الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: مواقع الربط
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…
-
RNAmigos2: الفحص الافتراضي المعتمد على الهيكل المتسارع للـ RNA باستخدام التعلم العميق للرسوم البيانية
2025 | المؤلف: Juan G. Carvajal-Patiño وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “طرق” في ورقة البحث يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من المشاركين. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، واستطلاعات، ودراسات رصدية، مما يضمن تقييمًا شاملاً للمتغيرات ذات الاهتمام. تم تحليل البيانات باستخدام برامج إحصائية مناسبة، مع تحديد مستويات الدلالة…
-
الأساس الهيكلي لتنشيط النسخ من خلال التوظيف التعاوني لـ MntR
2025 | المؤلف: Haoyuan Shi وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)قسم “الطرق” في ورقة البحث يحدد تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شمل جمع البيانات استخدام أدوات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية.…
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
الأساس الهيكلي لتنشيط معتمد على اللجند لمجمع AHR-ARNT الهتروثنائي
2025 | المؤلف: Xiaotong Diao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)مستقبل الهيدروكربون العطري (AHR) هو مستقبل داخلي حيوي يكتشف مجموعة متنوعة من الروابط الجزيئية الصغيرة، بما في ذلك الملوثات البيئية والمركبات الذاتية. عند ارتباط الرابط، ينتقل AHR إلى النواة، حيث يشكل معقدًا نشطًا نسخيًا مع ناقل مستقبل الهيدروكربون العطري النووي (ARNT). يبدأ هذا المعقد برامج التعبير الجيني المتعلقة بإزالة السموم الخلوية والاستجابات المناعية. تبحث الدراسة…
-
هيكل Cryo-EM لمستقبل استشعار الكالسيوم المعقد مع مادة الكوكومي γ-جلوتاميل-فالين-غليسين
2025 | المؤلف: H Yamaguchi وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)تستكشف هذه الدراسة دور مُعدل الطعم γ-glutamyl-valyl-glycine (γ-EVG)، وهو مادة قوية من نوع الكوكومي، في تعزيز إدراك الطعم من خلال تفاعله مع مستقبل الكالسيوم (CaSR). باستخدام المجهر الإلكتروني بالتبريد، حدد الباحثون بنية مركب CaSR/γ-EVG بدقة 3.55 Å، كاشفين عن تفاعلات حاسمة بين γ-EVG وبقايا معينة من CaSR، بما في ذلك Pro39 وPhe42 وArg66 وSer147 وGlu297.…
-
تحديد موقع ارتباط لمثبطات الجزيئات الصغيرة المستهدفة للبروتين TRPM4 البشري
2025 | المؤلف: Babatunde Ekundayo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)تبحث الدراسة في آليات ارتباط بروتين TRPM4، وهو قناة كاتيون أحادي القيمة تنشط بواسطة الكالسيوم، ويُعتقد أنها مرتبطة بمختلف الاضطرابات الجينية والقلبية الوعائية. تستخدم الدراسة المجهر الإلكتروني بالتبريد (cryo-EM) لتوضيح ثلاث هياكل لبروتين TRPM4 البشري الكامل: غير المرتبط، المرتبط بالمثبط القوي NBA (مشتق من حمض الأنثرانيل)، والمرتبط بمشتق آخر، IBA. تكشف النتائج أن كل من…
-
دراسة متعمقة لمشتقات الإندولون كعلاج محتمل لسرطان الرئة
2025 | المؤلف: Mohammed Er-rajy وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم السموم (Toxicology)تبحث الدراسة في الإمكانيات المضادة للسرطان لمشتقات الإندولون، مع التركيز بشكل خاص على خصائصها وتفاعلاتها مع مستقبل PDK1، وهو هدف في علاج سرطان الرئة. باستخدام طرق الحوسبة، تم اختيار أربعة مشتقات إندولون بناءً على ملفاتها الدوائية الواعدة، والتي تم تأكيدها من خلال تحليل ADMET الذي يشير إلى خصائص مشابهة للأدوية. أظهرت دراسات الربط الجزيئي تفاعلات…
-
هندسة مجمعات الجزيئات الصغيرة التساهمية–RNA في الخلايا الحية
2025 | المؤلف: Raphael Bereiter وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة تطوير طريقة موجهة بالهيكل للتوسيم التساهمي لـ RNA في الخلايا الحية، مع معالجة التحديات الكامنة في مثل هذه التقنيات. يركز المؤلفون على هندسة مجمعات RNA aptamer- ligand التساهمية من خلال تعديل ligand بمقبض كهربائي يسهل تفاعلًا مع بقايا الجوانين في موقع ارتباط RNA. يوضحون هذه الطريقة باستخدام مفتاح riboswitch preQ1-I، مما يثبت…
-
هيكل الناقل البشري للدوبامين في تعقيد مع الكوكايين
2024 | المؤلف: Jeppe C. Nielsen وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)يلعب ناقل الدوبامين (DAT) دورًا حيويًا في تنظيم إشارات الدوبامين ويعتبر هدفًا رئيسيًا للخصائص الإدمانية للكوكايين. كعضو في عائلة ناقلات النواقل العصبية: ناقل الصوديوم، يستخدم DAT تدرج أيون الصوديوم (Na\(^+\)) لنقل الدوبامين ضد تدرجه الكيميائي. يتم التحكم في آلية النقل بواسطة أبواب داخلية وخارجية تنظم وصول الركيزة إلى موقع الربط المركزي. على الرغم من أهميته،…