الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: اكتشاف الأدوية
-
الهندسة المتسارعة للإنزيمات بواسطة التعبير الخالي من الخلايا الموجه بتعلم الآلة
2025 | المؤلف: Grant M. Landwehr وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم ورقة البحث منصة جديدة موجهة بواسطة التعلم الآلي (ML) تهدف إلى التغلب على قيود هندسة الإنزيم التقليدية، خاصة في توليد مجموعات بيانات واسعة من علاقات التسلسل-الوظيفة للتصميم التنبؤي. تدمج هذه المنصة تجميع الحمض النووي الخالي من الخلايا، والتعبير الجيني الخالي من الخلايا، والاختبارات الوظيفية لرسم خرائط فعالة لمشاهد اللياقة عبر مساحة تسلسل البروتين، مما…
-
تحديد موقع ارتباط لمثبطات الجزيئات الصغيرة المستهدفة للبروتين TRPM4 البشري
2025 | المؤلف: Babatunde Ekundayo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)تبحث الدراسة في آليات ارتباط بروتين TRPM4، وهو قناة كاتيون أحادي القيمة تنشط بواسطة الكالسيوم، ويُعتقد أنها مرتبطة بمختلف الاضطرابات الجينية والقلبية الوعائية. تستخدم الدراسة المجهر الإلكتروني بالتبريد (cryo-EM) لتوضيح ثلاث هياكل لبروتين TRPM4 البشري الكامل: غير المرتبط، المرتبط بالمثبط القوي NBA (مشتق من حمض الأنثرانيل)، والمرتبط بمشتق آخر، IBA. تكشف النتائج أن كل من…
-
DeepDrug كمنهجية لإعادة استخدام الأدوية مدفوعة بالذكاء الاصطناعي وموجهة من قبل الخبراء لاختيار مجموعة الأدوية الرائدة لمرض الزهايمر
2025 | المؤلف: Victor O. K. Li وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم القسم طريقة جديدة لإعادة استخدام الأدوية مدفوعة بالذكاء الاصطناعي تُسمى DeepDrug، تهدف إلى تحديد تركيبات الأدوية الفعالة لعلاج مرض الزهايمر (AD). على الرغم من ظهور المناعية الأميلويدية، لا يزال هناك حاجة ماسة لعلاجات فعالة لمرض الزهايمر. تعزز DeepDrug منهجيات إعادة استخدام الأدوية التقليدية من خلال دمج المعرفة الخبيرة لتوسيع نطاق الأهداف المرشحة، والتي تشمل…
-
تحديد التفاعلات الخاصة بالبروتيوفورم لاستهداف الأدوية في بيئة الإشارات الخلوية الأصلية
2025 | المؤلف: Corinne A. Lutomski وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، بحث المؤلفون في الإطلاق المنضبط للبروتينات من الحويصلات الدهنية باستخدام الفوتونات تحت الحمراء داخل مطياف الكتلة. لقد لاحظوا طيف الكتلة المميز عند قوى إخراج ليزر مختلفة، مع ثلاثة توزيعات بروتينية سائدة عند القدرة المنخفضة (~2.4 واط) وظهور توزيع حالة شحنة جديدة عند القدرة الأعلى (~4.8 واط). تشير هذه القمة الأخيرة، التي تم…
-
اكتشاف الأدوية وتوقع الآلية باستخدام الشبكات العصبية البيانية القابلة للتفسير
2025 | المؤلف: Conghao Wang وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تقدم البحث إطار عمل XGDP (توقع استجابة الأدوية القائم على الرسوم البيانية القابلة للتفسير)، الذي يعزز توقع استجابة الأدوية مع توضيح آليات العمل بين الأدوية وأهدافها. تركز الطرق التقليدية بشكل أساسي على التنبؤ بدقة بمستويات استجابة الأدوية ولكنها غالبًا ما تتجاهل آليات التفاعل الأساسية. يستخدم XGDP الرسوم البيانية الجزيئية لتمثيل الأدوية، مع الحفاظ على المعلومات…
