الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: محاكاة الديناميات الجزيئية
-
هيكل الكربون السائل موضح بواسطة حيود الأشعة السينية في الموقع
2025 | المؤلف: D. Kraus وآخرون | المجلة: Nature | المجال: الجيوفيزياء (Geophysics)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة في تجارب ضغط الصدمة المدفوعة بالليزر لتحديد الضغط في عينات الكربون. باستخدام نبضات مضاعفة التردد من ليزر DiPOLE 100-X، بطول موجي يبلغ 515 نانومتر وقطر بقعة ملساء يبلغ حوالي 250 ميكرومتر، تعرضت العينات لضغط الصدمة. تضمنت الإعدادات التجريبية حيود الأشعة السينية (XRD) المسجلة بواسطة كواشف لوحة مسطحة Varex…
-
GōMartini 3: من التغيرات الشكلية الكبيرة في البروتينات إلى تصحيحات التحيز البيئي
2025 | المؤلف: Paulo C. T. Souza وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في النمذجة ذات الحبيبات الخشنة، مع التركيز بشكل خاص على نموذج GōMartini المحسن، الذي يدمج تنفيذ المواقع الافتراضية لنموذج Gō مع إطار عمل Martini 3. يهدف هذا النموذج إلى تحسين الكفاءة الحسابية مع تمثيل ديناميات البروتين بدقة عبر سياقات بيولوجية متنوعة. يبرز البحث الاختبارات الواسعة التي أجرتها المجتمع…
-
رؤى جزيئية حول مثبطات الأغشية الحيوية لإنزيمات الغلوكوزيل ترانسفيراز من ستربتوكوكوس موتانس من خلال أساليب الحوسبة
2025 | المؤلف: Lubna Atta وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)تركز هذه الفقرة من البحث على دور *Streptococcus mutans* وناقلات الجلوكوز (GTFs) في تطور تسوس الأسنان، وهو مرض مزمن شائع. تؤكد الدراسة على إمكانية استهداف GTFs لمنع تشكيل الأغشية الحيوية، وهو أمر حاسم لمرضية هذه البكتيريا. باستخدام طرق حسابية مثل نظرية الكثافة الوظيفية، والربط الجزيئي، ومحاكاة الديناميات الجزيئية، قام المؤلفون بالتحقيق في تفاعلات الربط لمثبطات…
-
Martini3-IDP: تحسين مجال القوة Martini 3 للبروتينات غير النظامية
2025 | المؤلف: Liguo Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الخلوي (Cell Biology)تناقش ورقة البحث أهمية البروتينات متعددة المجالات (MDPs) في الخلايا حقيقية النواة، والتي تشكل حوالي 50% من البروتينات الخلوية. تظهر MDPs تنوعًا فريدًا بسبب مزيجها من المناطق غير المنظمة بشكل جوهري (IDRs) والمجالات المنظمة، مما يسهل كل من التعرف الجزيئي المرن والتفاعلات المحددة. يتم تسليط الضوء على التفاعل بين IDRs والمجالات المطوية، مع أمثلة توضح…
-
تخليق ودراسات في المختبر وفي السليكو لمشتقات الثيوسمكاربازون المستندة إلى 7-فلوروكومون ك inhibitors لإنزيم α-غلوكوزيداز
2025 | المؤلف: Faiqa Noreen وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الكيمياء العضوية (Organic Chemistry)تبحث هذه الدراسة في سلسلة من مشتقات الثيوسيماكاربازون المستندة إلى الكرومون (3a-t) من حيث قدرتها كمثبطات لإنزيم α-glucosidase، وهو هدف علاجي لإدارة مرض السكري من النوع الثاني (T2DM). أظهرت المركبات المصنعة قيم IC50 تتراوح من 6.40 ± 0.15 ميكرومتر إلى 62.81 ± 0.79 ميكرومتر، حيث أظهر المركب 3k أعلى قوة مثبطة عند 6.40 ± 0.15…
-
فك الآلية الجزيئية لإنزيمات البولي سكاريد لتفكيك الألجينات بكفاءة
