DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkag469
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42261686
تاريخ النشر: 2026-05-02
المؤلف: The Galaxy Community وآخرون
الموضوع الرئيسي: الحوسبة العلمية وإدارة البيانات
نظرة عامة
تعتبر منصة جالاكسي، التي دخلت الآن عقدها الثالث، مصدرًا عالميًا يمكن الوصول إليه وموجهًا من قبل المجتمع لتحليل البيانات القابل للتكرار والتعاوني. مع قاعدة مستخدمين تتجاوز 650,000 وخوادم عامة رئيسية تدير حوالي 2 مليون وظيفة تحليل شهريًا من حوالي 20,000 مستخدم، شهدت جالاكسي تحديثات كبيرة لتعزيز قابلية الاستخدام وقابلية التوسع. تشمل التحديثات الرئيسية واجهة تاريخ معاد تصميمها، وتحسين اكتشاف الأدوات، وعرض مركزي لمجموعات البيانات، وإطار جديد للتصور.
تسمح تحسينات تحرير سير العمل الآن بميزات متقدمة مثل البحث، وإمكانيات التراجع/الإعادة، ووجهات نظر جديدة لرسم الاستدعاء. تم تحسين إدارة البيانات أيضًا من خلال التعامل الذكي مع أوراق العينات، ودعم مجموعات موسعة، وإعادة تصميم واجهات مصادر الملفات، وإدخال تخزين “مؤقت”. بالإضافة إلى ذلك، تم تمكين المستودعات المعرفة من قبل المستخدمين مثل Google Drive وDropbox وZenodo بشكل افتراضي. هذه التقدمات، إلى جانب نمو شبكة تدريب جالاكسي، تضع جالاكسي كمنظومة قوية ومعتمدة على نطاق واسع جاهزة للذكاء الاصطناعي للعلوم المفتوحة.
مقدمة
تسلط المقدمة الضوء على التعقيد المتزايد وحجم الأبحاث المعتمدة على البيانات عبر مجالات علمية متنوعة، بما في ذلك العلوم الطبية الحيوية والبيئية. وتؤكد على التحديات التي تطرحها التقنيات عالية الإنتاجية ومجموعات البيانات الكبيرة، لا سيما من حيث الوصول، والقابلية للتكرار، والشفافية. منذ إنشائها في عام 2005، ظهرت جالاكسي كحل لهذه التحديات من خلال تقديم منصة مفتوحة تعتمد على الويب لإجراء تحليلات حسابية معقدة.
تشمل منظومة جالاكسي إطارًا برمجيًا مرنًا، وشبكة من الخوادم العامة والمؤسسية، ومجموعة واسعة من الأدوات المتكاملة – أكثر من 11,000 – عبر مجالات متنوعة مثل الجينوميات، والبروتيوميات، والبيئة. حاليًا، تدعم خوادم جالاكسي الرئيسية أكثر من 650,000 مستخدم مسجل، مع حوالي 20,000 مستخدم نشط شهريًا ينفذون حوالي 2 مليون وظيفة. ركزت التحديثات الأخيرة على تحسين تجربة المستخدم، ودعم سير العمل للمبادرات البحثية العالمية، وتحسين قدرات إدارة البيانات، مع تحديث 2026 المقرر لتحديث واجهة المستخدم وتوسيع الوظائف بشكل أكبر.
مناقشة
ت outlines قسم المناقشة في ورقة البحث التحسينات الكبيرة التي تم إجراؤها على منصة جالاكسي على مدار العامين الماضيين، مع التركيز على تجربة المستخدم، وإدارة سير العمل، والتعامل مع البيانات، والمشاركة المجتمعية. لقد أدى التحول المعماري الكبير إلى تطبيق صفحة واحدة إلى تحسين التنقل والاستجابة، بينما يركز شريط النشاط المعاد تصميمه الوصول إلى الميزات الأساسية. تم تحسين اكتشاف الأدوات من خلال التصفح المنظم وعرض البيانات الوصفية المحسن، مما يسهل التنقل عبر مكتبة الأدوات الواسعة. يقدم إدخال عرض موحد لمجموعة البيانات تجميع تفاعلات مجموعة البيانات المختلفة، مما يقلل من التجزئة ويحسن قابلية الاستخدام.
