاعضوية (Inorganic Chemistry)تقدم هذه الدراسة مجال قوة جديد (FF) يعتمد على إمكانيات لاندارد-جونز 12-6-4، مصمم خصيصًا لنمذجة امتصاص الغاز في الهياكل العضوية المعدنية (MOFs) التي تحتوي على مواقع معدنية مفتوحة غير مشبعة (OMSs). تكافح مجالات القوة التقليدية الكلاسيكية لتمثيل تفاعلات المضيف-الضيف بدقة بسبب عدم قدرتها على حساب تأثيرات الاستقطاب الناتجة عن OMSs الموجبة الشحنة. يتضمن FF المقترح…
-
التنقل في مشاهد البروتين باستخدام نموذج خشن قابل للنقل تم تعلمه بواسطة الآلة
2025 | المؤلف: Nicholas E. Charron وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بتطوير مجموعة بيانات تتضمن محاكاة للمذيبات الصريحة لجميع الذرات لـ 50 مجالًا من CATH، والتي تمثل بروتينات صغيرة ذات هياكل مطوية متنوعة، إلى جانب حوالي 1,200 ثنائي من أحادي وثنائي الببتيدات. قاموا بتسجيل القوى الفورية المؤثرة على ذرات البروتين وأجروا تجميعًا أساسيًا للقوى على تمثيل هيكل عظمي خشن (CG) للبروتينات.…
-
إعادة النظر في مجال القوة FoldX، نسخة محسّنة
2025 | المؤلف: Javier Delgado وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون تطوير نسخة محسنة من مجال القوة FoldX، مدفوعين بالحاجة إلى تحسين الدقة في التنبؤ بطفرات استقرار البروتين. قاموا بتجميع قاعدة بيانات شاملة، وهي مجموعة بيانات استقرار FoldX (FSD)، تتكون من 5556 طفرات، تم تحديد 2484 منها على أنها طفرات ذات ثقة عالية بناءً على هياكل الأشعة السينية غير المتكررة بدقة…
-
هل يمكننا تطوير مجال قوى مثالي للـ RNA؟ الدروس المستفادة من محاكاة حلقة UUCG RNA وأنظمة أخرى
2025 | المؤلف: Vojtěch Mlýnský وآخرون | المجلة: Journal of Chemical Theory and Computation | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يقيم المؤلفون أداء مجالات القوة المختلفة (ff) لمحاكاة الديناميات الجزيئية (MD) لـ RNA، مع التركيز بشكل خاص على نظام مرجعي UUCG tetraloop (TL). تشير نتائجهم إلى أن معظم مجالات القوة المضافة الزوجية والقابلة للاستقطاب المستخدمة على نطاق واسع تفشل في الحفاظ على الشكل الأصلي لـ RNA، بل تفضل هياكل حلقية بديلة. ومع…
-
الديناميات البيومولكولية مع مجالات القوة الكمومية المدربة بواسطة التعلم الآلي على شظايا كيميائية متنوعة
2024 | المؤلف: Oliver T. Unke وآخرون | المجلة: Science Advances | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تناقش هذه الفقرة التقدم في محاكاة الديناميكا الجزيئية (MD)، وخاصة التحديات المرتبطة بتحقيق نتائج دقيقة للأنظمة الكبيرة. تعتمد محاكاة MD التقليدية غالبًا على الحسابات الكمومية، والتي تكون مكلفة حسابيًا، بينما تفتقر مجالات القوة التجريبية، على الرغم من كونها أكثر كفاءة، إلى الموثوقية. يقدم إدخال مجالات القوة المستفادة من التعلم الآلي (MLFFs) بديلاً واعدًا، حيث يوفر…