الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي
-
إعادة تعريف الجينات المتغيرة العالية بواسطة انحدار LOESS المحسن مع نسبة إيجابية
2025 | المؤلف: Yue Xie وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التحديات التي تطرحها الأبعاد العالية والندرة في بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية، مع التأكيد على أهمية اختيار الميزات لتقليل الأبعاد وتحسين القابلية للتفسير. يقدمون خوارزمية جديدة لاختيار الميزات تستخدم الانحدار السلس المحلي المقدر المحسن (LOESS) لنمذجة العلاقة بين مستويات التعبير الجيني المتوسطة والنسب الإيجابية بشكل فعال، مع تقليل خطر الإفراط…
-
العلاقات بين نشاط الدماغ، والمواد الأيضية المعتمدة على التريبتوفان، وأعراض التوحد
2025 | المؤلف: Lisa Aziz‐Zadeh وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تستكشف هذه الدراسة العلاقة بين مستقلبات الميكروبات المعوية والتغيرات الدماغية المرتبطة باضطراب طيف التوحد (ASD). في تصميم مقطعي، تم تحليل مستقلبات البراز، وإجراء تصوير الرنين المغناطيسي الوظيفي (fMRI) القائم على المهام، وإجراء تقييمات سلوكية على 43 طفلًا مصابًا بالتوحد و41 طفلًا عاديًا (NT)، تتراوح أعمارهم بين 8-17. ركزت مهام التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي على النماذج…
-
النمذجة الرياضية للسل باستخدام المشتق الكسري كابوتو: تحليل مقارن مع بيانات حقيقية
2025 | المؤلف: Sanjay Bhatter وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: النمذجة والمحاكاة (Modeling and Simulation)تقدم هذه الدراسة نموذجًا وبائيًا لمرض السل (TB) في الصين، باستخدام مشتق كابوتو من الرتبة الكسرية لأخذ تأثيرات الذاكرة في ديناميات انتقال المرض في الاعتبار. يتم التحقق من صحة النموذج بدقة، مما يضمن خصائص مثل عدم السلبية، والحدود، والوجود، والتفرد للحلول. يكشف تقدير المعلمات عن رتبة كسرية مثالية تبلغ حوالي $\phi = 0.93$، مما يشير…
-
تحديد إنزيمات RING E3 الزائفة في عائلة بروتينات TRIM
2025 | المؤلف: Jane Dudley-Fraser وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)تُعرف بروتينات عائلة TRIpartite Motif (TRIM) بوظائفها الخلوية المتنوعة، والتي تُعزى بشكل أساسي إلى نشاطها كليز E3 يوبكويتين الذي يسهل بواسطة مجال RING. ومع ذلك، تشير النتائج الحديثة إلى أن بعض بروتينات TRIM لا تظهر أي نشاط يوبكويتين قابل للاكتشاف على الرغم من امتلاكها لمجال RING. تستخدم هذه الدراسة تحليلات متوازية في الخلايا، وفي المختبر،…
-
علم النسخ الزمني المكاني يكشف عن تنظيم الجينات الرئيسية لعائد الحبوب وجودتها في القمح
2025 | المؤلف: Xiaohui Li وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علوم النبات (Plant Science)تقدم هذه الورقة البحثية دراسة عن النسخ الجزيئي المكاني تركز على المراحل المبكرة من تطوير حبة القمح، تحديدًا من 4 إلى 12 يومًا بعد التلقيح. يصنف المؤلفون الحبة إلى عشرة أنواع خلايا متميزة ويحددون 192 جينًا علامة مرتبطة بهذه الأنواع. من خلال تحليل شبكة التعبير الجيني الموزون (WGCNA)، يكشفون أن الجينات ذات مستويات التعبير العالية…
-
