الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ارتباط البروتين
-
آلية تجنيد العملاء لتجميع مجموعة الحديد-الكبريت السيتوزولية المستهدفة
2026 | المؤلف: Wenjie Ren وآخرون | المجلة: The EMBO Journal | المجال: الطاقة المتجددة والاستدامة والبيئة (Renewable Energy, Sustainability and the Environment)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في الآليات التي من خلالها تكتسب بروتينات الحديد-الكبريت (Fe-S) حيوية في السيتوسول والنواة عواملها المساعدة الأساسية من خلال التفاعل مع مركب استهداف تجميع الكتلة الحديدية-الكبريتية في السيتوسول (CTC). يحددون نمط ببتيد خماسي متسق يعمل كعلامة تسلسلية حاسمة لغالبية بروتينات Fe-S البشرية المعروفة، وخاصة تلك المعنية في معالجة الحمض النووي/الحمض النووي…
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
التحقيق فيما إذا كانت نماذج التعلم العميق للتجميع المشترك تتعلم فيزياء تفاعلات البروتين-الليغاند
2025 | المؤلف: Matthew R. Masters وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدمات الأخيرة في توقع هيكل البروتينات والليغاندات المعتمدة على التعلم العميق، مع تسليط الضوء بشكل خاص على نماذج الطي المشترك مثل AlphaFold 3 (AF3) وRoseTTAFold All-Atom (RFAA). لقد أظهرت هذه النماذج تحسينات كبيرة في توقع هياكل البروتينات التي تتفاعل مع مختلف الجزيئات الحيوية، محققة دقة عالية من خلال الاستفادة…
-
تحول الميالوبيروكسيداز الكروماتين إلى مصائد خارجية للخلايا العدلية
2025 | المؤلف: Garth L. Burn وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم المناعة (Immunology)في هذا القسم، يستكشف المؤلفون دور الميالوبيروكسيداز (MPO) في تشكيل الفخاخ خارج الخلوية للعدلات (NETs)، والتي تعتبر حاسمة للاستجابات المناعية. MPO، وهو بروتين شائع في العدلات، يسهل تفكيك النوكليوزومات، مما يعزز تشكيل NET. تكشف الدراسة أن الحالة الأوليغوميرية لـ MPO تؤثر على تفاعلاته مع الحمض النووي النووي: حيث يقوم ثنائيات MPO بإزاحة الحمض النووي من…
-
كشف الشبكة التفاعلية المخفية للغراءات الجزيئية CRBN
2025 | المؤلف: Kheewoong Baek وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون مفهوم القرب المحفز من خلال المواد اللاصقة الجزيئية، والذي يتضمن تجنيد البروتينات لتعزيز تعديلها أو تنظيمها أو تحللها. يسلطون الضوء على التحديات المرتبطة بتصميم المواد اللاصقة الجزيئية ويؤكدون على الحاجة إلى طرق اكتشاف غير متحيزة لتحديد أهداف كيميائية جديدة. لمعالجة ذلك، يقدم المؤلفون سير عمل بروتيوميات الارتباط عالي الإنتاجية الذي…
-
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق
2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
-
DeepDTAGen: إطار تعلم عميق متعدد المهام لتوقع تقارب الأدوية والأهداف وتوليد الأدوية المدركة للأهداف
2025 | المؤلف: Pir Masoom Shah وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تقدم ورقة البحث إطار تعلم متعدد المهام يهدف إلى تعزيز اكتشاف الأدوية من خلال التنبؤ في وقت واحد بمدى ارتباط الأدوية بالأهداف وتوليد أنواع جديدة من الأدوية المدركة للأهداف. لقد ركزت الأساليب التقليدية في التعلم الآلي في هذا المجال بشكل كبير على المهام الفردية، إما من خلال التنبؤ بتفاعلات الأدوية مع الأهداف (DTI) أو توليد…
-
المسار التكويني للببتيد الاندماجي لفيروس HIV-1 أثناء فتح الغلاف المحفز بواسطة CD4
2025 | المؤلف: Bhishem Thakur وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الفيروسات (Virology)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بالتحقيق في إمكانية الوصول إلى الببتيد المدمج (FP) لارتباط الأجسام المضادة بعد التغيرات الشكلية التي يسببها CD4 في بروتين Env. باستخدام الجسم المضاد المستهدف لـ FP VRC34.01، لاحظوا انخفاضًا في الارتباط بعد تحفيز CD4، والذي تفاقم بوجود الجسم المضاد المقلد لمستقبل 17b. أظهرت تجارب التحكم أنه بدون CD4 أو 17b،…
-
تثبيط إنزيمات الببتيديل أرجينين ديميناز (PAD1-4) من خلال استهداف موقع ارتباط ألوستيري يعتمد على Ca2+
2025 | المؤلف: Leslie Dakin وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)إن إنزيمات دياميناز الأرجينين الببتيدية (PAD1-4) هي إنزيمات تعتمد على الكالسيوم تسهل تحويل بقايا الأرجينين إلى سيترولين من خلال عملية تعرف باسم السيترولين، والتي ترتبط بمختلف الأمراض، بما في ذلك التهاب المفاصل الروماتويدي والاضطرابات التنكسية العصبية. بينما تم تطوير مثبطات انتقائية لـ PAD4، لا تزال المثبطات الأوسع لعائلة PAD بأكملها نادرة، ومحدودة أساسًا على نظائر…
-
نظرة هيكلية على تنشيط TLR4/MD-2 بواسطة محاكيات LPS الاصطناعية ذات أنماط ارتباط مميزة
2025 | المؤلف: Yaoyao Fu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم العلاقات بين المتغيرات. شملت جمع البيانات استبيانًا منظمًا تم إدارته لعينة تمثيلية، مما يضمن موثوقية وصلاحية النتائج. لتحليل البيانات، طبق الباحثون طرقًا إحصائية متنوعة، بما في ذلك تحليل الانحدار واختبار الفرضيات، لتقييم…