الأبحاث ضمن الموضوع : طرق اكتشاف الأدوية الحاسوبية
-
اكتشاف قائم على الهيكل لمثبطات مجال Mac1 للبروتين غير الهيكلي-3 من SARS-CoV-2 من خلال فحص معزز بتعلم الآلة لمساحة المواد الكيميائية
2026 | المؤلف: Fuqiang Ban وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)في الأبحاث الأخيرة، تم التركيز بشكل كبير على تحديد مثبطات الجزيئات الصغيرة التي تستهدف ماكرودومين 1 (Mac1) من البروتين غير الهيكلي 3 (NSP3) كعوامل مضادة للفيروسات محتملة لـ SARS-CoV-2. تم اختيار Mac1 كهدف لتقييم التجارب لإيجاد الأهداف (CACHE) التحدي #3، حيث طورت فريقنا استراتيجية حسابية تصدرت بين 23 مشاركًا. أدت هذه الطريقة إلى اكتشاف سلسلة…
-
المحولات لتوقع خصائص الجزيئات: تحسين الأداء بكفاءة من خلال التكيف مع المجال
2026 | المؤلف: Afnan Sultan وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)في السنوات الأخيرة، أصبحت نماذج المحولات الجزيئية أدوات أساسية في اكتشاف الأدوية، حيث تم تدريبها مسبقًا على مجموعات بيانات واسعة مثل ZINC وChEMBL. تقيّم هذه الدراسة فعالية هذا التدريب المسبق في توقع خصائص الجزيئات وتحدد القيود في المنهجيات الحالية. تكشف النتائج أن زيادة حجم مجموعة بيانات التدريب المسبق إلى ما يتجاوز حوالي 400K-800K جزيء لا…
-
هندسة الأجسام المضادة المضادة للملاريا توسع أنماط التعرف وتكشف عن تفاعلات متماثلة جديدة تعزز من نطاق الحماية
2026 | المؤلف: J.M. Chun وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)لقد أظهر الجسم المضاد وحيد النسيلة L9 فعالية وقائية كبيرة ضد الملاريا لدى الأطفال لمدة تصل إلى ستة أشهر في أفريقيا، وذلك بشكل أساسي من خلال ارتباطه عالي الألفة بتكرارات NVDP الثانوية الثلاثة على بروتين السوروزويت الدائري للملاريا (PfCSP). كانت هذه الدراسة تهدف إلى تعزيز ألفة L9 لتوفير حماية أفضل ضد السلالات النادرة التي تتميز…
-
FLOWR: مطابقة التدفق لتوليد الجزيئات الجديدة القائمة على التفاعل والشظايا مع مراعاة الهيكل
2026 | المؤلف: Julian Cremer وآخرون | المجلة: Nature Computational Science | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)في هذا القسم، يحدد المؤلفون الإطار المنهجي الذي يدعم نهج مطابقة التدفق المستخدم في FLOWR. تستند المنهجية إلى التدفقات الطبيعية المستمرة (CNFs) التي يتم تدريبها من خلال مطابقة التدفق الشرطية (CFM)، مما يدمج أهداف الانحدار المستقرة المميزة لنماذج الانتشار مع عملية استدلال حتمية فعالة خالية من المحاكاة. يقوم المؤلفون بتنفيذ مطابقة التدفق للنقل الأمثل (OT-CFM)…
-
التعلم التبايني المدرك للهيكل مع تمثيلات ربط دقيقة لاكتشاف الأدوية
2026 | المؤلف: Jing Lan وآخرون | المجلة: ICASSP 2026 – 2026 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP) | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تقدم هذه الدراسة إطار عمل جديد قائم على التسلسل لتوقع تفاعل الأدوية مع الأهداف (DTI) الذي يدمج الأولويات الهيكلية في تمثيلات البروتين، مما يعزز قابلية التوسع في علم الأدوية الحاسوبي. يظهر النموذج أداءً متفوقًا على مجموعات بيانات Human وBioS-NAP ويظل تنافسيًا على BindingDB. في مهام الفحص الافتراضي، يتفوق بشكل كبير على الطرق السابقة في مجموعة…
