الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: معلوماتية حيوية
-
التحديات في التقاط الميكروبيوم الفطري من بيانات الميتاجينوم الشامل: نقص البرمجيات وقواعد البيانات
2025 | المؤلف: Ekaterina Avershina وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحالة الحالية لأدوات المعلوماتية الحيوية لتوصيف الميكروبيوم الفطري، وهو المكون الفطري للميكروبيوم المعوي، باستخدام بيانات ميتاجينومية محاكاة. قام المؤلفون بتقييم سبعة أدوات لتعيين التصنيف التسلسلي للفطريات، باستثناء أداة واحدة قديمة تتطلب تعديلات كبيرة. قاموا بإنشاء 18 مجتمعًا وهميًا بتنوع في غنى الأنواع ووفرتها، تضم ما يصل إلى 165 نوعًا من الفطريات من شُعبتي…
-
دكتور بايو رايت 2.0: دردشة آلية مدعومة بنموذج لغوي كبير لتحليل البروتيوميات الوظيفية للسرطان على نطاق واسع
2025 | المؤلف: Wei Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تستعرض هذه الفقرة التقدم في البروتيوميات الوظيفية التي تهدف إلى تعزيز فهمنا لآليات السرطان وتسهيل تحديد العلامات الحيوية والأهداف العلاجية الجديدة. أنشأ المؤلفون موردًا شاملاً يستخدم مصفوفات البروتين العكسية (RPPAs)، والتي تدمج البيانات من حوالي 8,000 عينة من المرضى من أطلس جينوم السرطان (TCGA) وحوالي 900 عينة من موسوعة خطوط خلايا السرطان (CCLE). تحتوي مجموعة…
-
تعديل البيوكربون ينظم الميتابولوم الجذري والميكروبيوم في منطقة الجذور للقمح
2025 | المؤلف: Hanyue Yang وآخرون | المجلة: Biochar | المجال: علم التربة (Soil Science)تستقصي هذه الدراسة آثار الفحم الحيوي على صحة التربة وإنتاجية النباتات، مع التركيز على منطقة الجذور للقمح كنموذج عضوي. فحصت الأبحاث أربعة أنواع مختلفة من المواد الخام—قش الذرة، روث الماشية، نشارة الصنوبر، وقش القمح—بمعدل تطبيقين. تشير النتائج إلى أن الفحم الحيوي يعدل بشكل كبير من عملية الأيض الجذري، وخاصةً عملية الأيض للأحماض الأمينية، مما يؤدي…
-
تنوع الميكروبيوم الفموي مرتبط بسماكة الطبقة الداخلية للشريان السباتي لدى الرجال في منتصف العمر
2025 | المؤلف: Ramin Akhi وآخرون | المجلة: Communications Medicine | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)تبحث هذه الدراسة في العلاقة بين الميكروبيوم الفموي وسماكة الطبقة الداخلية للكاروتيد (cIMT)، وهو علامة على تصلب الشرايين، خاصة في مجموعة من الذكور. باستخدام بيانات من مجموعة ولادة شمال فنلندا لعام 1966، والتي شملت 869 مشاركًا بمتوسط عمر 46 عامًا، استخدمت الدراسة تسلسل جين 16S rRNA عالي الإنتاجية لتحليل الميكروبيوم الفموي جنبًا إلى جنب مع…
-
تعدد أشكال CYP2D6 وتركيز الإندوكسيفين في المرضى الصينيين المصابين بسرطان الثدي
2025 | المؤلف: Cong Xue وآخرون | المجلة: BMC Cancer | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تدرس هذه الدراسة الاستباقية تأثير تعدد أشكال الجينات CYP2D6 على تركيزات البلازما من الإندوكسيفين في مرضى سرطان الثدي الصينيين الذين يخضعون لعلاج التاموكسيفين. أجريت الدراسة من أغسطس 2015 إلى يونيو 2018، وشملت 110 مرضى، حيث تم تقييم الأليلات المتغيرة لـ CYP2D6 من خلال تسلسل سانجر وقياس مستويات الإندوكسيفين باستخدام كروماتوغرافيا السائل عالية الأداء مع قياس…
-
VITAP: أداة عالية الدقة لتصنيف الفيروسات DNA وRNA بناءً على بيانات ميتا-أوميكية
