الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: مواقع الربط
-
DSCA-HLAII: نموذج انتباه مزدوج التدفق للتنبؤ بتفاعل وعرض الببتيد–HLA من الفئة الثانية
2026 | المؤلف: Ke Yan وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم الدراسة DSCA-HLAII، وهو إطار تنبؤي مبتكر مصمم لتعزيز فهم تفاعلات الببتيد-HLA-II، والتي تعتبر حاسمة للاستجابات المناعية التكيفية. يستخدم هذا الإطار آلية انتباه متقاطع مزدوج (DSCA) تدمج تمثيلات دلالية مدربة مسبقًا (ESMC) مع ميزات ONE-HOT على مستوى التسلسل، مما يسمح بنمذجة دقيقة لديناميات التفاعل بين الببتيدات وجزيئات HLA-II. تشير النتائج التجريبية إلى أن DSCA-HLAII يتفوق…
-
اكتشاف مثبطات صغيرة قائمة على الثياديازول لتفاعل سبايك SARS-CoV-2-ACE2 من خلال التنبؤ الحاسوبي المتكامل والتحقق التجريبي
2026 | المؤلف: Zakkia Gul وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الأمراض المعدية (Infectious Diseases)في هذه الدراسة، تم تحديد خمسة جزيئات صغيرة مشتقة من هياكل 1،3،4-ثياديازول كمثبطات محتملة لتفاعل بروتين السنبلة SARS-CoV-2 مع مستقبل ACE2 البشري، وهي خطوة حاسمة لدخول الفيروس. كشفت الفحص الافتراضي القائم على الهيكل والتحقق التجريبي أن جميع المركبات ترتبط داخل مجال ارتباط المستقبل لبروتين السنبلة، مما يعطل فعليًا ارتباط ACE2. أظهرت محاكاة الديناميات الجزيئية ارتباطًا…
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
الآليات الجزيئية لنقل المنغنيز بواسطة SLC30A10
2025 | المؤلف: Xurui Shen وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)يحدد قسم الطرق الأساليب التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون مجموعة من التقنيات الكمية والنوعية لجمع البيانات، مما يضمن تحليلًا شاملاً لأسئلة البحث. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، ونمذجة إحصائية، ومحاكاة حسابية، تم تصميمها لاختبار الفرضيات تحت ظروف مختلفة. شمل جمع البيانات أخذ عينات منهجية وبروتوكولات صارمة للحفاظ على الموثوقية والصلاحية. تم إجراء التحليلات…
-
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
الهيكل والتجميع وكبح السلسلة التنفسية المعقدة لـ Toxoplasma gondii
2025 | المؤلف: Andrew E. Maclean وآخرون | المجلة: Nature Structural & Molecular Biology | المجال: علم الطفيليات (Parasitology)تناقش هذه القسم الخصائص الهيكلية للمعقدات الفائقة الميتوكوندرية في الطفيلي الأبيكومبلكسان توكسوبلازما غوندي، مع التركيز بشكل خاص على المعقد الفائق III₂-IV₂. استخدمت الدراسة تقنيات التصوير بالمجهر الإلكتروني بالتبريد وتقنيات متوسطات تحت الصور المرئية لتصور المعقد الفائق في الموقع، كاشفة عن موضعه في المناطق المنحنية والجانبية من أغشية الكريستا. تشير النتائج إلى أن العمارة المنحنية للمعقد…
-
TRAPT: إطار عمل عميق متعدد المراحل للتعلم المدمج لتوقع المنظمات النسخية استنادًا إلى بيانات الإبيجينوم الواسعة النطاق
2025 | المؤلف: Guorui Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)إن تحديد المنظمين النسخيين التنظيميين (TRs) أمر حاسم لفهم التعبير الجيني في سياق ظهور الأمراض وتقدمها. تقدم هذه الدراسة أداة توقع نشاط المنظم النسخي (TRAPT)، وهي إطار تعلم عميق متعدد الوسائط مصمم لاستنتاج نشاط TR من خلال دمج الإمكانيات التنظيمية لعناصر التنظيم الجيني المستهدفة ومواقع الربط على مستوى الجينوم. تظهر النتائج التجريبية من 570 مجموعة…
-
تفاعلات عوامل النسخ الموجهة بواسطة الحمض النووي توسع الشيفرة التنظيمية للجينات البشرية
2025 | المؤلف: Zhiyuan Xie وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في ال، يبرز البحث أن مجموعة صغيرة فقط من عوامل النسخ البشرية (TFs) تمتلك مجالات تنشيط نسخي قوية، حيث أن 16 فقط من عوامل النسخ المختبرة تظهر هذه الخاصية. ومن الجدير بالذكر أن العديد من هذه العوامل، مثل TCF4 و ATOH1، تتفاعل مع عوامل نسخ أخرى، مما يشير إلى أن عوامل النسخ التي تفتقر إلى…
-
الهيكل والوظيفة لبروتين XPR1 البشري في تصدير الفوسفات
2025 | المؤلف: Long Chen وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)يحدد قسم الطرق تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث تم استخدام التحليلات الإحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من تجارب مختلفة. شملت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شمل جمع البيانات استخدام أدوات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية، بينما…