الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: محاكاة الديناميات الجزيئية
-
التفاعلات المحددة بين مشتقات الفيتامين D3 المفلورة ومستقبل الفيتامين D: ميكانيكا جزيئية وحسابات مدارية جزيئية من البداية
2026 | المؤلف: Masayuki Yuguchi وآخرون | المجلة: Journal of Molecular Modeling | المجال: علم الأمراض والطب الشرعي (Pathology and Forensic Medicine)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بالتحقيق في التفاعلات بين مشتقات فيتامين D3 (VD3) المفلورة المختلفة ومستقبل فيتامين D (VDR) لفهم affinities الربط المعززة التي لوحظت في بعض المشتقات. باستخدام ميكانيكا الجزيئات (MM) وحسابات الجزيئات الفرعية الأولية (FMO)، ركزت الأبحاث على الديستيرومرات لمشتقات VD3 بناءً على مراكزها الاستيريو C3 و C13. كشفت النتائج أن طاقات الربط…
-
الأساس الهيكلي لتكوين الغشاء الخارجي بواسطة ناقل TamAB
2026 | المؤلف: Biao Yang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الوراثة (Genetics)تناقش الورقة التفاعلات بين بروتينات TamA و TamB، مع التركيز بشكل خاص على دور مجالات POTRA في TamA في الارتباط بـ TamB. تحدد الدراسة ثلاثة واجهات تفاعل متميزة: الأول يتضمن روابط هيدروجينية وجسور ملحية بين بقايا محددة في مجال POTRA 1 لـ TamA ومجموعة متنوعة من البقايا في TamB؛ الثاني يتضمن تفاعلات بين البقايا في…
-
استهداف المنظمات الجينية: اكتشاف حاسوبي لمثبطات طبيعية ضد إنزيم إزالة الميثيل من الهيستون KDM4C
2026 | المؤلف: Mukesh Kumar وآخرون | المجلة: PLoS ONE | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على دور KDM4C، وهو ديميثيلاز الهيستون، كمنظم إبيجينيتيكي مهم في أنواع مختلفة من السرطان، بما في ذلك سرطان الثدي، وسرطان البروستاتا، وسرطان القولون والمستقيم، وسرطان الكبد. تستخدم الدراسة نهج اكتشاف الأدوية القائم على الهيكل لتحديد مثبطات بوليفينولية طبيعية لـ KDM4C، مستفيدة من الفحص الافتراضي عالي الإنتاجية، والتوصيل الجزيئي، ومحاكاة الديناميات الجزيئية (MD)،…
-
فك تشفير مجموعات البنية الهيكلية للـ RNA: استكشاف المناظر الطاقية للـ TAR Stemloop
2026 | المؤلف: Konstantin Röder | المجلة: Journal of Chemical Theory and Computation | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التحديات والتقدم في دراسة مجموعات RNA الهيكلية، والتي تعتبر ضرورية لفهم الآليات الخلوية وتطوير التدخلات العلاجية. يبرز المؤلفون الصعوبات الكامنة بسبب تعدد أشكال RNA الهيكلية وطبيعته الديناميكية، مما يتطلب مزيجًا من الطرق الحاسوبية والتجريبية. يقدمون نهجًا جديدًا باستخدام استكشافات المناظر الطاقية عبر أخذ عينات من المسارات المنفصلة، مما يوضح…
-
إنشاء أدوية الأورام المعتمدة من إدارة الغذاء والدواء كمثبط لـ GPR176 من خلال نمذجة التماثل، والربط الجزيئي، وMMGBSA، وDFT، ومحاكاة الديناميكا الجزيئية
2026 | المؤلف: Felix Oluwasegun Ishabiyi وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)بروتين GPR176، وهو بروتين غشائي خلوي مرتبط بمختلف الأمراض البشرية، وخاصة السرطانات، تم تحديده كعامل مهم في تكوين الأورام بسبب زيادة تعبيره. تبحث هذه الدراسة في إمكانية إعادة استخدام الأدوية المعتمدة من إدارة الغذاء والدواء الأمريكية كمثبطات لـ GPR176، مستفيدة من أدوات المعلوماتية الحيوية الهيكلية لتقييم فعاليتها. من خلال نمذجة التشابه لتحديد الهيكل ثلاثي الأبعاد…
