الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي
-
السنسورين من العصر الأردوفيشي الأدنى يكشف عن تنوع وتطور اليوديكليسرات المبكر
2024 | المؤلف: Lorenzo Lustri وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المستحاثات (Paleontology)يتناول قسم ورقة البحث مجموعة Euchelicerata، التي تشمل مجموعة متنوعة من المفصليات مثل سرطان البحر الحدوة، والعقارب، والعناكب، بالإضافة إلى مجموعات منقرضة مثل اليوربتيريد. على الرغم من التقدم في فهم العلاقات بين مجموعة euchelicerates من خلال اكتشافات الحفريات، لا تزال أصولها وتطورها المبكر غير واضحة، خاصة بسبب السجل الأحفوري المحدود لمجموعات أخواتها الكامبرية والسنجابيات. يقدم…
-
تحسين توقع البقاء غير المعلمي باستخدام نموذج كوكس، وغابة البقاء العشوائية، وشبكة الأعصاب العميقة DeepHit
2024 | المؤلف: Naseem Asghar وآخرون | المجلة: BMC Medical Informatics and Decision Making | المجال: الإحصاء والاحتمالات (Statistics and Probability)في هذه الدراسة، يتناول المؤلفون التحديات التي تطرحها بيانات المعلومات الحيوية عالية الأبعاد في تحليل البقاء، لا سيما في سياق بيانات الوقت حتى الحدث مثل الوقت حتى الفشل أو الموت. يقترحون نهجًا هجينًا جديدًا لاختيار الميزات يدمج بين أربع تقنيات لاختيار المتغيرات – LASSO، RSF-vs، SCAD، وCoxBoost – لتعزيز دقة توقعات البقاء. من خلال استخدام…
-
توليد مركبات متعددة الأهداف من جديد باستخدام الكيمياء التوليدية العميقة
2024 | المؤلف: Brenton P. Munson وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تناقش هذه الفقرة تطوير POLYGON، وهو نهج جديد في علم الأدوية المتعددة الذي يستفيد من التعلم المعزز التوليدي لتصميم مركبات قادرة على تثبيط أهداف بروتينية متعددة. يعمل POLYGON عن طريق تضمين الفضاء الكيميائي وأخذ عينات منه بشكل تكراري لتوليد هياكل جزيئية جديدة، والتي يتم تقييمها بناءً على تأثيراتها التثبيطية المتوقعة على هدفين بروتينين، وخصائص شبيهة…
-
تحسين معلمات بحث سبكترونات لتحسين جودة البيانات مع تقليل الحد الأدنى من تغطية البروتينات في تحليلات DIA للعينات غير المتجانسة
2024 | المؤلف: Christa P. Baker وآخرون | المجلة: Journal of Proteome Research | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التقدم في تقنيات الاكتساب المستقل عن البيانات (DIA) التي تعزز من تحليل البروتيوم، وخاصة من خلال تحسين معلمات البحث في Spectronaut. يظهرون أنه من خلال ضبط هذه المعلمات بدقة، يمكن تقليل حدوث الإيجابيات الكاذبة بشكل كبير، وهو أمر حاسم مع توسع تغطية البروتيوم. باستخدام نموذج عدوى مناعية مع ماكروفاجات Mus…
-
العوامل المربكة في الميكروبيوم والتحديات في التوصيف الكمي للأهداف الميكروبية المتوقعة في تطور سرطان القولون والمستقيم
2024 | المؤلف: Raúl Y. Tito وآخرون | المجلة: Nature Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول هذا القسم من ورقة البحث نتائج دراسة حول الميكروبات البرازية لـ 589 مريضًا عبر مراحل مختلفة من سرطان القولون والمستقيم (CRC)، مع التأكيد على أهمية التحكم الدقيق في العوامل المربكة والتوصيف الكمي للميكروبيوم. تحدد الدراسة المتغيرات الميكروبية الرئيسية، بما في ذلك وقت العبور، الكالبركتين البرازي (علامة الالتهاب المعوي)، ومؤشر كتلة الجسم، التي تؤثر بشكل…
