الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: هندسة البروتين
-
اكتشاف الإنزيمات القوية والهندسة باستخدام التعلم العميق مع CataPro
Robust enzyme discovery and engineering with deep learning using CataProتسلط الأبحاث الضوء على أهمية التنبؤ بدقة بمعلمات الحركية الإنزيمية لاستكشاف الإنزيمات وتعديلها، مع معالجة القيود التي تعاني منها النماذج الحالية التي غالبًا ما تعاني من انخفاض الدقة أو الإفراط في التخصيص. يقدم المؤلفون نموذج تعلم عميق جديد، CataPro، الذي يستخدم نماذج مدربة مسبقًا وبصمات جزيئية للتنبؤ بالمعلمات الرئيسية مثل عدد الدوران ($k_{cat}$)، وثابت ميكاليز…
-
دمج نماذج لغة البروتين والمصنع الحيوي التلقائي لتعزيز تطور البروتين
Integrating protein language models and automatic biofoundry for enhanced protein evolutionتقدم الدراسة نهجًا جديدًا في هندسة البروتينات يدمج التعلم الآلي وتقنيات البيوفوندري الآلية لتعزيز عملية التطور الموجه التقليدية. من خلال استخدام نموذج لغة البروتين ESM-2، طور الباحثون منصة تطور تلقائية تعمل ضمن نظام حلقة مغلقة، مما يسهل دورة التصميم-البناء-الاختبار-التعلم. تبدأ هذه النظام عملية التطور من خلال إجراء توقعات بدون عينة لـ 96 نوعًا من البروتينات،…
-
خريطة المشهد البيوكيميائي للروبيسكو
A map of the rubisco biochemical landscapeروبيسكو، الإنزيم الأساسي لثاني أكسيد الكربون في الغلاف الحيوي، يظهر حركيات بطيئة ويقدم تحديات لتحسينات الهندسة بسبب معاييره البيوكيميائية المعقدة. تقدم هذه الدراسة اختبارًا متوازيًا ضخمًا باستخدام سلالة مهندسة من *Escherichia coli* لاستكشاف منهجي لمشهد التسلسل-الوظيفة للروبيسكو من *Rhodospirillum rubrum*. من خلال تقييم أكثر من 99% من الطفرات أحادية الأحماض الأمينية تحت تركيزات مختلفة من…
-
الهندسة المتسارعة للإنزيمات بواسطة التعبير الخالي من الخلايا الموجه بتعلم الآلة
Accelerated enzyme engineering by machine-learning guided cell-free expressionتقدم ورقة البحث منصة جديدة موجهة بواسطة التعلم الآلي (ML) تهدف إلى التغلب على قيود هندسة الإنزيم التقليدية، خاصة في توليد مجموعات بيانات واسعة من علاقات التسلسل-الوظيفة للتصميم التنبؤي. تدمج هذه المنصة تجميع الحمض النووي الخالي من الخلايا، والتعبير الجيني الخالي من الخلايا، والاختبارات الوظيفية لرسم خرائط فعالة لمشاهد اللياقة عبر مساحة تسلسل البروتين، مما…
-
اختبار مصيدة المعادن وتحسين المخططات لتصميم تميؤ البروتينات الخلوية بعناصر مختلفة
A metal-trap tests and refines blueprints to engineer cellular protein metalation with different elementsتناقش هذه القسم التحديات المرتبطة بفهم كيفية اكتساب البروتينات للمعادن المحددة داخل الخلايا، مع التركيز بشكل خاص على ظاهرة التمثيل الخاطئ للمعادن بسبب عدم التوافق بين تفضيلات المعادن للبروتين وتوافر المعادن داخل الخلايا. تستخدم الدراسة كوبين المنغنيز (Mn II) من البكتيريا الزرقاء، MncA، كنموذج للتحقيق في توقعات التمثيل المعدني. من خلال إعادة طي MncA في…