الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تسلسل الحمض النووي
-
التحديات في التقاط الميكروبيوم الفطري من بيانات الميتاجينوم الشامل: نقص البرمجيات وقواعد البيانات
2025 | المؤلف: Ekaterina Avershina وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحالة الحالية لأدوات المعلوماتية الحيوية لتوصيف الميكروبيوم الفطري، وهو المكون الفطري للميكروبيوم المعوي، باستخدام بيانات ميتاجينومية محاكاة. قام المؤلفون بتقييم سبعة أدوات لتعيين التصنيف التسلسلي للفطريات، باستثناء أداة واحدة قديمة تتطلب تعديلات كبيرة. قاموا بإنشاء 18 مجتمعًا وهميًا بتنوع في غنى الأنواع ووفرتها، تضم ما يصل إلى 165 نوعًا من الفطريات من شُعبتي…
-
VITAP: أداة عالية الدقة لتصنيف الفيروسات DNA وRNA بناءً على بيانات ميتا-أوميكية
2025 | المؤلف: Kaiyang Zheng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)تقدم هذه القسم خط أنابيب تصنيف الفيروسات (VITAP)، وهو أداة جديدة مصممة لتعزيز تصنيف تسلسلات الفيروسات من الحمض النووي والحمض النووي الريبي. يدمج VITAP طرق قائمة على المحاذاة مع نظرية الرسوم البيانية لتحقيق دقة عالية في التصنيف الضريبي، مقدماً مستويات ثقة لكل وحدة تصنيفية. يقوم بتحديث قاعدة بياناته تلقائياً بما يتماشى مع اللجنة الدولية لتصنيف…
-
الخصائص السريرية وتوقع شدة المرض في عدوى الكلاميديا psittaci بناءً على تسلسل الجينوم التالي
2025 | المؤلف: Mingzhu Huang وآخرون | المجلة: Infection and Drug Resistance | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)تدرس الدراسة التهاب رئة الطيور، وهو عدوى حيوانية المنشأ تسببها *Chlamydia psittaci*، مع التركيز على مظاهره السريرية وتوقع شدته. أجريت في مقاطعة تشجيانغ، الصين، من يناير 2021 إلى أبريل 2024، حيث قامت البحث بتحليل بيانات من 110 مرضى تم تشخيصهم، وكشفت عن متوسط عمر يبلغ 62 عامًا. كانت الأمراض المصاحبة الأكثر شيوعًا تشمل ارتفاع ضغط…
-
يمكن أن تؤدي الجينومات البشرية المرجعية غير المكتملة إلى تحيزات جنسية خاطئة وكشف معلومات تعريف المرضى في بيانات الميتاجينوم
2025 | المؤلف: Caitlin Guccione وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)في هذا القسم، قام المؤلفون بتقييم فعالية ثلاث طرق لتصفية المضيف على عينات مختلفة من الكتلة الحيوية الميكروبية، بما في ذلك بيانات الإكسوم البشري وعينات الميتاجينوم من الأنسجة والجلد والبراز. قاموا بتحليل 30 عينة من تسلسل الإكسوم البشري من مورد عينات الجينوم الدولي (IGSR) ووجدوا أن الطريقة 2 كانت الأكثر فعالية، حيث تركت أقل عدد…
-
متغيرات تسلسل النوكليوتيدات، تعبير الجينات وبروفايل المصل للعلامات المناعية ومضادات الأكسدة المرتبطة بمقاومة/قابلية الإصابة بالبروسيلا في ماعز الشامي
2025 | المؤلف: Ahmed A. El‐Sayed وآخرون | المجلة: Irish Veterinary Journal | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تدرس هذه الدراسة التغيرات الجينية والجزيئية في ماعز الشامي المعرض للإصابة ببكتيريا البروسيلا، وهو مرض حيواني مهم يؤثر على إنتاج الحيوانات. تم جمع عينات دم من خمسين ماعز شامي ناضج، تتكون من 30 فردًا مصابًا و20 فردًا غير مصاب. ركزت الأبحاث على تسلسل جينات معينة مرتبطة بالمناعة، بما في ذلك SLC11A1 وTLR1 وTLR9 وSP110 وADORA3…
-
تحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا متعدد الوسائط للكشف عن إشارات سرطان محددة
2025 | المؤلف: Dimitris Vavoulis وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)في هذا القسم، يوضح المؤلفون الطرق المستخدمة للتحقق من صحة خط أنابيبهم لتمييز عينات البلازما السرطانية وغير السرطانية. قاموا بتوليد بيانات في السليكو من خلال محاكاة عينات البلازما مع نسب متغيرة من الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA)، باستخدام عينات بلازما فعلية كقوالب. بالنسبة لعينات غير السرطان، تم نمذجة إشارة التغطية الإجمالية للذراع الكروموسومي \( k…
-
تحليل الميكروبيوم اللعابي بواسطة تقنية أكسفورد نانو بور لتسلسل الجين الكامل 16S rRNA مقابل تسلسل Illumina MiSeq
2024 | المؤلف: Anders Esberg وآخرون | المجلة: npj Biofilms and Microbiomes | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)قسم “الطرق” يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث نفذوا تجارب محكومة لجمع البيانات حول المتغيرات المحددة. تم إجراء التحليلات الإحصائية باستخدام أدوات البرمجيات لضمان قوة النتائج، مع تحديد مستويات الدلالة عند p < 0.05. شملت جمع البيانات طريقة أخذ عينات منهجية، مما يضمن أن حجم العينة كان كافيًا…
-
تطبيق تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي في تشخيص الأمراض المعدية
2024 | المؤلف: Yu Zhao وآخرون | المجلة: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology | المجال: الكيمياء الحيوية السريرية (Clinical Biochemistry)تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي (mNGS) يحدث ثورة في تشخيص الأمراض المعدية من خلال تمكين الكشف غير المتحيز عن وتوصيف الجينومات الميكروبية مباشرة من العينات السريرية. تستعرض هذه المراجعة المبادئ الأساسية، وسير العمل في التسلسل، والمنصات المرتبطة بـ mNGS، مع التأكيد على منهجية التسلسل العشوائي التي تسمح بالتعرف المتزامن على البكتيريا والفيروسات والفطريات والطفيليات دون معرفة…
-
أداء اختبار تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي السريري على مدى سبع سنوات لتشخيص التهابات الجهاز العصبي المركزي
2024 | المؤلف: Patrick Benoit وآخرون | المجلة: Nature Medicine | المجال: علم الأوبئة (Epidemiology)قسم “الطرق” يوضح تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث تم استخدام التحليلات الإحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج المعنية. تم جمع البيانات باستخدام أدوات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية. علاوة على ذلك، شملت التحليلات…
-
تحليل تسلسل الجينوم الكامل لأنواع البروسيلة المعزولة من المجترات في مناطق مختلفة من تركيا
2024 | المؤلف: Songül Ötkün وآخرون | المجلة: BMC Infectious Diseases | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تستكشف هذه الدراسة التنوع الجيني لعزلات بروسلا من مناطق مختلفة في تركيا، مع التركيز على آثارها على الصحة العامة والطب البيطري. تم تحديد 23 عزلة، بما في ذلك 21 من المجترات و2 من البشر، وتم تصنيفها باستخدام طرق الميكروبيولوجيا التقليدية، تلتها تسلسل الجينوم الكامل. أظهر التحليل النشوي القائم على تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) أن…