-
نموذج الذكاء الاصطناعي AlphaFold لعلم الأحياء الجزيئي واكتشاف الأدوية: تحقيق معلوماتي مدفوع بالتعلم الآلي
2024 | المؤلف: Song‐Bin Guo وآخرون | المجلة: Molecular Cancer | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)لقد حول نموذج AlphaFold بشكل كبير البحث البيولوجي؛ ومع ذلك، فإن الكمية الهائلة من البيانات غير المهيكلة في هذا المجال تتطلب مزيدًا من التحليل لفهم مشهد البحث بشكل شامل وإبلاغ الاستفسارات المستقبلية. تستخدم هذه التحليل العلمي أساليب المعلومات المدفوعة بالتعلم الآلي لتحديد مجموعات البحث الرئيسية، وتتبع الاتجاهات الناشئة، وتسليط الضوء على المجالات غير المستكشفة. تشير…
-
منصة فحص افتراضية معززة بالذكاء الاصطناعي لاكتشاف الأدوية
2024 | المؤلف: Guangfeng Zhou وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم القسم نظرة عامة على طريقة جديدة تعتمد على الهيكل لفحص المركبات الافتراضية، RosettaVS، التي تم تطويرها لتعزيز دقة التنبؤ بوضعيات الربط وقوى الارتباط في اكتشاف الأدوية المبكر. تعالج هذه الطريقة قيود الأساليب الحالية من خلال نمذجة مرونة المستقبل بشكل فعال، مما يساهم في أدائها المتفوق على معايير مختلفة. يقدم المؤلفون منصة مفتوحة المصدر تستفيد…
-
التصميم الحسابي لنظائر البروتينات الغشائية القابلة للذوبان والوظيفية
2024 | المؤلف: Casper A. Goverde وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نهجًا حسابيًا جديدًا يستخدم التعلم العميق، وبالتحديد AF2 seq-MPNN، لتصميم طيات البروتين المعقدة بكفاءة، بما في ذلك التسلسلات غير الطبيعية. يتميز هذا الإطار بمرونته وقابليته للتعميم، مما يلغي الحاجة إلى إعادة تدريب محددة للطيات أو قيود تصميم معقدة. نجح المؤلفون في هندسة عدة طيات بروتين صعبة، محققين معدلات نجاح تجريبية عالية للتصاميم القابلة…
-
تحسين بايزي مغلق الحلقة المتسلسل كدليل لاكتشاف تركيبات المحفزات الضوئية المعدنية العضوية
2024 | المؤلف: Xiaobo Li وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: الكيمياء العضوية (Organic Chemistry)في هذه الدراسة، تم استخدام استراتيجية تحسين بايزي التجريبية (BO)، بالاشتراك مع موصوفات جزيئية، لتحديد محفزات ضوئية عضوية واعدة (OPCs) من مكتبة افتراضية تضم 560 جزيئًا مرشحًا. استكشفت عملية البحث الأولية في BO مجموعة فرعية محدودة من الفضاء الكيميائي، حيث تم تقييم 55 من أصل 560 OPCs، بينما قامت عملية التحسين اللاحقة بتقييم 107 من…
-
اكتشاف المضادات الحيوية المدعوم بالتعلم العميق من خلال إزالة الانقراض الجزيئي
2024 | المؤلف: Fang Wan وآخرون | المجلة: Nature Biomedical Engineering | المجال: الكيمياء الحيوية السريرية (Clinical Biochemistry)يتناول قسم ورقة البحث النهج المبتكر لإعادة إحياء الجزيئات المنقرضة، والذي يهدف إلى إحياء الجزيئات المنقرضة لمعالجة القضايا المعاصرة مثل مقاومة المضادات الحيوية. باستخدام التعلم العميق، قام المؤلفون بتدريب مجموعات من النماذج لتحليل البروتيومات للكائنات المنقرضة، مما أسفر عن تحديد 37,176 تسلسل ببتيد له نشاط مضاد للميكروبات واسع الطيف، منها 11,035 كانت جديدة وغير موجودة…