الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تكوين البروتين
-
المسار التكويني للببتيد الاندماجي لفيروس HIV-1 أثناء فتح الغلاف المحفز بواسطة CD4
2025 | المؤلف: Bhishem Thakur وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الفيروسات (Virology)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بالتحقيق في إمكانية الوصول إلى الببتيد المدمج (FP) لارتباط الأجسام المضادة بعد التغيرات الشكلية التي يسببها CD4 في بروتين Env. باستخدام الجسم المضاد المستهدف لـ FP VRC34.01، لاحظوا انخفاضًا في الارتباط بعد تحفيز CD4، والذي تفاقم بوجود الجسم المضاد المقلد لمستقبل 17b. أظهرت تجارب التحكم أنه بدون CD4 أو 17b،…
-
GōMartini 3: من التغيرات الشكلية الكبيرة في البروتينات إلى تصحيحات التحيز البيئي
2025 | المؤلف: Paulo C. T. Souza وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في النمذجة ذات الحبيبات الخشنة، مع التركيز بشكل خاص على نموذج GōMartini المحسن، الذي يدمج تنفيذ المواقع الافتراضية لنموذج Gō مع إطار عمل Martini 3. يهدف هذا النموذج إلى تحسين الكفاءة الحسابية مع تمثيل ديناميات البروتين بدقة عبر سياقات بيولوجية متنوعة. يبرز البحث الاختبارات الواسعة التي أجرتها المجتمع…
-
Martini3-IDP: تحسين مجال القوة Martini 3 للبروتينات غير النظامية
2025 | المؤلف: Liguo Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الخلوي (Cell Biology)تناقش ورقة البحث أهمية البروتينات متعددة المجالات (MDPs) في الخلايا حقيقية النواة، والتي تشكل حوالي 50% من البروتينات الخلوية. تظهر MDPs تنوعًا فريدًا بسبب مزيجها من المناطق غير المنظمة بشكل جوهري (IDRs) والمجالات المنظمة، مما يسهل كل من التعرف الجزيئي المرن والتفاعلات المحددة. يتم تسليط الضوء على التفاعل بين IDRs والمجالات المطوية، مع أمثلة توضح…
-
هياكل مستقبلات T-cell ونماذج التنبؤ تكشف عن تنوع هيكلي مماثل لسلسلة ألفا وبيتا على الرغم من تعقيدها الجيني المختلف
2025 | المؤلف: Nele P. Quast وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم المناعة (Immunology)تناقش هذه القسم الاستخدام غير الكافي لهياكل مستقبلات الخلايا التائية (TCR) في اكتشاف الأدوية في مراحلها المبكرة والتحديات المرتبطة بتوقع هيكل TCR. باستخدام مجموعة بيانات شاملة من هياكل TCR المحلولة من Immunocore، يقوم المؤلفون بتقييم المنهجيات الحالية لتوقع هياكل TCR وتحديد مناطق معينة لا تزال صعبة النمذجة. ومن الجدير بالذكر أنهم وجدوا أن المنطقة المحددة…
-
تغير فعالية الربط مجموعة التكوين لمستقبل نووي بين حالات نشطة نسخياً وكابحة
2025 | المؤلف: Brian S. MacTavish وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تعتبر المستقبلات النووية (NRs) عوامل نسخ تقوم بتعديل التعبير الجيني استجابةً لارتباط الليغاند، حيث تنتقل بين حالات نشطة وكابحة. تركز هذه الدراسة على مستقبل البيروكسيسوم المنشط لمستقبلات الجاما (PPARγ) وتقدم سلسلة من الليغاندات التي تمتد من العكسية (الكبح) إلى الفعالية (التفعيل). من الجدير بالذكر أن التعديلات الهيكلية الطفيفة في هذه المركبات يمكن أن تغير نشاطها…
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
مسح شامل لوظائف التقييم لنماذج ربط البروتين
2025 | المؤلف: Azam Shirali وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يبرز المؤلفون أهمية وظائف التقييم في ربط البروتينات، وهو أمر أساسي لفهم تفاعلات البروتين. يؤكدون على أن فعالية أدوات الربط تعتمد بشكل كبير على القدرة على التمييز بدقة بين المجمعات المرتبطة الأصلية وغير الأصلية. على الرغم من اقتراح العديد من وظائف التقييم المبتكرة، لا تزال طريقة تقييم فعالة عالمياً بعيدة المنال. يقترح…
-
DPFunc: التنبؤ بدقة بوظيفة البروتين عبر التعلم العميق مع معلومات الهيكل الموجهة بالمجال
2025 | المؤلف: Wenkang Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم نظرة عامة على نهج جديد قائم على التعلم العميق، DPFunc، مصمم لتوقع وظائف البروتينات مع معالجة قضايا القابلية للتفسير الموجودة في الطرق الحسابية الحالية. تكمن أهمية التنبؤ بدقة بوظائف البروتينات في إمكانيته لتعزيز فهمنا للآليات البيولوجية والمساعدة في علاج الأمراض المعقدة. يستفيد DPFunc من معلومات الهيكل الموجهة من المجال لتحديد المناطق الحرجة…
-
استكشاف حالات الانتقال لتغيرات الشكل البروتيني عبر الكشف عن التوزيع الخارجي في الفضاء الكامن الكروي
2025 | المؤلف: Bojun Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)إن تحديد الحالات الانتقالية أمر أساسي لفهم التغيرات الشكلية للبروتينات التي تعتبر محورية في عمليات بيولوجية متنوعة. نماذج حالة ماركوف (MSMs)، المستمدة من محاكاة الديناميات الجزيئية (MD)، تلتقط هذه الديناميات بفعالية من خلال تحديد الانتقالات بين الحالات الشكلية شبه المستقرة. ومع ذلك، تواجه MSMs صعوبة في تحديد حالات الانتقال، حيث تصنف أشكال MD إلى حالات…
-
نموذج خشن لبروتينات غير مرتبة ومتعددة المجالات
2024 | المؤلف: Fan Cao وآخرون | المجلة: Protein Science | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التحديات المرتبطة بتوصيف التجمعات الشكلية للبروتينات متعددة المجالات بسبب تعقيدها وديناميكياتها. يقدمون نموذجًا خشنًا يعزز من كفاءة ودقة محاكاة هذه البروتينات في المحلول. تسلط الدراسة الضوء على أهمية موضع مواقع التفاعل داخل المجالات المطوية، كاشفة أن وضع هذه المواقع في مواقع ذرات Cα يؤدي إلى تفاعلات مفرطة بين المجالات. بالمقابل،…