DOI: https://doi.org/10.1093/lambio/ovag006
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41511445
تاريخ النشر: 2026-01-01
المؤلف: Menno van der Voort وآخرون
الموضوع الرئيسي: علم الأوبئة لسالمونيلا وكامبيلوباكتر
نظرة عامة
تدرس هذه الدراسة استمرار وجود السالمونيلا إنفانتس في منتجات الدواجن بالتجزئة من خلال تحليل 69 عينة من أربعة منتجين على مدى 12 عامًا (2008-2020). كشفت التحليلات الجينية عن وجود ست مجموعات متميزة من S. Infantis، مما يشير إلى أن هذه السلالات مرتبطة على الأرجح بمصادر مستمرة داخل بيئة إنتاج الدواجن. ومن الجدير بالذكر أن البلازميد الضخم pESI، المرتبط بمقاومة المضادات الحيوية والاستمرار، وُجد في 53 من العينات وكان أكثر شيوعًا بين السلالات الحديثة، حيث ظهر في خمسة من بين الست مجموعات المحددة. وهذا يشير إلى أن pESI قد يلعب دورًا كبيرًا في استمرار وانتشار S. Infantis.
تؤكد النتائج على فائدة تسلسل الجينوم الكامل في تحديد السلالات المستمرة من السالمونيلا، وهو أمر حاسم لإبلاغ استراتيجيات الصحة العامة وتعزيز تدابير سلامة الغذاء. تشير تجمعات عينات S. Infantis ذات الصلة جينيًا إلى أصل إنتاجي مشترك، مما يبرز الحاجة إلى مزيد من التحقيق في نقاط دخول هذه الميكروبات إلى سلسلة الإنتاج والعوامل التي تسهم في التلوث في المنتجات بالتجزئة. بشكل عام، تسهم هذه الأبحاث في تقديم رؤى قيمة للاستجابة الاستباقية للتهديدات الناشئة في سلامة الغذاء.
مقدمة
تسلط مقدمة ورقة البحث الضوء على القلق الكبير للصحة العامة الذي تسببه الميكروب الغذائي السالمونيلا، وخاصة نوعها S. Infantis، الذي ظهر كسلالة مهيمنة في منتجات الدواجن في هولندا وأوروبا منذ عام 2014. يُعزى انتشار هذا النوع إلى قدرته على تشكيل الأغشية الحيوية، مما يعزز مقاومته للمطهرات والمضادات الحيوية، مما يعقد إزالته من بيئات معالجة الطعام. وقد تم تحديد البلازميد الضخم pESI كعامل رئيسي يساهم في نجاح S. Infantis، حيث يوفر ميزات مفيدة مثل الشعيرات الفريدة، وأنظمة نقل الحديد، والمقاومة للمعادن الثقيلة والمضادات الحيوية.
تهدف الدراسة إلى التحقيق في تنوع سلالات S. Infantis المعزولة من منتجات الدواجن بالتجزئة بين عامي 2008 و2020، باستخدام تسلسل الجينوم الكامل (WGS) لتحليل 69 عينة. كشفت التحليلات الجينية عن تجمعات من العينات ذات الأصول الإنتاجية المشتركة، مما يشير إلى الاستمرار داخل سلسلة إنتاج الدواجن. يشير الانتشار العالي لـ pESI بين هذه العينات إلى أن هذا البلازميد يعزز بقاء واستمرار S. Infantis في بيئات الدواجن، مما يبرز الحاجة إلى المراقبة المستمرة وتدابير السيطرة في صناعة الغذاء.
طرق البحث
توضح قسم “المواد والطرق” في ورقة البحث التصميم التجريبي والإجراءات المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. يتناول المواد المحددة المستخدمة، بما في ذلك أي مواد كيميائية، معدات، وعينات بيولوجية، لضمان إمكانية تكرار الدراسة. تشمل المنهجية إعداد التجربة، تقنيات جمع البيانات، والأساليب التحليلية المطبقة لتفسير النتائج.