2025 | المؤلف: José Pablo Rivas-Fernández وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: العلوم المائية (Aquatic Science)قسم “طرق” يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث نفذوا تجارب محكومة لجمع البيانات حول المتغيرات المحددة. تم إجراء التحليلات الإحصائية باستخدام أدوات البرمجيات لضمان موثوقية وصلاحية النتائج، مع تحديد مستويات الدلالة عند p < 0.05. شملت جمع البيانات طريقة أخذ عينات منهجية، مما يضمن عينة تمثيلية من السكان…
-
الترميز الجيني والتعبير عن الهيكليات السيتوسكلية من RNA الأورغامي في الخلايا الاصطناعية
2025 | المؤلف: Mai P. Tran وآخرون | المجلة: Nature Nanotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يقدم المؤلفون إطارًا مفاهيميًا لبناء خلايا اصطناعية باستخدام طي RNA داخل حويصلات دهنية. على عكس طي DNA، يسمح الترميز الجيني لـ RNA لهذه الخلايا الاصطناعية بإنتاج وحداتها البنائية بشكل مستقل من خلال عمليات نشطة وغير متوازنة. يختلف هذا النهج عن الطرق التقليدية التي تقتصر فقط على احتواء هياكل DNA. إن دمج الوظائف،…
-
تحديد في السيليكو لمركبات جديدة تستهدف بروتين FKBP5 البشري المرتبط بالتوتر في الاضطرابات النفسية
2025 | المؤلف: Ovinuchi Ejiohuo وآخرون | المجلة: PLoS ONE | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث الدراسة في تفاعلات مختلف الروابط مع بروتين FK506 المرتبط بـ 51 (FKBP51 أو FKBP5)، وهو منظم رئيسي للتوتر مرتبط بالاضطرابات النفسية. تستخدم الدراسة تقنية الربط الجزيئي لتقييم الروابط مثل الراباميسين، التاكروليموس، والكركم، حيث تم تحديد الروسوجينين والنيوروسوجينين كأفضل المرشحين بسبب قدرتهم على عبور حاجز الدماغ والدم وإظهار امتصاص معوي عالي. تصنف توقعات السمية هذه…
-
التحليل الحاسوبي للببتيدات المضادة للميكروبات المستهدفة لمستقبلات رئيسية في الأمراض القلبية الوعائية المرتبطة بالعدوى: رؤى من الربط الجزيئي والديناميات
2025 | المؤلف: Doni Dermawan وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)يكشف التحليل الحسابي للببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) التي تستهدف مستقبلات رئيسية مرتبطة بأمراض القلب والأوعية الدموية المرتبطة بالعدوى (CVDs) عن نتائج مهمة تتعلق بقدراتها على الارتباط واستقرارها. أظهرت محاكاة التفاعل الجزيئي والديناميكي أن Tachystatin وThermolysin وPleurocidin وSubtilisin A أظهرت تفاعلات ملائمة مع مستقبلات مثل ACE2 وCRP وMMP9 وNLRP3 وTLR4، متفوقة على المثبط القياسي DX600. ومن…
-
فتح الإمكانيات العلاجية للمركبات النباتية غير المستكشفة كعوامل واقية للكبد من خلال دمج علم الأدوية الشبكي والتحليل الحاسوبي
2025 | المؤلف: Pranali Jadhav وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تسلط هذه الدراسة الضوء على الحاجة الملحة لاستراتيجيات وقائية وعلاجية مبتكرة في أمراض الكبد، التي تمثل أكثر من مليوني وفاة سنويًا. تجمع الدراسة بين تقنيات الحوسبة المتقدمة والمعرفة التقليدية بالأعشاب لتحديد المركبات المحتملة الواقية للكبد. من خلال استخدام علم الأدوية الشبكي لتحديد أهداف البروتين المرتبطة باضطرابات الكبد واختيار المركبات النباتية بناءً على تنوعها الجزيئي، أجرت…