الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: محاكاة الديناميات الجزيئية
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
استكشاف في السيليكو لمشتقات الزانثون الطبيعية كمثبطات محتملة لتكاثر فيروس كورونا المسبب لمتلازمة التنفس الحاد الشديد 2 (SARS-CoV-2) ودخول الخلايا
2025 | المؤلف: Vincent A. Obakachi وآخرون | المجلة: Journal of Computer-Aided Molecular Design | المجال: علم السموم (Toxicology)لقد أبرزت جائحة COVID-19 ضرورة وجود علاجات مضادة للفيروسات فعالة، خاصة ضد المتغيرات المقاومة للقاحات الناشئة. تستكشف هذه الدراسة مشتقات الزانثون الطبيعية كعوامل مثبطة محتملة لمستقبل ACE2، الذي يسهل دخول SARS-CoV-2 إلى خلايا الإنسان. حدد تحليل حسابي لـ 91 مركب زانثون من *Swertia chirayita* مرشحين، XAN71 و XAN72، اللذان أظهرا تقارب ارتباط متفوق يبلغ -70.97…
-
التوصيف الدوائي الشامل وتحليل الربط الجزيئي للمركبات الطبيعية النشطة بيولوجيًا المستهدفة لمؤشرات الأورام في سرطان الثدي
2025 | المؤلف: Basim Othman وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)تدرس هذه الدراسة إمكانيات أربعة مركبات طبيعية—البربرين، الكركمين، الويذافيرين A، وحمض الإيلاجيك—كعوامل علاجية تستهدف علامات سرطان الثدي الرئيسية: بروتين اللمفومة B-2 (BCL-2)، ligand 1 المبرمج للموت (PDL-1)، كيناز الدورات المعتمدة على السيكلين 4/6 (CDK4/6)، ومستقبل عامل نمو الألياف (FGFR). هذه العلامات الحيوية حاسمة في تقدم الورم، استجابة المناعة، وتنظيم دورة الخلية. تستخدم الأبحاث ملف تعريف…
-
التغيرات الشكلية المنسقة في إنزيمات P450 لإزالة الكربوكسيل تمكّن من إنتاج الهيدروكربونات من المواد الخام المتجددة
2025 | المؤلف: Wesley Cardoso Generoso وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)لقد حظيت إنزيمات الأحماض الدهنية بيروكسيداز باهتمام كعوامل حيوية فعالة في تخليق الهيدروكربونات، لا سيما لقدرتها على تنفيذ انقسام الكربون-الكربون (C-C)، مما ينتج عنه أوليفينات – وهي وسائط أساسية للمواد والوقود المستدامة. تركز هذه الدراسة على الخصائص الهيكلية لإنزيمات P450 ديكربوكسيلاز التي تسهل تحفيز الركائز غير المشبعة، مما يوسع الفهم الآلي لتفاعلات الديكربوكسيلاز. من خلال…
-
فهم ترابط البكتين في جدران خلايا النبات
2025 | المؤلف: Irabonosi Obomighie وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علوم النبات (Plant Science)يتناول هذا القسم من ورقة البحث دور البكتين في جدران خلايا النباتات، مع التركيز على أهميته في تحديد الخصائص الميكانيكية مثل القوة والمسامية. تتناول الدراسة الفجوات الموجودة في فهم الآليات الجزيئية لربط البكتين وتأثيره على خصائص جدران الخلايا. من خلال استخدام نهج متعدد التخصصات يدمج بين محاكاة الديناميات الجزيئية، والأساليب التجريبية، والنمذجة الرياضية، يتحدى المؤلفون…
-
دراسة متعمقة لمشتقات الإندولون كعلاج محتمل لسرطان الرئة
2025 | المؤلف: Mohammed Er-rajy وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم السموم (Toxicology)تبحث الدراسة في الإمكانيات المضادة للسرطان لمشتقات الإندولون، مع التركيز بشكل خاص على خصائصها وتفاعلاتها مع مستقبل PDK1، وهو هدف في علاج سرطان الرئة. باستخدام طرق الحوسبة، تم اختيار أربعة مشتقات إندولون بناءً على ملفاتها الدوائية الواعدة، والتي تم تأكيدها من خلال تحليل ADMET الذي يشير إلى خصائص مشابهة للأدوية. أظهرت دراسات الربط الجزيئي تفاعلات…
-
هل يمكننا تطوير مجال قوى مثالي للـ RNA؟ الدروس المستفادة من محاكاة حلقة UUCG RNA وأنظمة أخرى
2025 | المؤلف: Vojtěch Mlýnský وآخرون | المجلة: Journal of Chemical Theory and Computation | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يقيم المؤلفون أداء مجالات القوة المختلفة (ff) لمحاكاة الديناميات الجزيئية (MD) لـ RNA، مع التركيز بشكل خاص على نظام مرجعي UUCG tetraloop (TL). تشير نتائجهم إلى أن معظم مجالات القوة المضافة الزوجية والقابلة للاستقطاب المستخدمة على نطاق واسع تفشل في الحفاظ على الشكل الأصلي لـ RNA، بل تفضل هياكل حلقية بديلة. ومع…
-
عدم استقرار الحمض النووي غير المتوقع بواسطة الملح أحادي التكافؤ عند تركيزات عالية بسبب الشحن الزائد
2025 | المؤلف: Chen Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الكيمياء الفيزيائية والنظرية (Physical and Theoretical Chemistry)قسم “النتائج” في ورقة البحث يقدم النتائج المستمدة من التجارب أو التحليلات التي تم إجراؤها. يوضح نتائج الدراسة، مع تسليط الضوء على النقاط البيانية الرئيسية، والأهمية الإحصائية، وأي اتجاهات أو أنماط تم ملاحظتها. عادةً ما تكون النتائج مصحوبة بأرقام أو جداول أو رسوم بيانية ذات صلة تمثل البيانات بصريًا، مما يسهل فهم النتائج بشكل أوضح.…
-
استكشاف حالات الانتقال لتغيرات الشكل البروتيني عبر الكشف عن التوزيع الخارجي في الفضاء الكامن الكروي
2025 | المؤلف: Bojun Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)إن تحديد الحالات الانتقالية أمر أساسي لفهم التغيرات الشكلية للبروتينات التي تعتبر محورية في عمليات بيولوجية متنوعة. نماذج حالة ماركوف (MSMs)، المستمدة من محاكاة الديناميات الجزيئية (MD)، تلتقط هذه الديناميات بفعالية من خلال تحديد الانتقالات بين الحالات الشكلية شبه المستقرة. ومع ذلك، تواجه MSMs صعوبة في تحديد حالات الانتقال، حيث تصنف أشكال MD إلى حالات…
-
تعديل البيئة الدقيقة يكسر القيود الداخلية لدرجة الحموضة للنانوزيمات لتعزيز أنشطتها
2024 | المؤلف: Tong Li وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تناقش هذه الفقرة تطوير استراتيجية جديدة لتعزيز أداء المواد النانوية الوظيفية المعروفة باسم النانو زيمات، التي تحاكي أنشطة الإنزيمات. أحد التحديات الكبيرة في التطبيق العملي للنانو زيمات هو التباين بين مستويات pH التشغيلية والمثلى. يقترح المؤلفون طريقة لتعديل pH البيئة الدقيقة للنانو زيمات الإطار المعدني العضوي (MOF) من خلال حصر الأحماض المتعددة أو القواعد المتعددة…