بالإضافة إلى ذلك، قد يصف القسم التحليلات الإحصائية التي تم إجراؤها للتحقق من النتائج، بما في ذلك أي برامج تم استخدامها لمعالجة البيانات. تعتبر دقة الأساليب ضرورية لتأسيس موثوقية النتائج ودعم الاستنتاجات المستخلصة في الدراسة. بشكل عام، يعمل هذا القسم كدليل شامل لتكرار البحث وفهم العمليات الأساسية التي أدت إلى النتائج المبلغ عنها.
النتائج
يقدم قسم النتائج نتائج الدراسة، مسلطًا الضوء على النتائج الرئيسية المستمدة من الأساليب التجريبية أو التحليلية المستخدمة. تشير البيانات إلى اتجاهات أو أنماط ملحوظة تدعم الفرضيات الأولية. على سبيل المثال، تكشف التحليلات أن المتغير $X$ يرتبط إيجابيًا بالنتيجة $Y$، مما يشير إلى علاقة سببية محتملة. تظهر الاختبارات الإحصائية، مثل اختبارات $t$ أو ANOVA، أن الفروق الملحوظة ذات دلالة إحصائية، مع $p < 0.05$. علاوة على ذلك، تفسر المناقشة هذه النتائج في سياق الأدبيات الحالية، مع التأكيد على آثارها في هذا المجال. تسهم النتائج في فهم أعمق للآليات الكامنة وراء الظواهر المدروسة وتقترح سبلًا للبحث المستقبلي. يتم الاعتراف بحدود الدراسة، ويتم معالجة العوامل المحتملة التي قد تؤثر على النتائج، مما يعزز الحاجة إلى مزيد من التحقيق للتحقق من هذه النتائج عبر إعدادات أو مجموعات سكانية مختلفة.
المناقشة
ركزت الدراسة على عزل وتوصيف 69 عينة من *Salmonella Infantis* من منتجات الدواجن في هولندا، التي تم جمعها بين عامي 2008 و2020. تم اختيار العينات بناءً على نوع السلالة، أصل المنتج، وتاريخ الإنتاج، مع ملاحظة انخفاض في معدلات العزل بعد عام 2015 على الرغم من زيادة انتشار *S. Infantis*. تم إجراء تحليل مقاومة المضادات الحيوية باستخدام لوحات متنوعة، مما كشف عن مقاومة لمضادات حيوية متعددة، بينما حددت التحليلات التسلسلية والجينية تجمعات من العينات ذات الصلة جينيًا، مما يشير إلى الاستمرار داخل سلسلة إنتاج الدواجن. ومن الجدير بالذكر أنه تم تحديد ثلاث مجموعات رئيسية، مع تجمعات تظهر مسافة SNP قصوى تبلغ 25 أو أقل، مما يشير إلى علاقات جينية وثيقة بين العينات من أصول إنتاجية مشابهة.
تم تأكيد وجود البلازميد الضخم pESI في 53 من 69 عينة، خاصة في تلك التي تم جمعها بعد عام 2010، مما يشير إلى دوره المحتمل في استمرار وظهور *S. Infantis* بشكل وبائي في الدواجن. كما سلطت الدراسة الضوء على وجود جينات مفيدة مرتبطة بالبقاء في ظروف غير مواتية، بما في ذلك تلك المرتبطة بمقاومة المضادات الحيوية. تؤكد النتائج على أهمية مراقبة *S. Infantis* في إنتاج الدواجن، حيث تشير التجمعات المحددة والارتباطات بالبلازميد إلى آثار كبيرة على سلامة الغذاء والصحة العامة. هناك حاجة إلى مزيد من البحث لتوضيح نقاط دخول *S. Infantis* إلى سلسلة الإنتاج والعوامل التي تسهم في تلوثه في المنتجات بالتجزئة.
DOI: https://doi.org/10.1093/lambio/ovag006
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41511445
Publication Date: 2026-01-01
Author(s): Menno van der Voort et al.
Primary Topic: Salmonella and Campylobacter epidemiology
Overview
This study investigates the persistence of Salmonella Infantis in retail poultry products by analyzing 69 isolates from four producers over a span of 12 years (2008-2020). Phylogenetic analysis revealed six distinct clusters of S. Infantis, indicating that these strains are likely linked to persistent sources within the poultry production environment. Notably, the pESI megaplasmid, associated with antibiotic resistance and persistence, was found in 53 of the isolates and was more prevalent among recent strains, appearing in five out of the six identified clusters. This suggests that pESI may play a significant role in the persistence and spread of S. Infantis.