-
تسبب انتقال الفيروسات عبر الهواء في اختناقات شديدة في النقل
2024 | المؤلف: Patrick Sinclair وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النمذجة والمحاكاة (Modeling and Simulation)تناقش هذه الفقرة مفهوم اختناقات النقل في العدوى الفيروسية، مع التركيز بشكل خاص على الفيروسات التنفسية مثل SARS-CoV-2. تسلط الضوء على أن اختناقات النقل الضيقة، حيث تبدأ العدوى بعدد قليل فقط من الجزيئات الفيروسية، هي نتيجة شائعة لعمليات النقل الهوائي. من خلال النمذجة الرياضية، يظهر المؤلفون أن الغالبية العظمى من أحداث النقل تتضمن عددًا محدودًا…
-
نهج متعدد الوسائط لتحليل المشاعر عبر اللغات مع مجموعة من المحولات وLLM
2024 | المؤلف: Md Saef Ullah Miah وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: الذكاء الاصطناعي (Artificial Intelligence)تقدم ورقة البحث نموذجًا جماعيًا يعزز تحليل المشاعر للغات الأجنبية من خلال ترجمة النص إلى الإنجليزية. تتناول الدراسة التحديات التي تواجه تحليل المشاعر في لغات مثل العربية والصينية والفرنسية والإيطالية، خاصة في غياب بيانات تدريب مصنفة. من خلال استخدام نموذجين للترجمة الآلية العصبية، LibreTranslate وGoogle Translate، قام المؤلفون بترجمة جمل من هذه اللغات وتحليل مشاعرها…
-
فك وإعادة بناء المسار الحيوي للبرغين
2024 | المؤلف: Ruiqi Yan وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)في هذه الدراسة، تم استخدام نباتات A. japonica المستمدة من مدينة شيامن، مقاطعة فوجيان، مع عزل النوربرغين من أجزائها الهوائية. أدى التحلل المائي للبرغين إلى إنتاج 4-O-methyl gallic acid 2-C-β-D-glycoside. تم الحصول على معايير كيميائية لمركبات مختلفة، بما في ذلك البرغين و4-OMGA، من موردين تجاريين، بينما تم استخدام مذيبات من درجة HPLC في تحليلات الكروماتوغرافيا…
-
تسريع هندسة الإنزيمات الآلية في الجسم الحي لتحسين المحفزات الحيوية
2024 | المؤلف: Enrico Orsi وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تحدد قسم المناقشة في ورقة البحث سير العمل المتكامل لتسريع هندسة الإنزيمات في الجسم الحي، مع التأكيد على ضرورة التعاون بين التخصصات، وخاصة دمج تقنيات تعلم الآلة (ML). يتضمن سير العمل المقترح التنبؤ بالتعديلات اللازمة للإنزيمات المستهدفة وتصميم سلالات اختيار الأوكستروف من خلال حذف الجينات. بعد ذلك، يتم استخدام المحولات الفائقة في الجسم الحي لتعزيز…
-
تصميم دواء جديد محتمل مع تعلم التفاعلات العميقة
2024 | المؤلف: Kenneth Atz وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يتناول القسم نهجًا حسابيًا جديدًا لتصميم الأدوية من الصفر يستفيد من التعلم العميق القائم على التفاعل لإنشاء جزيئات شبيهة بالأدوية من البداية. يدمج هذا الأسلوب قدرات الشبكات العصبية الرسومية ونماذج اللغة الكيميائية (CLMs)، مما يسهل إنشاء مكتبات مركبات “صفرية” ذات نشاط حيوي محدد، وقابلية للتخليق، وتجديد هيكلي، دون الاعتماد على تقنيات التعلم المعزز أو التعلم…