-
صياغةDE: نظام ذكاء اصطناعي محدث لتوقع توافق الأدوية مع المواد المساعدة
2026 | المؤلف: Shuyi Jia وآخرون | المجلة: AAPS Open | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تناقش هذه الفقرة الدور الحاسم للمواد المساعدة في التركيبات الصيدلانية، مع تسليط الضوء على قدرتها على التفاعل مع المكونات النشطة الصيدلانية (APIs) في ظل ظروف معينة. بينما كانت تُعتبر تقليديًا غير نشطة، يمكن أن تؤثر المواد المساعدة على فعالية الدواء، وتغير ملفات الإفراج، وحتى تنتج نواتج سامة إذا لم يتم تحديد عدم التوافق وإدارته مبكرًا…
-
في السليكو ADMET: دعم اكتشاف الأدوية الجديدة
2026 | المؤلف: Sagar Agrawal وآخرون | المجلة: Future Health | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تناقش هذه القسم أهمية أدوات التنبؤ بـ ADMET (الامتصاص، التوزيع، الأيض، الإخراج، والسمية) في اكتشاف الأدوية، مع تسليط الضوء على دورها في تقليل الفشل السريري في المراحل المتأخرة، والذي يمثل حوالي نصف هذه الإخفاقات. تسهل هذه الطرق الحسابية، بما في ذلك المرشحات القائمة على القواعد، ونماذج العلاقة بين التركيب والنشاط الكمي (QSAR)، ومنصات الذكاء الاصطناعي…
-
بصمات جزيئية هي نماذج قوية لتوقع وظيفة الببتيد
2026 | المؤلف: Jakub Adamczyk وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تبحث الدراسة في فعالية استخدام بصمات جزيئية بسيطة ومحددة المجال لتوقع خصائص الببتيدات، متchallenging الافتراض بأن نمذجة التفاعلات الجزيئية بعيدة المدى ضرورية. تستخدم الدراسة بصمات تعتمد على العد مثل بصمات الاتصال الموسعة (ECFP) والتواء الطوبولوجيا وبصمات RDKit بالتزامن مع LightGBM عبر 132 مجموعة بيانات، بما في ذلك LRGB وخمسة معايير إضافية للببتيدات. تكشف النتائج أن…
-
اختيار الخوارزميات المعتمدة على التضمين الجزيئي في ربط البروتين-الليغاند
2026 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم هذا القسم MolAS، وهو نموذج خفيف الوزن لاختيار الخوارزميات مصمم لتعزيز أداء خوارزميات الربط في علم الأحياء الحاسوبي. يستخدم تمثيلات مسبقة التدريب للبروتينات والليغاندات، ويستخدم تجميع الانتباه ومفكك ارتباط سطحي للتنبؤ بفعالية خوارزميات الربط المختلفة. مع مجموعة بيانات تدريب تتكون من مئات إلى بضعة آلاف من المجمعات المعلّمة، يظهر MolAS تحسينًا كبيرًا في الأداء،…
-
التنقل في اكتشاف الأدوية عبر الذكاء الاصطناعي
2026 | المؤلف: Saurav Kumar Mishra وآخرون | المجلة: Future Journal of Pharmaceutical Sciences | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التحديات التي تطرحها الأمراض الفيروسية المعدية الناشئة والمتجددة، مع تسليط الضوء على الحاجة الملحة لعلاجات دقيقة لمعالجة العبء الصحي العالمي المتزايد. تُعتبر طرق تصميم الأدوية التقليدية بطيئة وتستهلك الكثير من الموارد، مما يستدعي استكشاف أساليب مبتكرة. يتم تقديم الذكاء الاصطناعي (AI) كحل تحويلي في اكتشاف الأدوية، مستفيدًا من الخوارزميات…