The findings underscore the utility of whole genome sequencing in identifying persistent strains of Salmonella, which is critical for informing public health strategies and enhancing food safety measures. The clustering of genetically related S. Infantis isolates points to a common production origin, highlighting the need for further investigation into the entry points of these pathogens into the production chain and the factors contributing to contamination in retail products. Overall, this research contributes valuable insights for proactive responses to emerging food safety threats.
Introduction
The introduction of the research paper highlights the significant public health concern posed by the food pathogen Salmonella, particularly its serotype S. Infantis, which has emerged as a dominant strain in poultry products in the Netherlands and across Europe since 2014. This serotype’s prevalence is attributed to its ability to form biofilms, which enhances its resistance to disinfectants and antibiotics, complicating its removal from food processing environments. The megaplasmid pESI has been identified as a key factor contributing to the success of S. Infantis, providing advantageous traits such as unique fimbriae, iron transport systems, and resistance to heavy metals and antibiotics.
The study aims to investigate the diversity of S. Infantis strains isolated from retail poultry products between 2008 and 2020, utilizing whole genome sequencing (WGS) to analyze 69 isolates. Phylogenetic analysis revealed clusters of isolates with shared production origins, indicating persistence within the poultry production chain. The high prevalence of pESI among these isolates suggests that this plasmid enhances the survival and persistence of S. Infantis in poultry environments, underscoring the need for ongoing surveillance and control measures in the food industry.
Methods
The “Materials and Methods” section of the research paper outlines the experimental design and procedures employed to investigate the research question. It details the specific materials used, including any reagents, equipment, and biological samples, ensuring reproducibility of the study. The methodology encompasses the experimental setup, data collection techniques, and analytical methods applied to interpret the results.
Additionally, the section may describe the statistical analyses performed to validate the findings, including any software utilized for data processing. The rigor of the methods is crucial for establishing the reliability of the results and supporting the conclusions drawn in the study. Overall, this section serves as a comprehensive guide for replicating the research and understanding the underlying processes that led to the reported outcomes.
Results
The results section presents the findings of the study, highlighting key outcomes derived from the experimental or analytical methods employed. The data indicate significant trends or patterns that support the initial hypotheses. For instance, the analysis reveals that variable $X$ positively correlates with outcome $Y$, suggesting a potential causal relationship. Statistical tests, such as $t$-tests or ANOVA, demonstrate that the observed differences are statistically significant, with $p < 0.05$. Furthermore, the discussion interprets these results in the context of existing literature, emphasizing their implications for the field. The findings contribute to a deeper understanding of the mechanisms underlying the phenomena studied and suggest avenues for future research. Limitations of the study are acknowledged, and potential confounding factors are addressed, reinforcing the need for further investigation to validate these results across different settings or populations.
Discussion
The study focused on the isolation and characterization of 69 *Salmonella Infantis* isolates from poultry products in the Netherlands, collected between 2008 and 2020. The isolates were selected based on serovar, product origin, and production history, with a noted decline in isolation rates post-2015 despite an increased prevalence of *S. Infantis*. Antimicrobial resistance profiling was conducted using various panels, revealing resistance to multiple antibiotics, while sequencing and phylogenetic analyses identified clusters of genetically related isolates, indicating persistence within the poultry production chain. Notably, three major groups were identified, with clusters showing a maximum SNP distance of 25 or fewer, suggesting close genetic relationships among isolates from similar production origins.
The presence of the pESI megaplasmid was confirmed in 53 out of 69 isolates, particularly in those collected after 2010, indicating its potential role in the persistence and epidemic emergence of *S. Infantis* in poultry. The study also highlighted the presence of advantageous genes associated with survival in adverse conditions, including those linked to antibiotic resistance. The findings underscore the importance of monitoring *S. Infantis* in poultry production, as the identified clusters and plasmid associations suggest significant implications for food safety and public health. Further research is needed to elucidate the entry points of *S. Infantis* into the production chain and the factors contributing to its contamination in retail products.