الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ENCODE
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
JASPAR 2026: expansion of transcription factor binding profiles and integration of deep learning models2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
PTM-Mamba: نموذج لغة بروتين مدرك للتعديلات ما بعد الترجمة مع كتل Mamba ذات البوابات ثنائية الاتجاه
PTM-Mamba: a PTM-aware protein language model with bidirectional gated Mamba blocks2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على PTM-Mamba، وهو نموذج لغة بروتين جديد (LM) مصمم لدمج التعديلات ما بعد الترجمة (PTMs) في ترميز خصائص البروتين. تعتبر PTMs، مثل الفسفرة واليوبيكويتين، حاسمة لتعزيز تنوع البروتينات ولها تأثير كبير على هيكل البروتين ووظيفته وتفاعلاته. يدمج نموذج PTM-Mamba رموز PTM من خلال كتل Mamba ثنائية الاتجاه ويستخدم آلية بوابة لدمجها…
-
كودون ترانسفورمر: مُحسِّن كودون متعدد الأنواع باستخدام الشبكات العصبية المدركة للسياق
CodonTransformer: a multispecies codon optimizer using context-aware neural networks2025 | المؤلف: Adibvafa Fallahpour وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “طرق” من ورقة البحث يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لملاحظة تأثيراتها على النتائج ذات الاهتمام. شمل جمع البيانات استخدام أدوات موحدة لضمان…
-
التقييم الوظيفي والتصنيف السريري لمتغيرات BRCA2
Functional evaluation and clinical classification of BRCA2 variants2025 | المؤلف: Huaizhi Huang وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتناول الأبحاث التحديات السريرية التي تطرحها متغيرات فقدان الوظيفة في جين BRCA2، والتي ترتبط بزيادة مخاطر الإصابة بالسرطان، وخاصة سرطان الثدي والمبيض. على الرغم من تحديد هذه المتغيرات من خلال الاختبارات الجينية، إلا أن العديد منها يصنف كمتغيرات ذات دلالة غير مؤكدة (VUS)، مما يحد من فائدتها السريرية. لتعزيز التوصيف الوظيفي وتصنيف متغيرات BRCA2، استخدمت…