PTM-Mamba: نموذج لغة بروتين مدرك للتعديلات ما بعد الترجمة مع كتل Mamba ذات البوابات ثنائية الاتجاه
2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على PTM-Mamba، وهو نموذج لغة بروتين جديد (LM) مصمم لدمج التعديلات ما بعد الترجمة (PTMs) في ترميز خصائص البروتين. تعتبر PTMs، مثل الفسفرة واليوبيكويتين، حاسمة لتعزيز تنوع البروتينات ولها تأثير كبير على هيكل البروتين ووظيفته وتفاعلاته. يدمج نموذج PTM-Mamba رموز PTM من خلال كتل Mamba ثنائية الاتجاه ويستخدم آلية بوابة لدمجها…
-
الميزات السريرية والمناعية المشتركة للقاحات mRNA: نتائج أولية من دراسة سريرية مقارنة
2025 | المؤلف: Carlos Fierro وآخرون | المجلة: Frontiers in Immunology | المجال: علم المناعة (Immunology)في هذه التجربة السريرية المستمرة من المرحلة 1 المفتوحة، تم تقييم ردود الفعل المناعية والآثار الجانبية لأربعة لقاحات mRNA—mRNA-1273.222 (ثنائي التكافؤ COVID-19)، mRNA-1345 (RSV)، mRNA-1010 (الإنفلونزا)، وFLUAD (مقارنة الإنفلونزا النشطة)—في البالغين الأصحاء الذين تتراوح أعمارهم بين 18-75 عامًا. تلقى المشاركون إما جرعة واحدة من اللقاحات المذكورة أعلاه أو جرعتين إلى ثلاث جرعات من mRNA-1647 (CMV).…
-
تفاعلات عوامل النسخ الموجهة بواسطة الحمض النووي توسع الشيفرة التنظيمية للجينات البشرية
2025 | المؤلف: Zhiyuan Xie وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في ال، يبرز البحث أن مجموعة صغيرة فقط من عوامل النسخ البشرية (TFs) تمتلك مجالات تنشيط نسخي قوية، حيث أن 16 فقط من عوامل النسخ المختبرة تظهر هذه الخاصية. ومن الجدير بالذكر أن العديد من هذه العوامل، مثل TCF4 و ATOH1، تتفاعل مع عوامل نسخ أخرى، مما يشير إلى أن عوامل النسخ التي تفتقر إلى…
-
التحليل الميتاجينومي لعينات البشر والحيوانات والبيئة يكشف عن مسببات الأمراض الناشئة المحتملة، ويحدد جينات مقاومة المضادات الحيوية، ويكشف عن ديناميات نقل الجينات الأفقي
2025 | المؤلف: Rajindra Napit وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث ورقة البحث في انتشار وانتقال مقاومة المضادات الحيوية (AMR) في مستوطنة مؤقتة في كاتماندو، نيبال، مع التأكيد على ضرورة اتباع نهج الصحة الواحدة الذي يدمج صحة الإنسان والحيوان والبيئة. باستخدام الميتاجينوميات الشاملة، قامت الدراسة بتحليل عينات براز بشرية وطيور، بالإضافة إلى عينات بيئية، كاشفة عن شبكة معقدة من البكتيريا المسببة للأمراض، وعوامل الضراوة (VFs)،…
-
تصفية الخلايا ذات المحتوى الميتوكوندري العالي تستنفد تجمعات الخلايا الخبيثة المتغيرة الأيضية القابلة للحياة في دراسات الخلايا المفردة للسرطان
2025 | المؤلف: Josephine Yates وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث ورقة البحث في تداعيات ممارسات التصفية في تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) للخلايا الخبيثة، مع التركيز بشكل خاص على نسبة عدد RNA الميتوكوندريا (pctMT). قد تستبعد عتبات التصفية التقليدية، التي تم تحديدها من دراسات على الأنسجة الصحية، عن غير قصد الخلايا الخبيثة التي تظهر نسبة أعلى من pctMT الأساسية بسبب خصائصها البيولوجية الفطرية. من…