الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الجينوم، البكتيري
-
نمو الميكروبات في أنماط الحياة التنافسية يعزز زيادة الجينات المقاومة للمضادات الحيوية في ميكروبات التربة: رؤى مستندة إلى الصفات الجينية
2025 | المؤلف: Zishu Liu وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: التلوث (Pollution)تبحث الدراسة في ديناميات جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) داخل المجتمعات الميكروبية في التربة تحت تركيزات متغيرة من المضاد الحيوي أوكسي تتراسيكلين (OTC). باستخدام زراعة الميكروكوزم وعلم الجينوميات الميتاجينية، تكشف الدراسة أن وفرة وغنى ARGs تظهر علاقة غير أحادية مع تركيز المضاد الحيوي، حيث تصل إلى ذروتها عند مستويات متوسطة (0.1 و 0.5 ملغ/ل). ومن…
-
DFAST_QC: أداة تقييم الجودة والتعرف الضريبي للجينومات بدائية النواة
2025 | المؤلف: Mohamed Elmanzalawi وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)توضح هذه القسم تطوير وقدرات DFAST_QC، وهي أداة جديدة مصممة لتعزيز التصنيف الضريبي ومراقبة الجودة للجينومات بدائية النواة. يعد التصنيف الضريبي الدقيق أمرًا حيويًا للبحث البيولوجي، ومع ذلك، غالبًا ما تتطلب أدوات التحقق من الجينوم الحالية موارد حاسوبية واسعة ووقتًا طويلاً، مما يحد من إمكانية الوصول إليها للمشاريع واسعة النطاق. تتناول DFAST_QC هذه التحديات من…
-
معايير للمراقبة الجينومية للصحة الواحدة لبكتيريا الإشريكية القولونية من أستراليا
2025 | المؤلف: A. Watt وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الغدد الصماء (Endocrinology)تسلط هذه الفقرة من ورقة البحث الضوء على الدور الحاسم للجينوميات في فهم انتقال مسببات الأمراض ضمن إطار الصحة الواحدة، مع التركيز بشكل خاص على الإشريكية القولونية. جمعت الدراسة مجموعة بيانات شاملة تتكون من 5,471 تسلسل جينومي للإشريكية القولونية من مصادر متنوعة في أستراليا، بما في ذلك البشر، والحيوانات البرية والماشية، والحيوانات الأليفة، والعينات البيئية،…
-
التنبؤ بتفاعلات العاثيات على مستوى السلالة عبر جنس الإشريكية باستخدام المعلومات الجينومية فقط
2024 | المؤلف: Baptiste Gaborieau وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم البيئة (Ecology)تبحث هذه الدراسة في إمكانية التنبؤ بإصابات البكتريوفاج في سلالات بكتيرية محددة، مع التركيز على جنس *Escherichia*. توضح الدراسة أن نتائج تفاعلات الفاج والبكتيريا يمكن التنبؤ بها بدقة على مستوى السلالة باستخدام البيانات الجينومية، محققة منطقة تحت منحنى خصائص التشغيل المستقبلية (AUROC) بنسبة 86%. تم إنشاء مجموعة بيانات شاملة، تضم تفاعلات بين 403 سلالة متنوعة…
-
سلالات متعددة من بروسيلة المالطية تدفع وباء البروسيلات البشرية في مقاطعة شانشي، الصين: دليل من تحليل تسلسل الجينوم الكامل
2024 | المؤلف: Cuihong An وآخرون | المجلة: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تدرس الدراسة الديناميات الوبائية لحمى مالطا البشرية الناتجة عن *Brucella melitensis* في مقاطعة شانشي، الصين، باستخدام التصنيف الحيوي التقليدي وتسلسل الجينوم الكامل للبوليمورفisms أحادية النوكليوتيد (SNPs) لتحليل 189 سلالة. كشفت النتائج أن 189 سلالة تم تصنيفها على أنها *B. melitensis*، مع 14 في البيوفار 1، و145 في البيوفار 3، و30 كمتغيرات، موزعة عبر جميع المدن…
-
