الأبحاث ضمن الموضوع : علم النسخ الجيني أحادي الخلية والمكاني
-
علم النسخ الجزيئي المكاني يكشف عن تباين كبير في سرطان الثدي الثلاثي السلبي مع آثار سريرية محتملة
2024 | المؤلف: Xiaoxiao Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تركز هذه القسم من ورقة البحث على التحقيق في بنية الورم والبيئة الدقيقة في سرطان الثدي الثلاثي السلبي (TNBC) باستخدام النسخ المكانية من مجموعة من 92 مريضًا. تهدف الدراسة إلى سد الفجوة في المعلومات المكانية المتعلقة بتنظيم الورم وتركيب الخلايا، وهو أمر حاسم نظرًا للتنوع الجيني والنسخي المعروف لـ TNBC. من خلال اعتماد نهج تكاملي…
-
GeneCompass: فك شفرة الآليات التنظيمية الجينية العالمية من خلال نموذج أساسي مستند إلى المعرفة عبر الأنواع
2024 | المؤلف: Xiaodong Yang وآخرون | المجلة: Cell Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على تطوير GeneCompass، وهو نموذج أساسي عبر الأنواع مصمم لتعزيز فهمنا لآليات تنظيم الجينات من خلال دمج البيانات من أكثر من 120 مليون ترانسكريبتوم أحادي الخلية من البشر والفئران. غالبًا ما تركز طرق البحث التقليدية على الكائنات الحية النموذجية الفردية، مما يحد من الرؤى حول الآليات التنظيمية العالمية. ومع ذلك، فإن التقدم…
-
مقارنة منهجية لطرق النسخ الجيني المكاني المعتمدة على التسلسل
2024 | المؤلف: Yue You وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يقوم المؤلفون بتقييم منهجيات النسخ الجيني المكاني (sST) بشكل منهجي، مع التركيز على استراتيجيات الفهرسة المكانية المختلفة، بما في ذلك الميكروأري، والتقنيات المعتمدة على الكريات، وتقنيات بولوني/نانوبول، والميكروفلويديك. تستخدم الدراسة أنسجة مرجعية محددة جيدًا: دماغ الفأر البالغ، جنين الفأر E12.5، وبصلة الشم في الفأر البالغ، والتي تظهر خصائص مورفولوجية مميزة وملفات تعبير…
-
الخلايا الليفية المرتبطة بالسرطان POSTN+ تحدد فعالية العلاج المناعي في سرطان الكبد
2024 | المؤلف: Hao Wang وآخرون | المجلة: Journal for ImmunoTherapy of Cancer | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس هذه الدراسة آليات مقاومة العلاج المناعي في سرطان الكبد (HCC) من خلال التركيز على مجموعات الألياف المرتبطة بالسرطان (CAF) وتفاعلاتها داخل بيئة الورم الدقيقة (TME). باستخدام أطلس شامل لـ HCC مستمد من تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) لـ 220 عينة، استخدم الباحثون علم النسخ الجزيئي المكاني والتألق المناعي المتعدد لتحديد مجموعات CAF المحددة التي…
-
فك رموز المجالات المكانية من الميكروبيوم المكاني متعدد الأبعاد باستخدام SpatialGlue
2024 | المؤلف: Yahui Long وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، قام المؤلفون بتقييم SpatialGlue مقابل عدة طرق منافسة باستخدام بيانات متعددة الأومكس المكانية التي تم الحصول عليها تجريبيًا والمحاكاة مع تسميات الحقيقة المعروفة. استخدمت التقييمات مقاييس إشرافية مثل التجانس، المعلومات المتبادلة، المعلومات المتبادلة المعدلة (AMI)، المعلومات المتبادلة العادية (NMI)، ومؤشر راند المعدل (ARI). تضمنت مجموعات البيانات المحاكاة وضعيتين قدمتا رؤى فريدة ومتكاملة…
-
تقدم في النسخ الجيني المكاني وتطبيقاته في أبحاث السرطان
2024 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Molecular Cancer | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على أهمية الأورام الخبيثة، مع تسليط الضوء على المراضة والوفيات المرتبطة بها، ويؤكد على تعقيد حدوثها وتطورها. لقد عزز ظهور تقنيات التسلسل، وخاصة النسخ الجزيئي المكاني، فهمنا للآليات الجينية والجزيئية التي تكمن وراء الأورام. يسمح النسخ الجزيئي المكاني بتحديد كمية التعبير الجيني ضمن السياق المكاني للأنسجة، مما يوفر رؤى حول…
-
تحليل النسخ الجيني على مستوى الخلية الواحدة والمكاني لسرطان الرئة غير صغير الخلايا
2024 | المؤلف: Marco De Zuani وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يظل سرطان الرئة تحديًا صحيًا عالميًا كبيرًا، حيث إنه ثاني أكثر أنواع السرطان تشخيصًا وأهم سبب للوفيات المرتبطة بالسرطان. تبحث هذه الدراسة في بيئة الورم الدقيقة، مع التركيز بشكل خاص على الخلايا النخاعية، من خلال تحليل حوالي 900,000 خلية من 25 مريضًا لم يتلقوا علاجًا سابقًا مصابين بالأدينوكارسينوما وسرطان الخلايا الحرشفية باستخدام تقنيات النسخ الجيني…
-
أطلس خلايا متعدد الوسائط لشيخوخة العضلات الهيكلية البشرية
2024 | المؤلف: Yiwei Lai وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، مع دمج التحليلات الإحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية خاضعة للرقابة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شملت جمع البيانات استخدام أدوات…
-
استنتاج الشبكات التنظيمية للجينات من بيانات المولتيوم أحادي الخلية باستخدام بيانات خارجية على نطاق الأطلس
2024 | المؤلف: Qiuyue Yuan وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول القسم المعنون “نظرة عامة” المنهجيات والآثار المترتبة على استنتاج وظائف الجينات من خلال الأساليب الحسابية. ويبرز أهمية دمج مصادر البيانات البيولوجية المختلفة، مثل تسلسلات الجينوم، وملفات التعبير، وتفاعلات البروتين، لتعزيز دقة توقعات وظائف الجينات. يؤكد البحث على دور خوارزميات التعلم الآلي في معالجة هذه المجموعات المعقدة من البيانات، مما يسمح بتحديد وظائف الجينات التي…
-
رسم الخرائط المعتمد على تسلسل القراءة الطويلة للخلايا المفردة يكشف عن أنماط تقليم متخصصة في دماغ الفأر والإنسان النامي والبالغ
2024 | المؤلف: Anoushka Joglekar وآخرون | المجلة: Nature Neuroscience | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش قسم ورقة البحث الدور الهام لنظائر RNA في تحديد هوية الخلايا ووظيفتها داخل الدماغ، مع تسليط الضوء على غياب خريطة شاملة للنظائر قبل هذه الدراسة. أجرى المؤلفون تحليلًا لنظائر RNA على مستوى الخلية الواحدة عبر مناطق الدماغ المختلفة، وأنواع الخلايا الفرعية، والمراحل التنموية، والأنواع. وجدوا أنه بالنسبة لـ 72% من الجينات، يختلف تعبير النظائر…