2025 | المؤلف: Kaiyang Zheng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)تقدم هذه القسم خط أنابيب تصنيف الفيروسات (VITAP)، وهو أداة جديدة مصممة لتعزيز تصنيف تسلسلات الفيروسات من الحمض النووي والحمض النووي الريبي. يدمج VITAP طرق قائمة على المحاذاة مع نظرية الرسوم البيانية لتحقيق دقة عالية في التصنيف الضريبي، مقدماً مستويات ثقة لكل وحدة تصنيفية. يقوم بتحديث قاعدة بياناته تلقائياً بما يتماشى مع اللجنة الدولية لتصنيف…
-
عدم توازن الأمعاء ينقل الضغط النفسي لتنشيط مسار LRP5/β-catenin مما يعزز خصائص الخلايا الجذعية السرطانية
2025 | المؤلف: Cui Bai وآخرون | المجلة: Signal Transduction and Targeted Therapy | المجال: طب الأطفال وحديثي الولادة وصحة الطفل (Pediatrics, Perinatology and Child Health)تبحث هذه الدراسة في العلاقة بين الضغط النفسي، ميكروبيوتا الأمعاء، وتقدم سرطان الثدي. تُظهر الدراسة أن الضغط النفسي يعزز نمو الأورام الثديية وخصائص الخلايا الجذعية السرطانية، حيث تعتمد هذه التأثيرات على وجود ميكروبيوتا الأمعاء في نماذج الفئران الخالية من الجراثيم والمعالجة بالمضادات الحيوية. تشير التحليلات الميتاجينومية والميتابولومية إلى أن الضغط يغير بشكل كبير تركيب ميكروبيوتا…
-
تحليل اليقظة الدوائية للآثار السلبية التناسلية المرتبطة بمثبطات نقاط التفتيش المناعية استنادًا إلى نظام الإبلاغ عن الأحداث السلبية التابع لإدارة الغذاء والدواء
2025 | المؤلف: Bahadır Köylü وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم السموم (Toxicology)تدرس هذه الدراسة الآثار السلبية التناسلية المرتبطة بمثبطات نقاط التفتيش المناعية (ICIs) باستخدام بيانات من نظام الإبلاغ عن الأحداث السلبية التابع لإدارة الغذاء والدواء (FAERS) من 1 يناير 2015 إلى 30 يونيو 2023. من بين 133,512 مريضًا تم علاجهم بمثبطات نقاط التفتيش المناعية، أبلغ 568 (0.43%) عن آثار سلبية تناسلية مرتبطة بمثبطات نقاط التفتيش المناعية…
-
تحديد علامات البروتينات في البلازما التي تكمن وراء المخاطر المتعددة الجينات لمرض السكري من النوع 2 والأمراض المصاحبة ذات الصلة
2025 | المؤلف: Douglas P. Loesch وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الوراثة (Genetics)في هذا القسم، يصف المؤلفون نهجهم المنهجي في العشوائية المندلية (MR)، مع تسليط الضوء على قيود استخدام موضع واحد، مما قد يؤدي إلى تحليلات ضعيفة وصعوبات في تقدير التعددية. لمعالجة هذه التحديات، استخدموا طريقة MR-Link-2 جنبًا إلى جنب مع تحليل MR التقليدي. أشارت النتائج إلى درجة عالية من التوافق بين الطريقتين؛ ومع ذلك، نجحت MR-Link-2…
-
تحليل التباين البيولوجي في الاضطراب الاكتئابي الكبير بناءً على الأنماط الفرعية للتصوير العصبي مع بيانات متعددة الأوميات
2025 | المؤلف: Lili Tang وآخرون | المجلة: Translational Psychiatry | المجال: علم الأعصاب الإدراكي (Cognitive Neuroscience)تتناول هذه الدراسة تباين الاضطراب الاكتئابي الكبير (MDD) من خلال تحديد الأنماط الفرعية المستندة إلى التصوير العصبي وخصائصها البيولوجية من خلال تحليل بيانات متعددة الأوميات. تم تحليل ما مجموعه 807 مشاركًا، بما في ذلك 327 فردًا مصابًا بـ MDD و480 من الأصحاء، باستخدام سعة التذبذبات منخفضة التردد (ALFF) من التصوير العصبي الوظيفي. كشفت تقنيات تعلم…