-
اكتشاف مثبطات صغيرة قائمة على الثياديازول لتفاعل سبايك SARS-CoV-2-ACE2 من خلال التنبؤ الحاسوبي المتكامل والتحقق التجريبي
2026 | المؤلف: Zakkia Gul وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الأمراض المعدية (Infectious Diseases)في هذه الدراسة، تم تحديد خمسة جزيئات صغيرة مشتقة من هياكل 1،3،4-ثياديازول كمثبطات محتملة لتفاعل بروتين السنبلة SARS-CoV-2 مع مستقبل ACE2 البشري، وهي خطوة حاسمة لدخول الفيروس. كشفت الفحص الافتراضي القائم على الهيكل والتحقق التجريبي أن جميع المركبات ترتبط داخل مجال ارتباط المستقبل لبروتين السنبلة، مما يعطل فعليًا ارتباط ACE2. أظهرت محاكاة الديناميات الجزيئية ارتباطًا…
-
تصميم موجه بالهيكل لمتغير جديد ومستقر وقابل للذوبان من Cecropin A للتطبيقات العلاجية المضادة للميكروبات
2025 | المؤلف: Samaneh Hashemi وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)تركز البحث على هندسة Cecropin A، وهو ببتيد مضاد للميكروبات، للتغلب على قيوده في الاستقرار، القابلية للذوبان، والتوافر البيولوجي. النسخة المهندسة، المشار إليها باسم Pep A، تتضمن ببتيد استهداف (MTP) في الطرف N، وتسلسل EAK16-II الذي يتجمع ذاتيًا في الطرف C، ووصل EAAAK صلب. أدت هذه التعديلات إلى تحسين الخصائص الفيزيائية والكيميائية، بما في ذلك…
-
تقييم الديناميكا الدوائية، السمية، والتفاعل الجزيئي للمواد الفينولية المستخلصة من الزنجبيل لتثبيط البروتياز الرئيسي لفيروس SARS-CoV-2
2025 | المؤلف: Mehdi Yoosefian وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تدرس هذه الدراسة الإمكانيات المضادة للفيروسات للمركبات الفينولية المستمدة من الزنجبيل (Zingiber officinale)، وتحديداً الزنجبيلول، بارادول، وشوجول، ضد البروتياز الرئيسي (Mpro) لفيروس SARS-CoV-2، وهو إنزيم رئيسي في تكاثر الفيروس. باستخدام نهج حسابي متعدد المستويات، استخدمت الأبحاث نظرية الكثافة الوظيفية (DFT) لتقييم الخصائص الكيميائية لهذه المركبات، مما كشف عن شوجول كأكثرها تفاعلاً مع أقل صلابة كيميائية…
-
دور الميكروبلاستيك كناقلات للملوثات المضادة للبكتيريا من خلال نهج المحاكاة الجزيئية
2025 | المؤلف: Sedigheh Abdollahi وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: التلوث (Pollution)تدرس هذه الدراسة آليات الامتزاز لثلاثة مضادات حيوية—سيبروفلوكساسين، أموكسيسيلين، وتتراسيكلين—على الميكروبلاستيك غير القابل للتحلل، وبالتحديد بولي بروبيلين (PP) وبولي ستيرين (PS)، باستخدام محاكاة الديناميات الجزيئية (MD). تسلط الأبحاث الضوء على أن شيخوخة الميكروبلاستيك، التي تم محاكاتها من خلال إدخال مجموعات وظيفية مؤكسدة ومحبة للماء، تعزز بشكل كبير كفاءة الامتزاز لهذه المضادات الحيوية. على سبيل المثال،…
-
التنقل في مشاهد البروتين باستخدام نموذج خشن قابل للنقل تم تعلمه بواسطة الآلة
2025 | المؤلف: Nicholas E. Charron وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بتطوير مجموعة بيانات تتضمن محاكاة للمذيبات الصريحة لجميع الذرات لـ 50 مجالًا من CATH، والتي تمثل بروتينات صغيرة ذات هياكل مطوية متنوعة، إلى جانب حوالي 1,200 ثنائي من أحادي وثنائي الببتيدات. قاموا بتسجيل القوى الفورية المؤثرة على ذرات البروتين وأجروا تجميعًا أساسيًا للقوى على تمثيل هيكل عظمي خشن (CG) للبروتينات.…
