الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ارتباط البروتين
-
GōMartini 3: من التغيرات الشكلية الكبيرة في البروتينات إلى تصحيحات التحيز البيئي
2025 | المؤلف: Paulo C. T. Souza وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في النمذجة ذات الحبيبات الخشنة، مع التركيز بشكل خاص على نموذج GōMartini المحسن، الذي يدمج تنفيذ المواقع الافتراضية لنموذج Gō مع إطار عمل Martini 3. يهدف هذا النموذج إلى تحسين الكفاءة الحسابية مع تمثيل ديناميات البروتين بدقة عبر سياقات بيولوجية متنوعة. يبرز البحث الاختبارات الواسعة التي أجرتها المجتمع…
-
تفاعلات عوامل النسخ الموجهة بواسطة الحمض النووي توسع الشيفرة التنظيمية للجينات البشرية
2025 | المؤلف: Zhiyuan Xie وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في ال، يبرز البحث أن مجموعة صغيرة فقط من عوامل النسخ البشرية (TFs) تمتلك مجالات تنشيط نسخي قوية، حيث أن 16 فقط من عوامل النسخ المختبرة تظهر هذه الخاصية. ومن الجدير بالذكر أن العديد من هذه العوامل، مثل TCF4 و ATOH1، تتفاعل مع عوامل نسخ أخرى، مما يشير إلى أن عوامل النسخ التي تفتقر إلى…
-
Martini3-IDP: تحسين مجال القوة Martini 3 للبروتينات غير النظامية
2025 | المؤلف: Liguo Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الخلوي (Cell Biology)تناقش ورقة البحث أهمية البروتينات متعددة المجالات (MDPs) في الخلايا حقيقية النواة، والتي تشكل حوالي 50% من البروتينات الخلوية. تظهر MDPs تنوعًا فريدًا بسبب مزيجها من المناطق غير المنظمة بشكل جوهري (IDRs) والمجالات المنظمة، مما يسهل كل من التعرف الجزيئي المرن والتفاعلات المحددة. يتم تسليط الضوء على التفاعل بين IDRs والمجالات المطوية، مع أمثلة توضح…
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…
-
GraphBAN: نهج استقرائي قائم على الرسوم البيانية لتحسين توقع تفاعلات المركبات والبروتينات
2025 | المؤلف: Hamid Hadipour وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم هذا القسم نظرة عامة على أهمية فهم تفاعلات المركبات والبروتينات (CPIs) في اكتشاف الأدوية المبكر ويقدم GraphBAN، وهو إطار عمل جديد قائم على الرسوم البيانية مصمم للتنبؤ بهذه التفاعلات. يستخدم GraphBAN معلومات ميزات المركبات والبروتينات لأداء تنبؤات الروابط الاستقرائية، مما يسمح له بالتنبؤ بفعالية بالتفاعلات التي تشمل مركبات وبروتينات لم تُرَ من قبل. تعالج…
-
تحديد في السيليكو لمركبات جديدة تستهدف بروتين FKBP5 البشري المرتبط بالتوتر في الاضطرابات النفسية
2025 | المؤلف: Ovinuchi Ejiohuo وآخرون | المجلة: PLoS ONE | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث الدراسة في تفاعلات مختلف الروابط مع بروتين FK506 المرتبط بـ 51 (FKBP51 أو FKBP5)، وهو منظم رئيسي للتوتر مرتبط بالاضطرابات النفسية. تستخدم الدراسة تقنية الربط الجزيئي لتقييم الروابط مثل الراباميسين، التاكروليموس، والكركم، حيث تم تحديد الروسوجينين والنيوروسوجينين كأفضل المرشحين بسبب قدرتهم على عبور حاجز الدماغ والدم وإظهار امتصاص معوي عالي. تصنف توقعات السمية هذه…
-
DTIAM: إطار موحد للتنبؤ بتفاعلات الأدوية مع الأهداف، والألفة المرتبطة بها وآليات الأدوية
2025 | المؤلف: Zhangli Lu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يتكون إطار عمل DTIAM من ثلاثة مكونات رئيسية: تعلم تمثيل الجزيئات ذاتية الإشراف، تعلم تمثيل البروتينات غير المراقب، ودمج التمثيل لمهام استنتاج الأدوية والأهداف عبر التعلم الآلي الآلي (AutoML). يستخدم تعلم تمثيل الجزيئات ذاتية الإشراف نهجًا على غرار BERT من خلال نموذج يسمى BERMol، الذي يتعلم تمثيلات متجهية للتركيبات الجزيئية من بيانات غير مصنفة على…
-
التحليل الحاسوبي للببتيدات المضادة للميكروبات المستهدفة لمستقبلات رئيسية في الأمراض القلبية الوعائية المرتبطة بالعدوى: رؤى من الربط الجزيئي والديناميات
2025 | المؤلف: Doni Dermawan وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)يكشف التحليل الحسابي للببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) التي تستهدف مستقبلات رئيسية مرتبطة بأمراض القلب والأوعية الدموية المرتبطة بالعدوى (CVDs) عن نتائج مهمة تتعلق بقدراتها على الارتباط واستقرارها. أظهرت محاكاة التفاعل الجزيئي والديناميكي أن Tachystatin وThermolysin وPleurocidin وSubtilisin A أظهرت تفاعلات ملائمة مع مستقبلات مثل ACE2 وCRP وMMP9 وNLRP3 وTLR4، متفوقة على المثبط القياسي DX600. ومن…
-
الأساس الهيكلي لتنشيط النسخ من خلال التوظيف التعاوني لـ MntR
2025 | المؤلف: Haoyuan Shi وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)قسم “الطرق” في ورقة البحث يحدد تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شمل جمع البيانات استخدام أدوات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية.…
-
تغير فعالية الربط مجموعة التكوين لمستقبل نووي بين حالات نشطة نسخياً وكابحة
2025 | المؤلف: Brian S. MacTavish وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تعتبر المستقبلات النووية (NRs) عوامل نسخ تقوم بتعديل التعبير الجيني استجابةً لارتباط الليغاند، حيث تنتقل بين حالات نشطة وكابحة. تركز هذه الدراسة على مستقبل البيروكسيسوم المنشط لمستقبلات الجاما (PPARγ) وتقدم سلسلة من الليغاندات التي تمتد من العكسية (الكبح) إلى الفعالية (التفعيل). من الجدير بالذكر أن التعديلات الهيكلية الطفيفة في هذه المركبات يمكن أن تغير نشاطها…