الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: مواقع الربط
-
القواعد التنظيمية في المحفزات البشرية التي تم الكشف عنها بواسطة التعلم العميق القائم على MPRA
2026 | المؤلف: Lucía Barbadilla-Martínez وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون مزيجًا من الأساليب الكمية والنوعية لجمع البيانات، مما يضمن تحليلًا شاملاً لسؤال البحث. على وجه التحديد، قاموا بتنفيذ طرق إحصائية لتقييم أهمية نتائجهم، مستخدمين اختبارات مثل اختبارات t وANOVA حيثما كان ذلك مناسبًا. شمل جمع البيانات عملية أخذ عينات منهجية، مما يضمن أن…
-
التفاعلات المحددة بين مشتقات الفيتامين D3 المفلورة ومستقبل الفيتامين D: ميكانيكا جزيئية وحسابات مدارية جزيئية من البداية
2026 | المؤلف: Masayuki Yuguchi وآخرون | المجلة: Journal of Molecular Modeling | المجال: علم الأمراض والطب الشرعي (Pathology and Forensic Medicine)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بالتحقيق في التفاعلات بين مشتقات فيتامين D3 (VD3) المفلورة المختلفة ومستقبل فيتامين D (VDR) لفهم affinities الربط المعززة التي لوحظت في بعض المشتقات. باستخدام ميكانيكا الجزيئات (MM) وحسابات الجزيئات الفرعية الأولية (FMO)، ركزت الأبحاث على الديستيرومرات لمشتقات VD3 بناءً على مراكزها الاستيريو C3 و C13. كشفت النتائج أن طاقات الربط…
-
تحسين تصميم روابط البروتين باستخدام RFdiffusion المستهدف بالتزاوج β
2026 | المؤلف: Isaac Sappington وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأشعة والطب النووي والتصوير الطبي (Radiology, Nuclear Medicine and Imaging)تقدم البحث نهجًا جديدًا لتصميم هياكل البروتين التي ترتبط بفعالية بمواقع البروتين المستهدفة المحبة للماء، مع التركيز بشكل خاص على حواف خيوط البيتا. من خلال تكييف RFdiffusion، نجح المؤلفون في توليد تصميمات تشكل صفائح بيتا ممتدة متطابقة هندسيًا، حيث تكمل المجموعات القطبية على البروتينات المستهدفة مجموعات الروابط الهيدروجينية على الروابط المصممة. تم تطبيق هذه الطريقة…
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
الهيكل والتجميع وكبح السلسلة التنفسية المعقدة لـ Toxoplasma gondii
2025 | المؤلف: Andrew E. Maclean وآخرون | المجلة: Nature Structural & Molecular Biology | المجال: علم الطفيليات (Parasitology)تناقش هذه القسم الخصائص الهيكلية للمعقدات الفائقة الميتوكوندرية في الطفيلي الأبيكومبلكسان توكسوبلازما غوندي، مع التركيز بشكل خاص على المعقد الفائق III₂-IV₂. استخدمت الدراسة تقنيات التصوير بالمجهر الإلكتروني بالتبريد وتقنيات متوسطات تحت الصور المرئية لتصور المعقد الفائق في الموقع، كاشفة عن موضعه في المناطق المنحنية والجانبية من أغشية الكريستا. تشير النتائج إلى أن العمارة المنحنية للمعقد…
-
TRAPT: إطار عمل عميق متعدد المراحل للتعلم المدمج لتوقع المنظمات النسخية استنادًا إلى بيانات الإبيجينوم الواسعة النطاق
2025 | المؤلف: Guorui Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)إن تحديد المنظمين النسخيين التنظيميين (TRs) أمر حاسم لفهم التعبير الجيني في سياق ظهور الأمراض وتقدمها. تقدم هذه الدراسة أداة توقع نشاط المنظم النسخي (TRAPT)، وهي إطار تعلم عميق متعدد الوسائط مصمم لاستنتاج نشاط TR من خلال دمج الإمكانيات التنظيمية لعناصر التنظيم الجيني المستهدفة ومواقع الربط على مستوى الجينوم. تظهر النتائج التجريبية من 570 مجموعة…
-
تفاعلات عوامل النسخ الموجهة بواسطة الحمض النووي توسع الشيفرة التنظيمية للجينات البشرية
2025 | المؤلف: Zhiyuan Xie وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في ال، يبرز البحث أن مجموعة صغيرة فقط من عوامل النسخ البشرية (TFs) تمتلك مجالات تنشيط نسخي قوية، حيث أن 16 فقط من عوامل النسخ المختبرة تظهر هذه الخاصية. ومن الجدير بالذكر أن العديد من هذه العوامل، مثل TCF4 و ATOH1، تتفاعل مع عوامل نسخ أخرى، مما يشير إلى أن عوامل النسخ التي تفتقر إلى…
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…