الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الميتاجينوميات
-
الروابط بين الميكروبيوم والمواد الأيضية تدفع ديناميات غازات الدفيئة عبر تدرج ذوبان التربة المتجمدة
2024 | المؤلف: Viviana Freire-Zapata وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علوم الغلاف الجوي (Atmospheric Science)يقدم القسم خريطة حرارية توضح مستويات التعبير، المقاسة في النسخ لكل مليون (TPM)، للجينومات المجمعة من الميتاجينوم (MAGs) المرتبطة بشبكات الميكروبات والمواد الأيضية عبر ثلاثة موائل متميزة: بالسا، مستنقع، وفين. تم تنظيم الخريطة الحرارية في فئات وظيفية، كل منها تشمل وظائف متنوعة تتعلق بالـ MAGs ضمن الموائل المعنية. تساعد هذه التصويرية في فهم التنوع الوظيفي…
-
فك شفرة دور الميكروبات في منطقة الجذور في تعديل مقاومة الأمراض في أصناف الكرنب
2024 | المؤلف: Xingxing Ping وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: علوم النبات (Plant Science)تبحث الدراسة في تأثير الفطر الموجود في التربة Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans (Foc) على مجتمعات الميكروبات في منطقة الجذور لنوعين من الكرنب: YR (المقاوم) و ZG (المعرض). باستخدام تقنية الأملقون ميتاباركوودينغ، وجدت الدراسة اختلافات كبيرة في مؤشرات تنوع الفطريات ألفا وبيتا بين النوعين، حيث أظهر النوع المقاوم YR تحولًا أكثر وضوحًا في التنوع بعد…
-
تنوع ميكروبي غير مستكشف من 2500 ميتاجينوم غذائي وروابط مع الميكروبيوم البشري
2024 | المؤلف: Niccolò Carlino وآخرون | المجلة: Cell | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم الدراسة مورد بيانات الميتاجينوم الغذائي المنسق (cFMD)، الذي يدمج 1,950 ميتاجينوم غذائي تم تسلسله حديثًا و583 ميتاجينوم غذائي متاح للجمهور، مما يؤدي إلى مجموعة بيانات شاملة تضم 10,899 جينوم تم تجميعه من الميتاجينوم. تشمل هذه المجموعة 1,036 نوعًا من الجينومات بدائية النواة و108 نوعًا من الجينومات حقيقية النواة، بما في ذلك 320 نوعًا لم…
-
مجموعة متعددة الممالك من 33,804 جينوم مرجعي للميكروبيوم المهبلي البشري
2024 | المؤلف: Liansha Huang وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، متضمنة تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. شملت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شمل جمع البيانات تدابير نوعية وكمية، مما يضمن فهمًا…
-
أطلس عالمي لفيروسات التربة يكشف عن تنوع بيولوجي غير مستكشف وتأثيرات جيوكيميائية محتملة
2024 | المؤلف: Emily Graham وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم البيئة (Ecology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على أطلس الفيروسات التربة العالمي، وهو مجموعة بيانات هامة مشتقة من 2,953 ميتاجينوم للتربة، والتي تشمل 616,935 جينوم فيروس غير مزروع و38,508 وحدات تصنيف تشغيلي فيروسية فريدة (OTUs). تسلط هذه الدراسة الضوء على الدور الحاسم لفيروسات التربة في الدورات البيوجيوكيميائية العالمية، على الرغم من إهمالها التاريخي في علم البيئة الميكروبية.…
-
التسميد العضوي يختار بشكل مشترك جينات مقاومة المضادات الحيوية والمعادن (اللويد) المرتبطة جينياً في الميكروبيوم التربة العالمي
2024 | المؤلف: Ziteng Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التلوث (Pollution)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التعايش بين جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) وجينات مقاومة المعادن (MRGs) في النظم البيئية الزراعية المخصبة بالمواد العضوية. يكشف تحليل 511 ميتاجينوم للتربة الزراعية العالمية أن التخصيب العضوي مرتبط بزيادة ثلاثة أضعاف في تنوع الكتل الحاملة لجينات ARG-MRG (AMCCs)، مع تحديد 63 نوعًا في التربة العضوية مقارنة بـ 22…
-
الفطريات الخاصة بجينوم المضيف تعزز مقاومة الجفاف في القمح
2024 | المؤلف: Hong Yue وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: علوم النبات (Plant Science)تبحث الدراسة في دور الميكروبيومات في منطقة الجذور في تعزيز مقاومة الجفاف في القمح، مع التركيز على الفروق بين الأصناف المقاومة للجفاف (يونهان 618) والحساسة للجفاف (ربيع صيني). باستخدام تسلسل الأمبليكون وتحديد الميتاجينوم، تكشف الدراسة أن توقيع النبات المضيف يؤثر بشكل كبير على تجميع وملفات الوظائف للميكروبيومات في التربة، خاصة في الفطريات الموجودة في منطقة…
-
بصمة ميكروبية معوية لحجب نقاط التفتيش المناعية المركبة عبر أنواع السرطان
2024 | المؤلف: Ashray Gunjur وآخرون | المجلة: Nature Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في العقد الماضي، شهد مجال المناعة والعلاج المناعي تقدمًا كبيرًا، ويرجع ذلك أساسًا إلى الاعتماد الواسع على علاجات حجب نقاط التفتيش المناعية (ICB). تستهدف هذه العوامل بشكل محدد بروتين اللمفاويات التائية السامة 4 (CTLA-4) وبروتين موت الخلايا المبرمج 1 (PD-1)، بالإضافة إلى ligand الخاص به، ligand موت الخلايا المبرمج 1 (PD-L1). ومن الجدير بالذكر أن…
-
استكشاف وجود البكتيريا الفموية في مواقع غير فموية لدى مرضى الأمراض القلبية الوعائية باستخدام بيانات الميتاجينوم الكاملة
2024 | المؤلف: Aditi Chopra وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)تبحث هذه الدراسة في العلاقة بين البكتيريا الفموية وأمراض القلب والأوعية الدموية (CVDs) من خلال تحليل الملفات الميكروبية من مواقع مختلفة في الجسم، بما في ذلك الأمعاء، لويحات الشرايين، والدم المزروع، في مرضى يعانون من CVDs. كشفت التصنيفات الضريبية عن 17,243 نوعًا ميكروبيًا، تم التعرف على 410 منها على أنها “فموية” من قاعدة بيانات الميكروبيوم…
-
تحسين توقعات بنية البروتينات الأحادية والمعقدة باستخدام DeepMSA2 مع بيانات الميتاجينوم الضخمة
2024 | المؤلف: Wei Zheng وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تم تقديم خط أنابيب DeepMSA2 كنهج جديد لبناء محاذاة متعددة التسلسلات الموحدة (MSAs) للبروتينات أحادية ومتعددة السلاسل، باستخدام بحث محاذاة تكراري عبر قواعد البيانات الجينومية والميتا جينومية. تشير الاختبارات الشاملة إلى أن MSAs التي تم إنشاؤها بواسطة DeepMSA2 تعزز بشكل كبير دقة توقعات الهيكل الثلاثي والرباعي للبروتين مقارنة بالطرق الحالية المتطورة. ومن الجدير بالذكر أنه…