الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تسلسل الحمض النووي
-
استكشاف الميكروبيوم المهبلي: من الطرق التقليدية إلى تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي – مراجعة منهجية
2025 | المؤلف: Siying Liu وآخرون | المجلة: Frontiers in Microbiology | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)تؤكد الورقة البحثية على الدور الحاسم للميكروبيوم المهبلي في صحة المرأة وخصوبتها، مع تسليط الضوء على التقدم في طرق الكشف، وخاصة تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي (mNGS). تستكشف هذه الدراسة تطبيق mNGS لتحليل الميكروبات المهبلية، مقارنةً مع تقنيات الكشف الأخرى مع مناقشة نقاط القوة والقيود الخاصة بها. تحدد العوامل التي تؤثر على جودة البيانات، مثل إجراءات…
-
تسلسل طويل القراءة مع تحديد الجينوم يوسع التنوع الميكروبي المعروف عبر المواطن الأرضية
2025 | المؤلف: Mantas Sereika وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على التقدمات الكبيرة التي جعلها تسلسل الحمض النووي طويل القراءة وعالي الإنتاجية ممكنة في استعادة الجينومات الميكروبية من عينات بيئية معقدة. من خلال تسلسل نانوبور العميق وطويل القراءة لـ 154 عينة من التربة والرواسب من مشروع Microflora Danica، نجح المؤلفون في تحديد جينومات من 15,314 نوعًا ميكروبيًا لم يتم وصفه سابقًا. استخدمت…
-
تقييم القوة التمثيلية لنماذج اللغة المعتمدة على الحمض النووي المدربة مسبقًا في علم الجينوم التنظيمي
2025 | المؤلف: Ziqi Tang وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم ظهور نماذج اللغة الجينومية (gLMs) طريقة جديدة وغير خاضعة للإشراف لتعلم الأنماط التنظيمية الجينية في الجينوم غير المشفر، متجاوزًا الحاجة إلى تسميات النشاط الوظيفي من البيانات التجريبية. على الرغم من الدراسات السابقة التي تشير إلى أن نماذج gLM المدربة مسبقًا يمكن أن تعزز الأداء التنبؤي في علم الجينوم التنظيمي، فإن هذا البحث يقيم قدرتها…
-
التحديات في التقاط الميكروبيوم الفطري من بيانات الميتاجينوم الشامل: نقص البرمجيات وقواعد البيانات
2025 | المؤلف: Ekaterina Avershina وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحالة الحالية لأدوات المعلوماتية الحيوية لتوصيف الميكروبيوم الفطري، وهو المكون الفطري للميكروبيوم المعوي، باستخدام بيانات ميتاجينومية محاكاة. قام المؤلفون بتقييم سبعة أدوات لتعيين التصنيف التسلسلي للفطريات، باستثناء أداة واحدة قديمة تتطلب تعديلات كبيرة. قاموا بإنشاء 18 مجتمعًا وهميًا بتنوع في غنى الأنواع ووفرتها، تضم ما يصل إلى 165 نوعًا من الفطريات من شُعبتي…
-
VITAP: أداة عالية الدقة لتصنيف الفيروسات DNA وRNA بناءً على بيانات ميتا-أوميكية
2025 | المؤلف: Kaiyang Zheng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)تقدم هذه القسم خط أنابيب تصنيف الفيروسات (VITAP)، وهو أداة جديدة مصممة لتعزيز تصنيف تسلسلات الفيروسات من الحمض النووي والحمض النووي الريبي. يدمج VITAP طرق قائمة على المحاذاة مع نظرية الرسوم البيانية لتحقيق دقة عالية في التصنيف الضريبي، مقدماً مستويات ثقة لكل وحدة تصنيفية. يقوم بتحديث قاعدة بياناته تلقائياً بما يتماشى مع اللجنة الدولية لتصنيف…
-
الخصائص السريرية وتوقع شدة المرض في عدوى الكلاميديا psittaci بناءً على تسلسل الجينوم التالي
2025 | المؤلف: Mingzhu Huang وآخرون | المجلة: Infection and Drug Resistance | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)تدرس الدراسة التهاب رئة الطيور، وهو عدوى حيوانية المنشأ تسببها *Chlamydia psittaci*، مع التركيز على مظاهره السريرية وتوقع شدته. أجريت في مقاطعة تشجيانغ، الصين، من يناير 2021 إلى أبريل 2024، حيث قامت البحث بتحليل بيانات من 110 مرضى تم تشخيصهم، وكشفت عن متوسط عمر يبلغ 62 عامًا. كانت الأمراض المصاحبة الأكثر شيوعًا تشمل ارتفاع ضغط…
-
متغيرات تسلسل النوكليوتيدات، تعبير الجينات وبروفايل المصل للعلامات المناعية ومضادات الأكسدة المرتبطة بمقاومة/قابلية الإصابة بالبروسيلا في ماعز الشامي
2025 | المؤلف: Ahmed A. El‐Sayed وآخرون | المجلة: Irish Veterinary Journal | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تدرس هذه الدراسة التغيرات الجينية والجزيئية في ماعز الشامي المعرض للإصابة ببكتيريا البروسيلا، وهو مرض حيواني مهم يؤثر على إنتاج الحيوانات. تم جمع عينات دم من خمسين ماعز شامي ناضج، تتكون من 30 فردًا مصابًا و20 فردًا غير مصاب. ركزت الأبحاث على تسلسل جينات معينة مرتبطة بالمناعة، بما في ذلك SLC11A1 وTLR1 وTLR9 وSP110 وADORA3…
-
تحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا متعدد الوسائط للكشف عن إشارات سرطان محددة
2025 | المؤلف: Dimitris Vavoulis وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)في هذا القسم، يوضح المؤلفون الطرق المستخدمة للتحقق من صحة خط أنابيبهم لتمييز عينات البلازما السرطانية وغير السرطانية. قاموا بتوليد بيانات في السليكو من خلال محاكاة عينات البلازما مع نسب متغيرة من الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA)، باستخدام عينات بلازما فعلية كقوالب. بالنسبة لعينات غير السرطان، تم نمذجة إشارة التغطية الإجمالية للذراع الكروموسومي \( k…
-
vSNP: خط أنابيب SNP لتوليد مصفوفات SNP الشفافة وأشجار النشوء والتطور من مجموعات بيانات تسلسل الجينوم الكامل
2024 | المؤلف: Jessica Hicks وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تعتبر أنبوب vSNP أداة متخصصة تم تطويرها على مدار العقد الماضي لمعالجة التحديات الفريدة التي تواجهها المختبرات التشخيصية أثناء التحقيقات في تفشي الأمراض. تسهل تسلسل الجينوم الكامل بسرعة وتضمن التحقق من دقة التسلسل والتحقق منها عبر مختلف مسببات الأمراض. ينتج الأنبوب مخرجات سهلة الاستخدام، بما في ذلك مصفوفات SNP والأشجار النشوء والتطور، والتي تم تصميمها…