الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: مواقع الربط
-
RNAmigos2: الفحص الافتراضي المعتمد على الهيكل المتسارع للـ RNA باستخدام التعلم العميق للرسوم البيانية
2025 | المؤلف: Juan G. Carvajal-Patiño وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “طرق” في ورقة البحث يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من المشاركين. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، واستطلاعات، ودراسات رصدية، مما يضمن تقييمًا شاملاً للمتغيرات ذات الاهتمام. تم تحليل البيانات باستخدام برامج إحصائية مناسبة، مع تحديد مستويات الدلالة…
-
الأساس الهيكلي لتنشيط النسخ من خلال التوظيف التعاوني لـ MntR
2025 | المؤلف: Haoyuan Shi وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)قسم “الطرق” في ورقة البحث يحدد تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شمل جمع البيانات استخدام أدوات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية.…
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
الأساس الهيكلي لتنشيط معتمد على اللجند لمجمع AHR-ARNT الهتروثنائي
2025 | المؤلف: Xiaotong Diao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)مستقبل الهيدروكربون العطري (AHR) هو مستقبل داخلي حيوي يكتشف مجموعة متنوعة من الروابط الجزيئية الصغيرة، بما في ذلك الملوثات البيئية والمركبات الذاتية. عند ارتباط الرابط، ينتقل AHR إلى النواة، حيث يشكل معقدًا نشطًا نسخيًا مع ناقل مستقبل الهيدروكربون العطري النووي (ARNT). يبدأ هذا المعقد برامج التعبير الجيني المتعلقة بإزالة السموم الخلوية والاستجابات المناعية. تبحث الدراسة…
-
تحديد موقع ارتباط لمثبطات الجزيئات الصغيرة المستهدفة للبروتين TRPM4 البشري
2025 | المؤلف: Babatunde Ekundayo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)تبحث الدراسة في آليات ارتباط بروتين TRPM4، وهو قناة كاتيون أحادي القيمة تنشط بواسطة الكالسيوم، ويُعتقد أنها مرتبطة بمختلف الاضطرابات الجينية والقلبية الوعائية. تستخدم الدراسة المجهر الإلكتروني بالتبريد (cryo-EM) لتوضيح ثلاث هياكل لبروتين TRPM4 البشري الكامل: غير المرتبط، المرتبط بالمثبط القوي NBA (مشتق من حمض الأنثرانيل)، والمرتبط بمشتق آخر، IBA. تكشف النتائج أن كل من…
-
هيكل الناقل البشري للدوبامين في تعقيد مع الكوكايين
2024 | المؤلف: Jeppe C. Nielsen وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)يلعب ناقل الدوبامين (DAT) دورًا حيويًا في تنظيم إشارات الدوبامين ويعتبر هدفًا رئيسيًا للخصائص الإدمانية للكوكايين. كعضو في عائلة ناقلات النواقل العصبية: ناقل الصوديوم، يستخدم DAT تدرج أيون الصوديوم (Na\(^+\)) لنقل الدوبامين ضد تدرجه الكيميائي. يتم التحكم في آلية النقل بواسطة أبواب داخلية وخارجية تنظم وصول الركيزة إلى موقع الربط المركزي. على الرغم من أهميته،…
-
إنزيم نانو أحادي الذرة مزدوج الموقع يحاكي أكسيد اليورات مع خصوصية عالية للركائز
2024 | المؤلف: Kaiyuan Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذا القسم، يناقش المؤلفون تطور وإمكانات الأكسيدات المستقلة عن الإنزيم المساعد والنانوإنزيمات ذات الذرة الواحدة (SAzymes) في التحفيز الانتقائي. يقدمون إنزيمًا جديدًا مزدوج الموقع للمعادن والروابط، يسمى Ni-DAB، والذي يظهر انتقائية في أكسدة حمض اليوريك (UA). يحاكي Ni-DAB آلية التحفيز المزدوجة لمؤكسد اليورات، مستخدمًا مركز معدن النيكل وذرة كربون في الرابط كمواقع ربط محددة…
-
درجة الحرارة الفسيولوجية تحرك التعرف على ligand TRPM4 وفتح القنوات
2024 | المؤلف: Jinhong Hu وآخرون | المجلة: Nature | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التأثير الكبير لدرجة الحرارة على هيكل ووظيفة الجزيئات الكبيرة، مع التركيز بشكل خاص على قناة الأيونات الحساسة لدرجة الحرارة TRPM4. يبرز المؤلفون أن العديد من الدراسات الفيزيائية الحيوية تُجرى عند درجات حرارة غير فسيولوجية، مما قد يؤدي إلى استنتاجات مضللة بشأن الآليات الجزيئية والتفاعلات الدوائية. من خلال المجهر الإلكتروني…
-
الأساس الهيكلي لتعديل TRPV1 بواسطة الدهون الحيوية الذاتية
2024 | المؤلف: William R. Arnold وآخرون | المجلة: Nature Structural & Molecular Biology | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)تشير هذه الفقرة إلى أن الآلية الأساسية التي تؤثر على الظاهرة المرصودة هي طرد الدهون الفوسفورية (PI) ، بدلاً من تقلبات درجة الحرارة. تشير هذه النتيجة إلى أن ديناميات طرد الدهون تلعب دورًا حاسمًا في العملية قيد التحقيق، مما يبرز أهمية تركيبة الدهون في الوظائف الخلوية أو المتعلقة بالغشاء. قد يوفر الاستكشاف الإضافي لهذه الآلية…
-
إنزيمات RNase T2 وPLD في الحويصلات اللمفاوية تولد بشكل تعاوني جزيئات RNA لتفعيل TLR7
2024 | المؤلف: Marleen Bérouti وآخرون | المجلة: Immunity | المجال: علم المناعة (Immunology)يتناول القسم دور الإكسونوكلياز في إطلاق 2′,3′-سيكلوجوانوزين أحادي الفوسفات، والذي يعد ضروريًا للتفاعل مع مستقبل TLR7 في الجيب 1. بالإضافة إلى ذلك، يتم تسليط الضوء على إنزيمات الفوسفوليباز D (PLD) كعوامل حاسمة في توليد شظايا RNA التي تتفاعل مع TLR7 في الجيب 2. يتم التأكيد على تفاعل PLDs كعملية ضرورية لمعالجة ركائز RNA بشكل فعال،…