تحليل تسلسل الجينوم الكامل لأنواع البروسيلة المعزولة من المجترات في مناطق مختلفة من تركيا
2024 | المؤلف: Songül Ötkün وآخرون | المجلة: BMC Infectious Diseases | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تستكشف هذه الدراسة التنوع الجيني لعزلات بروسلا من مناطق مختلفة في تركيا، مع التركيز على آثارها على الصحة العامة والطب البيطري. تم تحديد 23 عزلة، بما في ذلك 21 من المجترات و2 من البشر، وتم تصنيفها باستخدام طرق الميكروبيولوجيا التقليدية، تلتها تسلسل الجينوم الكامل. أظهر التحليل النشوي القائم على تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) أن…
-
الجينات المقاومة للمضادات الحيوية المشفرة بواسطة البروفيج تزداد في البيئات المتأثرة بالبشر
2024 | المؤلف: Hanpeng Liao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)تبحث الدراسة في التوزيع العالمي لجينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) التي تتوسطها الفاجات، وخاصة فيما يتعلق بتأثيرات البشر عبر موائل متنوعة. من خلال تحليل مجموعة بيانات شاملة تضم 38,605 جينوم بكتيري، و1,432 ميتاجينوم، و1,186 ميتا ترانسكريبتوم من 12 بيئة متنوعة، تكشف الدراسة عن زيادة كبيرة في وفرة وتنوع ونشاط جينات ARGs المشفرة بواسطة الفاجات في…
-
تحليل تسلسل الجينوم الكامل لبكتيريا بروسيلا من البشر والحيوانات الأليفة والحياة البرية في جنوب أفريقيا
2024 | المؤلف: Koketso Desiree Mazwi وآخرون | المجلة: The Journal of Microbiology | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تبحث هذه الدراسة في التركيب الجينومي السكاني لبكتيريا Brucella spp.، وبشكل خاص Brucella abortus وB. melitensis، في جنوب أفريقيا، حيث تشكل البروسيلوز مخاطر صحية كبيرة على البشر والحيوانات الأليفة والحياة البرية. قامت الدراسة بتسلسل الجينومات الكاملة لـ 19 عينة استرجاعية وحللتها باستخدام هوية النوكليوتيد المتوسطة (ANI) والبانجينوميات وطرق تعدد الأشكال النوكليوتيدية الفردية للجينوم الكامل (wgSNP).…
-
استراتيجيات الإيكولوجيا التطورية لتخفيف قيود الكربون تحت ضغط الملح تختلف عبر الفصائل الميكروبية
2024 | المؤلف: Yang Dong وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)يستعرض قسم “الطرق” الإجراءات التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. يوضح اختيار المشاركين، وتصميم التجارب، والتقنيات الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات. استخدمت الدراسة تنسيق تجربة عشوائية محكومة لضمان موثوقية النتائج، مع تخصيص المشاركين إما لمجموعة العلاج أو مجموعة التحكم. شملت جمع البيانات قياسات ومعايير موحدة لتقييم المتغيرات ذات الصلة، مما يضمن الاتساق والدقة. تم إجراء التحليل باستخدام…
-
الميتاجينوميات المحللة جينومياً: تغيير قواعد اللعبة في طب الميكروبيوم
2024 | المؤلف: Nayeon Kim وآخرون | المجلة: Experimental & Molecular Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول القسم ظهور طب الميكروبيوم، وهو مجال جديد في البحث البيولوجي الطبي يركز على فهم دور البكتيريا المتعايشة في الأمراض البشرية. يهدف هذا المجال من الدراسة إلى استخدام الميكروبات البشرية ومستقلباتها في الوقاية من الأمراض وعلاجها. تاريخياً، اعتمدت الأبحاث بشكل أساسي على تسلسل 16S amplicon، والذي، على الرغم من كونه أساسياً لعلم الأنساب البكتيري، إلا…