شهدت إدارة سير العمل أيضًا تحديثات كبيرة، مع إدخال مستودع لجنة سير العمل بين المجرات (IWC) وقدرات محسنة لتأليف وتنفيذ سير العمل. تم ترقية محرر سير العمل لدعم تحرير الرسوم البيانية المعقدة، بينما يسمح عرض رسم الاستدعاء الجديد بتصور تنفيذ سير العمل في الوقت الفعلي. بالإضافة إلى ذلك، حسنت المنصة التعامل مع البيانات من خلال عمليات جمع متقدمة ونماذج إدخال منظمة، مثل أوراق العينات الذكية، التي تعزز القابلية للتكرار في التحليلات. لقد عززت المبادرات المدفوعة من المجتمع المشاركة والتدريب، مع مشاركة كبيرة في أحداث مثل أكاديمية تدريب جالاكسي، مما يعزز دور جالاكسي كالبنية التحتية الحيوية للبحث العلمي. تؤكد الاتجاهات المستقبلية على تحسينات مستمرة في واجهة المستخدم، والتشغيل البيني، والاستدامة البيئية في البحث الحسابي.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkag469
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42261686
Publication Date: 2026-05-02
Author(s): The Galaxy Community et al.
Primary Topic: Scientific Computing and Data Management
Overview
The Galaxy platform, now in its third decade, serves as a globally accessible and community-driven resource for reproducible and collaborative data analysis. With a user base exceeding 650,000 and major public servers managing approximately 2 million analysis jobs monthly from around 20,000 users, Galaxy has undergone significant modernization to enhance usability and scalability. Key updates include a redesigned history interface, improved tool discovery, a centralized dataset view, and a new visualization framework.
Enhancements to workflow editing now allow for advanced features such as search, undo/redo capabilities, and new invocation graph views. Data management has also been improved with intelligent sample sheet handling, expanded collection support, redesigned file source interfaces, and the introduction of “scratch” storage. Additionally, user-defined repositories such as Google Drive, Dropbox, and Zenodo are now enabled by default. These advancements, alongside the growth of the Galaxy Training Network, position Galaxy as a robust and widely adopted AI-ready ecosystem for open science.
Introduction
The introduction highlights the growing complexity and scale of data-intensive research across various scientific fields, including biomedical and environmental sciences. It emphasizes the challenges posed by high-throughput technologies and large datasets, particularly in terms of accessibility, reproducibility, and transparency. Since its inception in 2005, Galaxy has emerged as a solution to these challenges by offering an open, web-based platform for conducting complex computational analyses.
The Galaxy ecosystem includes a flexible software framework, a network of public and institutional servers, and a vast array of integrated tools—over 11,000—across diverse domains such as genomics, proteomics, and ecology. Currently, major Galaxy servers support more than 650,000 registered users, with approximately 20,000 active users per month executing around 2 million jobs. Recent updates have focused on enhancing user experience, workflow support for global research initiatives, and improved data management capabilities, with the 2026 update set to modernize the user interface and expand functionality further.
Discussion
The discussion section of the research paper outlines significant enhancements made to the Galaxy platform over the past two years, focusing on user experience, workflow management, data handling, and community engagement. A major architectural shift to a single-page application has improved navigation and responsiveness, while a redesigned Activity Bar centralizes access to essential features. Tool discovery has been refined with structured browsing and enhanced metadata presentation, facilitating easier navigation through the extensive tool library. The introduction of a unified dataset view consolidates various dataset interactions, thereby reducing fragmentation and improving usability.
Workflow management has also seen substantial modernization, with the introduction of the Intergalactic Workflow Commission (IWC) repository and enhanced capabilities for workflow authoring and execution. The Workflow Editor has been upgraded to support complex graph editing, while the new Invocation Graph View allows real-time visualization of workflow execution. Additionally, the platform has improved data handling through advanced collection operations and structured input models, such as Smart Sample Sheets, which enhance reproducibility in analyses. Community-driven initiatives have fostered engagement and training, with significant participation in events like the Galaxy Training Academy, further solidifying Galaxy’s role as a critical infrastructure for scientific research. Future directions emphasize continued improvements in user interface, interoperability, and environmental sustainability in computational research.