الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: RNA-Seq
-
تقييم نماذج خلايا الأساس لتوقع RNA-seq بعد الاضطراب
2025 | المؤلف: Gerold Csendes وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يؤكد المؤلفون على الحاجة الملحة للتنبؤات الدقيقة للاستجابات الخلوية للت perturbations لتعزيز فهمنا لسلوك الخلايا في حالات مختلفة. يشيرون إلى ندرة بيانات الاضطراب مقارنة ببيانات الخلايا الأساسية، مما أدى إلى تطوير نماذج خلوية أساسية تستخدم بيانات التعبير الجيني على مستوى الخلية الواحدة على نطاق واسع. هذه النماذج، بما في ذلك scGPT و…
-
تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة يكشف عن اختلافات جنسية في التركيب تحت الخلوي ونشاط شبكة تنظيم الجينات المرتبطة باللويحات السباتية البشرية
2025 | المؤلف: Katyayani Sukhavasi وآخرون | المجلة: Nature Cardiovascular Research | المجال: علم المناعة (Immunology)يتناول هذا القسم من ورقة البحث النتائج المستخلصة من دراسة تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة لـ 7,690 خلية من لويحات الشريان السباتي البشري، كاشفًا عن اختلافات ملحوظة بين الجنسين في التركيب تحت الخلوي ونشاط شبكة تنظيم الجينات (GRN) المرتبطة بتضيق الشريان السباتي. بينما لم تختلف الأنواع الرئيسية من الخلايا، بما في ذلك خلايا العضلات…
-
تصفية الخلايا ذات المحتوى الميتوكوندري العالي تستنفد تجمعات الخلايا الخبيثة المتغيرة الأيضية القابلة للحياة في دراسات الخلايا المفردة للسرطان
2025 | المؤلف: Josephine Yates وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث ورقة البحث في تداعيات ممارسات التصفية في تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) للخلايا الخبيثة، مع التركيز بشكل خاص على نسبة عدد RNA الميتوكوندريا (pctMT). قد تستبعد عتبات التصفية التقليدية، التي تم تحديدها من دراسات على الأنسجة الصحية، عن غير قصد الخلايا الخبيثة التي تظهر نسبة أعلى من pctMT الأساسية بسبب خصائصها البيولوجية الفطرية. من…
-
scAMZI: مشفر تلقائي عميق قائم على الانتباه مع طبقة مضخمة للصفر لتجميع بيانات scRNA-seq
2025 | المؤلف: Lin Yuan وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نموذج تعلم عميق جديد، scAMZI، مصمم لتجميع بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq). يدمج هذا النموذج وحدة انتباه بسيطة (SimAM)، ومشفّر تلقائي، ونموذج سالب ثنائي متضخم بالصفر (ZINB)، بالإضافة إلى طبقة متضخمة بالصفر (ZI) للتعامل بفعالية مع التحديات المرتبطة ببيانات scRNA-seq، مثل أحداث التسرب والحاجة إلى دمج مرن للميزات الخلوية والعلاقات بين الخلايا.…
-
تحليل التعبير الجيني للـ RNA المعتمد على الزمن في الغشاء المخاطي للمعدة في الأبقار المصابة بـ Ostertagia ostertagi
2025 | المؤلف: Clarissa Boschiero وآخرون | المجلة: Scientific Data | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)في هذه الدراسة، تم إصابة عجول هولشتاين ب larva المرحلة 3 من Ostertagia ostertagi (L3) للتحقيق في ملفات التعبير الجيني للغشاء المخاطي في قاع المعدة والمعدة البوابية في نقاط زمنية مختلفة بعد الإصابة (3-5، 7-9، 10، و21 يومًا). تتوافق هذه النقاط الزمنية مع مراحل تطور مختلفة للطفيلي: L3 المتأخرة وL4 المبكرة (3-5 dpi)، وL4 المتوسطة…
-
التكامل المكاني لبيانات الخلايا المفردة متعددة الأوميات مع SIMO
2025 | المؤلف: Penghui Yang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، متضمنة تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لملاحظة تأثيراتها على النتائج ذات الاهتمام. شمل جمع البيانات استخدام أدوات وبروتوكولات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية.…
-
تكشف الأطالس البشرية للخلايا الدهنية تحت الجلد والدهون الحشوية عن الخلايا الدهنية الكلاسيكية وغير الكلاسيكية وأنماط محددة للمخازن
2025 | المؤلف: Or Lazarescu وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم وظائف الأعضاء (Physiology)تبحث الدراسة في الفروق الوظيفية بين مخازن الدهون البشرية، وتحديداً الأنسجة تحت الجلد والدهون الحشوية، من خلال تسلسل RNA أحادي النواة (snRNA-seq). قامت الدراسة بتحليل 27,665 نواة خلوية دهنية، وكشفت أن الغالبية تم تصنيفها على أنها “خلايا دهنية كلاسيكية” – التي تشارك بشكل أساسي في استقلاب الدهون – بينما كانت هناك أيضاً أنواع “غير كلاسيكية”…
-
أطلس الميكروغليا البشرية (HuMicA) يكشف التغيرات في مجموعات الميكروغليا المرتبطة بالأمراض عبر الحالات التنكسية العصبية
2025 | المؤلف: Ricardo Martins-Ferreira وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: طب الأعصاب (Neurology)تسلط الأبحاث الضوء على دور تنشيط الميكروغليا غير المنظم والالتهاب العصبي في تطور وتقدم الأمراض التنكسية العصبية. تم بناء أطلس متكامل لخلايا المناعة في الدماغ البشري، يسمى أطلس الميكروغليا البشري (HuMicA)، باستخدام تسعة عشر مجموعة بيانات من تسلسل RNA أحادي النواة وتسلسل RNA أحادي الخلية من حالات تنكس عصبي مختلفة، بما في ذلك مرض الزهايمر،…
-
تحديد مقاومة التغيرات المشيمية باستخدام تقنيات متعددة الأوميات لدى المرضى الذين لديهم تاريخ من تسمم الحمل الشديد
2025 | المؤلف: Irene Muñoz-Blat وآخرون | المجلة: Nature Medicine | المجال: علم المناعة (Immunology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على النسخ الجيني المكاني والبروتيوميات المكانية، وهما تقنيتان متقدمتان تمكّنان من دراسة تعبير الجينات وتوزيع البروتينات داخل عينات الأنسجة. تتضمن النسخ الجيني المكاني رسم خرائط لجزيئات RNA في سياقها المكاني الأصلي، مما يسمح للباحثين بفهم تباين تعبير الجينات عبر بيئات خلوية مختلفة. هذه التقنية حيوية لتوضيح الأدوار الوظيفية لجينات معينة…
-
SeuratExtend: تبسيط تحليل RNA-seq على مستوى الخلية الواحدة من خلال إطار عمل متكامل وبديهي
2025 | المؤلف: Yichao Hua وآخرون | المجلة: GigaScience | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم SeuratExtend، وهو حزمة R مصممة لتعزيز تحليل بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq). مبنية على إطار العمل Seurat المستخدم على نطاق واسع، تتناول SeuratExtend التحديات التي تطرحها الزيادة السريعة في أدوات التحليل من خلال دمج الوظائف الأساسية وقواعد البيانات في منصة متكاملة. تدعم الحزمة مجموعة متنوعة من التحليلات، بما في ذلك إثراء…